Prof. Dr. Patrick Cramer

 
Staff Status
unigoe
 

1-283 of 283
 
The bibliographical data in your publication list are complete
You can correct existing data in the blue highlighted fields.To do this, please click on the coloured field. It is not possible to delete data here.
Fields that are not marked in colour (e. g. the authors) can be edited using the input form. To do so, click on the in front of the respective publication.
The bibliographic data in your publication list may be incomplete. You can
  • add any missing data in the fields marked in red or
  • correct existing data in the blue highlighted fields.
To do this, please click on the coloured field. It is not possible to delete data here.
Fields that are not marked in colour (e. g. the authors) can be edited using the input form. To do so, click on the in front of the respective publication.
Check/Uncheck all
  • 2022 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of a backtracked hexasomal intermediate of nucleosome transcription​
    Farnung, L.; Ochmann, M.; Garg, G.; Vos, S. M. & Cramer, P. ​ (2022) 
    Molecular Cell,.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2022.06.027 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2022 Journal Article
    ​ ​Distinct transcription kinetics of pluripotent cell states​
    Shao, R.; Kumar, B.; Lidschreiber, K.; Lidschreiber, M.; Cramer, P.   & Elsässer, S. J​ (2022) 
    Molecular Systems Biology18(1).​ DOI: https://doi.org/10.15252/msb.202110407 
    Details  DOI 
  • 2022 Preprint
    ​ ​Structural basis of SNAPc-dependent snRNA transcription initiation by RNA polymerase II​
    Rengachari, S.; Schilbach, S.; Kaliyappan, T.; Gouge, J.; Zumer, K.; Schwarz, J.& Urlaub, H. et al.​ (2022). DOI: https://doi.org/10.1101/2022.09.21.508861 
    Details  DOI 
  • 2022 Journal Article | 
    ​ ​Visualizing translation dynamics at atomic detail inside a bacterial cell​
    Xue, L.; Lenz, S.; Zimmermann-Kogadeeva, M.; Tegunov, D. ; Cramer, P. ; Bork, P. & Rappsilber, J. et al.​ (2022) 
    Nature, pp. 205​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-022-05255-2 
    Details  DOI 
  • 2022 Journal Article
    ​ ​RNA transcription and degradation of Alu retrotransposons depends on sequence features and evolutionary history​
    Baar, T.; Dümcke, S.; Gressel, S.; Schwalb, B.; Dilthey, A.; Cramer, P.   & Tresch, A.​ (2022) 
    G3 Genes|Genomes|Genetics,.​ DOI: https://doi.org/10.1093/g3journal/jkac054 
    Details  DOI 
  • 2022 Journal Article | 
    ​ ​Sublinear scaling of the cellular proteome with ploidy​
    Yahya, G.; Menges, P.; Amponsah, P. S.; Ngandiri, D. A.; Schulz, D.; Wallek, A. & Kulak, N. et al.​ (2022) 
    Nature Communications13(1).​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-022-33904-7 
    Details  DOI 
  • 2022 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Histone H1 binding to nucleosome arrays depends on linker DNA length and trajectory​
    Dombrowski, M.; Engeholm, M.; Dienemann, C. ; Dodonova, S. & Cramer, P. ​ (2022) 
    Nature Structural & Molecular Biology29(5) pp. 493​-501​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41594-022-00768-w 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2022 Journal Article | 
    ​ ​Structural basis of SNAPc-dependent snRNA transcription initiation by RNA polymerase II​
    Rengachari, S.; Schilbach, S.; Kaliyappan, T.; Gouge, J.; Zumer, K.; Schwarz, J. & Urlaub, H. et al.​ (2022) 
    Nature Structural & Molecular Biology,.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41594-022-00857-w 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2022 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Oct4 differentially regulates chromatin opening and enhancer transcription in pluripotent stem cells​
    Xiong, L.; Tolen, E. A.; Choi, J.; Velychko, S.; Caizzi, L.; Velychko, T. & Adachi, K. et al.​ (2022) 
    eLife11 art. e71533​.​ DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.71533 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2022 Journal Article | 
    ​ ​Structures of transcription preinitiation complex engaged with the +1 nucleosome​
    Wang, H.; Schilbach, S.; Ninov, M.; Urlaub, H. & Cramer, P. ​ (2022) 
    Nature Structural & Molecular Biology,.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41594-022-00865-w 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Preprint
    ​ ​Oct4 primarily controls enhancer activity rather than accessibility​
    Xiong, L.; Tolen, E. A.; Choi, J.; Caizzi, L.; Adachi, K.; Lidschreiber, M.& Cramer, P.  et al.​ (2021). DOI: https://doi.org/10.1101/2021.06.28.450119 
    Details  DOI 
  • 2021 Preprint
    ​ ​Dimeric form of SARS-CoV-2 polymerase​
    Jochheim, F. A.; Tegunov, D.; Hillen, H. S. ; Schmitzova, J.; Kokic, G.; Dienemann, C.& Cramer, P. ​ (2021). DOI: https://doi.org/10.1101/2021.03.23.436644 
    Details  DOI 
  • 2021 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structural basis of Integrator-mediated transcription regulation​
    Fianu, I.; Chen, Y.; Dienemann, C.; Dybkov, O.; Linden, A.; Urlaub, H. & Cramer, P. ​ (2021) 
    Science374(6569) pp. 883​-887​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.abk0154 
    Details  DOI 
  • 2021 Journal Article | 
    ​ ​Evidence for additive and synergistic action of mammalian enhancers during cell fate determination​
    Choi, J.; Lysakovskaia, K.; Stik, G.; Demel, C.; Söding, J. ; Tian, T. V & Graf, T. et al.​ (2021) 
    eLife10.​ DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.65381 
    Details  DOI 
  • 2021 Journal Article
    ​ ​Ubiquitylation of MYC couples transcription elongation with double-strand break repair at active promoters​
    Endres, T.; Solvie, D.; Heidelberger, J. B.; Andrioletti, V.; Baluapuri, A.; Ade, C. P. & Muhar, M. et al.​ (2021) 
    Molecular Cell81(4) pp. 830​-844.e13​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2020.12.035 
    Details  DOI 
  • 2021 Journal Article
    ​ ​The total mRNA concentration buffering system in yeast is global rather than gene-specific​
    García-Martínez, J.; Medina, D. A.; Bellvís, P.; Sun, M.; Cramer, P. ; Chávez, S. & Pérez-Ortín, J. E.​ (2021) 
    RNA27(10) pp. 1281​-1290​.​ DOI: https://doi