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  • 2023 Journal Article | 
    ​ ​Combining a tetracycline (Tet)-inducible gRNA system and CRISPRa for titratable and timely controlled enhancement of endogenous SHISA3 activation in human induced pluripotent stem cells (hiPSC)​
    Priesmeier, L.; Schoger, E.; Cyganek, L. & Zelarayán, L. C. ​ (2023) 
    Stem Cell Research71 pp. 103163​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.scr.2023.103163 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2023 Journal Article | 
    ​ ​GBA/GBN-position on the feedback of incidental findings in biobank-based research: consensus-based workflow for hospital-based biobanks​
    Geiger, J.; Fuchs, J.; Starke, M.; Neumann, M.; Baber, R.; Nussbeck, S. Y.   & Kiehntopf, M. et al.​ (2023) 
    European Journal of Human Genetics,.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41431-023-01299-8 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2023 Journal Article
    ​ ​Approaching automation of multiple instance orchestration of the menoci web portal​
    Freckmann, L.; Henke, C.; Kossen, R. ; Weber, L.; Sax, U. ; Nußbeck, S. Y.   & Kusch, H. ​ (2023) 
    Bausteine Forschungsdatenmanagement5 pp. 1​-11​.​ DOI: https://doi.org/10.17192/BFDM.2023.5.8608 
    Details  DOI 
  • 2023 Journal Article | 
    ​ ​Single-cell transcriptomics reveal extracellular vesicles secretion with a cardiomyocyte proteostasis signature during pathological remodeling​
    Schoger, E.; Bleckwedel, F.; Germena, G.; Rocha, C.; Tucholla, P.; Sobitov, I. & Möbius, W.  et al.​ (2023) 
    Communications Biology6(1).​ DOI: https://doi.org/10.1038/s42003-022-04402-9 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2022 Book Chapter
    ​ ​Human-Device Interaction in the Life Science Laboratory​
    Söldner, R.; Rheinländer, S.; Meyer, T. ; Olszowy, M.& Austerjost, J.​ (2022)
    In: Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology pp. 1​-31. ​Berlin, Heidelberg: ​Springer. DOI: https://doi.org/10.1007/10_2021_183 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2022 Journal Article
    ​ ​An optimized protocol for the enrichment of small vesicles from murine and non-human primate heart tissue​
    Bleckwedel, F.; Germena, G.; Hinkel, R.   & Zelarayán, L. C. ​ (2022) 
    Trillium Extracellular Vesicles4(1) pp. 26​-33​.​ DOI: https://doi.org/10.47184/tev.2022.01.03 
    Details  DOI 
  • 2021 Book Chapter
    ​ ​Management of Metadata Types in Basic Cardiological Research​
    Kusch, H. ; Kossen, R. ; Suhr, M. ; Freckmann, L.; Weber, L.; Henke, C.& Lehmann, C. et al.​ (2021)
    In:​Röhrig, Rainer; Beißbarth, Tim; König, Jochem; Ose, Claudia; Rauch, Geraldine; Sax, Ulrich; Schreiweis, Björn, et al.​ (Eds.), German Medical Data Sciences 2021: Digital Medicine: Recognize – Understand – Heal pp. 59​-68.  DOI: https://doi.org/10.3233/SHTI210542 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Book Chapter
    ​ ​Kollaboratives Arbeiten mit Daten​
    Engelhardt, C.  & Kusch, H. ​ (2021)
    In:​Putnings, Markus; Neuroth, Heike; Neumann, Janna​ (Eds.), Praxishandbuch Forschungsdatenmanagement pp. 451​-476. ​Berlin: ​De Gruyter. DOI: https://doi.org/10.1515/9783110657807-025 
    Details  DOI 
  • 2021 Conference Abstract
    ​ ​Sustainable Deployment of Research Infrastructure Components​
    Bender, T.; Parciak, M. ; Suhr, M. ; Sax, U.   & Bauer, C. R. K. D. ​ (2021)
    GMS German Medical Science, ​65th Annual Meeting of the German Association for Medical Informatics, Biometry and Epidemiology (GMDS), Meeting of the Central European Network (CEN: German Region, Austro-Swiss Region and Polish Region) of the International Biometric Society (IBS)​, Berlin. DOI: https://doi.org/10.3205/20gmds162 
    Details  DOI 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Establishment of a second generation homozygous CRISPRa human induced pluripotent stem cell (hiPSC) line for enhanced levels of endogenous gene activation​
    Schoger, E.; Zimmermann, W.-H. ; Cyganek, L.   & Zelarayán, L. C. ​ (2021) 
    Stem Cell Research56 art. S1873506121003652​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.scr.2021.102518 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Establishment of two homozygous CRISPR interference (CRISPRi) knock-in human induced pluripotent stem cell (hiPSC) lines for titratable endogenous gene repression​
    Schoger, E.; Zimmermann, W.-H. ; Cyganek, L.   & Zelarayán, L. C. ​ (2021) 
    Stem Cell Research55 art. S1873506121003202​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.scr.2021.102473 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Menoci: lightweight extensible web portal enhancing data management for biomedical research projects​
    Suhr, M. ; Lehmann, C.; Bauer, C. R. K. D. ; Bender, T.; Knopp, C.; Freckmann, L. & Öst Hansen, B. et al.​ (2020) 
    BMC Bioinformatics21(1).​
    Details  PMID  PMC 
  • 2020 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Impact of myocardial fibrosis on left ventricular remodelling, recovery, and outcome after transcatheter aortic valve implantation in different haemodynamic subtypes of severe aortic stenosis​
    Puls, M.; Beuthner, B. E.; Topci, R.; Vogelgesang, A.; Bleckmann, A.; Sitte, M. & Lange, T. et al.​ (2020) 
    European Heart Journal41(20) pp. 1903​-1914​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/eurheartj/ehaa033 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Preprint
    ​ ​menoci: Lightweight Extensible Web Portal enabling FAIR Data Management for Biomedical Research Projects​
    Suhr, M. ; Lehmann, C.; Bauer, C. R. K. D. ; Bender, T.; Knopp, C.; Freckmann, L.& Hansen, B. Ö. et al.​ (2020). DOI: https://doi.org/10.48550/arXiv.2002.06161 
    Details  DOI  arXiv 
  • 2020 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Interdisciplinary Research on Aortic Valve Stenosis: A Longitudinal Collection of Biospecimens and Clinical Data of Patients Undergoing Transcatheter Aortic Valve Replacement​
    Beuthner, B. E. C.; Topci, R.; Derks, M.; Franke, T.; Seelke, S.; Puls, M. & Schuster, A. et al.​ (2020) 
    Open Journal of Bioresources7.​ DOI: https://doi.org/10.5334/ojb.65 
    Details  DOI 
  • 2019 Book Chapter
    ​ ​Cardiac Tissue Engineering as Use Case to Connect Biomedical Research Laboratories to an Emerging Global Data Infrastructure​
    Suhr, M. ; Umbach, N. ; Meyer, T. ; Zimmermann, W.-H.  & Sax, U. ​ (2019)
    In:​Ohno-Machado, Lucila; Séroussi, Brigitte​ (Eds.), MEDINFO 2019: Health and Wellbeing e-Networks for All pp. 363​-367.  DOI: https://doi.org/10.3233/SHTI190244 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2019 Conference Abstract
    ​ ​Towards standardized documentation of mouse lines in biomedical basic research​
    Rheinländer, S.; Aschenbrandt, G.; Nussbeck, S. Y. ; Suhr, M.   & Kusch, H. ​ (2019)
    GMS German Medical Science, ​64. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. (GMDS)​, Dortmund. DOI: https://doi.org/10.3205/19gmds038 
    Details  DOI 
  • 2019 Research Data
    ​ ​Blut und Urin Begleitschein​
    Nußbeck, S. ​ (2019)
     DOI: https://doi.org/10.25625/vp8dal 
    Details  DOI 
  • 2019 Lecture
    ​ ​Workshop on data management costs and efforts, 28 May 2019 in Göttingen​
    Rörtgen, S.; Kusch, H. ; Engelhardt, C. ; Bingert, S. ; Savin, V.; Wang, Y.& Rice, R. et al.​ (2019)
    Workshop on data management costs and efforts, 28 May 2019 in Göttingen; 2019​, Göttingen. DOI: https://doi.org/10.25625/ntruka 
    Details  DOI 
  • 2019 Conference Paper
    ​ ​Posters presented at "Workshop zu Forschungsdatenmanagement und -infrastruktur in DFG-Sonderforschungsbereichen", 26./27. November 2018 in Göttingen​
    Roertgen, S.; Kusch, H. ; Engelhardt, C. ; Bingert, S. ; Savin, V.; Kraus, I. & Brand, O. et al.​ (2019)
    ​Workshop zu Forschungsdatenmanagement und -infrastruktur in DFG-Sonderforschungsbereichen​, Göttingen. DOI: https://doi.org/10.25625/22y1wc 
    Details  DOI 
  • 2019 Lecture
    ​ ​Presentations and material of "Workshop zu Forschungsdatenmanagement und -infrastruktur in DFG-Sonderforschungsbereichen", 26./27. November 2018 in Göttingen​
    Roertgen, S.; Kusch, H. ; Engelhardt, C. ; Bingert, S. ; Savin, V.; Kraus, I.& Brand, O. et al.​ (2019)
    Workshop zu Forschungsdatenmanagement und -infrastruktur in DFG-Sonderforschungsbereichen; 2018​, Göttingen. DOI: https://doi.org/10.25625/97d6tl 
    Details  DOI 
  • 2019 Research Data
    ​ ​Protokoll_Myokardbiopsien​
    Nußbeck, S. ​ (2019)
     DOI: https://doi.org/10.25625/1p0qmn 
    Details  DOI 
  • 2019 Research Data
    ​ ​Protokoll Blut- und Uringewinnung und -verarbeitung​
    Nußbeck, S. ​ (2019)
     DOI: https://doi.org/10.25625/iw2s0m 
    Details  DOI 
  • 2019 Conference Abstract
    ​ ​Leaving spreadsheets behind – FAIR documentation and representation of human stem cell lines in the Collaborative Research Centre 1002 Meeting Abstract​
    Lehmann, C.; Suhr, M. ; Umbach, N.; Cyganek, L. ; Kleinsorge, M.; Nussbeck, S. Y.   & Kusch, H. ​ (2019)
    GMS German Medical Science, ​64. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. (GMDS)​, Dortmund. DOI: https://doi.org/10.3205/19gmds037 
    Details  DOI 
  • 2018 Conference Paper
    ​ ​Pilot integration of an electronic lab notebook and an open source research data repository as part of a modular biomedical research data platform​
    Kusch, H. ; Nußbeck, S. Y. ; Király, P. ; Macneil, R. & Crosas, M.​ (2018)
    ​Dataverse Community Meeting 2018​, Cambridge, MA, USA. DOI: https://doi.org/10.25625/ISPNWC 
    Details  DOI 
  • 2018 Conference Abstract
    ​ ​Wikidata as semantic representation platform of the scientific achievements of the biomedical Collaborative Research Centre 1002​
    Suhr, M. ; Jahn, N. ; Mietchen, D. & Kusch, H. ​ (2018)
    ​63. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)​, Osnabrück. DOI: https://doi.org/10.3205/18gmds173 
    Details  DOI 
  • 2018 Conference Abstract
    ​ ​Usage of persistent identifiers to implement the FAIR guiding principles in medical research data management systems​
    Knopp, C.; Bauer, C. R. K. D. ; Kusch, H.   & Sax, U. ​ (2018)
    ​63. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)​, Osnabrück. DOI: https://doi.org/10.3205/18gmds172 
    Details  DOI 
  • 2018 Conference Abstract
    ​ ​From seamless acquisition and sustainable management to publication of next-generation sequencing data​
    Umbach, N. ; Freckmann, L.; Knopp, C.; Meyer, T. ; Suhr, M.   & Kusch, H. ​ (2018)
    ​63. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)​, Osnabrück. DOI: https://doi.org/10.3205/18gmds098 
    Details  DOI 
  • 2018 Conference Paper
    ​ ​Digital Notebooks - productivity tools for researchers - event materials​
    Adams, R.; Branchett, S.; Dijkman, U.; Downie, A.; Dunning, A.; Haak, W. H. & Hanika, K. et al.​ (2018)
    ​Digital Notebooks - productivity tools for researchers​, Delft. DOI: https://doi.org/10.5281/zenodo.1247390 
    Details  DOI 
  • 2018 Conference Abstract
    ​ ​PROV@TOS, a Java Wrapper to capture provenance for Talend Open Studio jobs​
    Parciak, M. ; Bauer, C. R. K. D. ; Lodahl, R.; Thoms, C.; Kusch, H. ; Rey, S. & Sax, U. ​ (2018)
    GMS German Medical Science, ​63. GMDS-Jahrestagung​, Osnabrück. DOI: https://doi.org/10.3205/18gmds096 
    Details  DOI 
  • 2018 Lecture
    ​ ​Material presented at EAHIL 2018 (Cardiff, UK) in Session CEC 7 (Electronic Laboratory Notebooks)​
    Krause, E.; Kusch, H.  & Tate, D.​ (2018)
    EAHIL 2018; 2018​, Cardiff, UK. DOI: https://doi.org/10.25625/egsyrw 
    Details  DOI 
  • 2018 Conference Abstract
    ​ ​Application of basic research data management with FAIRDOM/SEEK from a medical informatics perspective​
    Bauer, C. R. K. D. ; Knopp, C.; Bender, T.; Kusch, H.   & Sax, U. ​ (2018)
    ​63. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)​, Osnabrück. DOI: https://doi.org/10.3205/18gmds093 
    Details  DOI 
  • 2018 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​A context-specific cardiac β-catenin and GATA4 interaction influences TCF7L2 occupancy and remodels chromatin driving disease progression in the adult heart​
    Iyer, L. M ; Nagarajan, S. ; Woelfer, M.; Schoger, E.; Khadjeh, S. ; Zafiriou, M. P.   & Kari, V.  et al.​ (2018) 
    Nucleic Acids Research46(6) pp. 2850​-2867​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gky049 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Conference Paper
    ​ ​Technical Aspects of Data Provenance in Clinical Trials​
    Parciak, M. ; Bauer, C. R. K. D. ; Baum, B. ; Kusch, H.   & Sax, U. ​ (2017)
    ​62. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)​, Oldenburg. DOI: https://doi.org/10.3205/17gmds155 
    Details  DOI 
  • 2017 Journal Article | Overview
    ​ ​Opinion paper: Data provenance challenges in biomedical research​
    Baum, B. ; Bauer, C. R. K. D. ; Franke, T. ; Kusch, H. ; Parciak, M. ; Rottmann, T.   & Umbach, N.  et al.​ (2017) 
    Information Technology59(4).​ DOI: https://doi.org/10.1515/itit-2016-0031 
    Details  DOI 
  • 2017 Conference Paper
    ​ ​Towards sustainable research data management in advanced light microscopy​
    Henke, C.; Kusch, H. ; Marzec, B.; Nußbeck, S. Y. & Umbach, N.​ (2017)
    ​62. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)​, Oldenburg. DOI: https://doi.org/10.3205/17gmds094 
    Details  DOI 
  • 2015 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Metadata capture in an electronic notebook: How to make it as simple as possible?: ​Metadatenerfassung in einem elektronischen Laborbuch: Wie macht man es so einfach wie möglich?​
    Menzel, J. ; Weil, P. & Nussbeck, S. Y. ​ (2015) 
    GMS Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie11(1) pp. 1​-10​.​ DOI: https://doi.org/10.3205/mibe000162 
    Details  DOI 
  • 2015 Conference Abstract
    ​ ​Datenorganisation eines klinischen Sonderforschungsbereiches in einer integrierten, langfristig verfügbaren Forschungsdatenplattform​
    Kusch, H. ; Schmitt, O. ; Marzec, B.   & Nussbeck, S. Y. ​ (2015)
    ​60. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)​, Krefeld.
    German Medical Science GMS Publishing House. DOI: https://doi.org/10.3205/15gmds104 
    Details  DOI 
  • 2014 Conference Abstract
    ​ ​Integrierte Portalumgebung und verteilte Echtzeitsuche für medizinische Langzeitarchivierung​
    Schmitt, O. ; Weil, P.; Wieder, P.   & Nussbeck, S. Y. ​ (2014)
    ​GMDS 2014; 59. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. (GMDS). ​59. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)​, Göttingen.
    Düsseldorf​: German Medical Science GMS Publishing House. DOI: https://doi.org/10.3205/14gmds014 
    Details  DOI 
  • 2014 Conference Abstract
    ​ ​Minimierung des Dokumentationsaufwandes für die medizinische Grundlagenforschung mithilfe eines elektronischen Laborbuches: Aufgezeigt am Beispiel eines Western Blot Metadatenschemata​
    Menzel, J. ; Weil, P. & Nussbeck, S. Y. ​ (2014)
    ​GMDS 2014. 59. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. (GMDS). ​59. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)​, Göttingen.
    Düsseldorf​: German Medical Science GMS Publishing House. DOI: https://doi.org/10.3205/14gmds120 
    Details  DOI 
  • 2014 Conference Abstract
    ​ ​Anbindung eines elektronischen Laborbuchs an eine vorhandene Langzeitarchivierungsinfrastruktur​
    Marzec, B. ; Weil, P. & Nussbeck, S. Y. ​ (2014)
    ​GMDS 2014. 59. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. (GMDS). ​59. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. (GMDS)​, Göttingen.
    Düsseldorf​: German Medical Science GMS Publishing House. DOI: https://doi.org/10.3205/14gmds121 
    Details  DOI 
  • 2014 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​The laboratory notebook in the 21st century The electronic laboratory notebook would enhance good scientific practice and increase research productivity​
    Nussbeck, S. Y. ; Weil, P.; Menzel, J. ; Marzec, B. ; Lorberg, K. & Schwappach, B. ​ (2014) 
    EMBO reports15(6) pp. 631​-634​.​ DOI: https://doi.org/10.15252/embr.201338358 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Conference Abstract
    ​ ​Vorbereitungsprozess für die elektronische Dokumentation und Nachnutzbarkeit von FD in ELN​
    Marzec, B. ; Weil, P. & Nussbeck, S. Y. ​ (2013)
    ​GMDS 2013. 58. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. (GMDS). ​58. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e.V. (GMDS)​, Lübeck.
    Düsseldorf​: German Medical Science GMS Publishing House. DOI: https://doi.org/10.3205/13gmds051 
    Details  DOI 
  • 2013 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Archivierung von Genomdaten​
    Gruetz, R.; Mathieu, N.; Loehnhardt, B.; Weil, P. & Krawczak, M.​ (2013) 
    Medizinische Genetik25(3) pp. 388​-394​.​ DOI: https://doi.org/10.1007/s11825-013-0403-y 
    Details  DOI  WoS 
  • 2013 Book Chapter
    ​ ​Requirement Analysis for an Electronic Laboratory Notebook for Sustainable Data Management in Biomedical Research​
    Menzel, J. ; Weil, P.; Bittihn, P.; Hornung, D. ; Mathieu, N.& Demiroglu, S. Y. ​ (2013)
    In: MEDINFO 2013 pp. 1108​-1108.  DOI: https://doi.org/10.3233/978-1-61499-289-9-1108 
    Details  DOI  PMID  PMC 

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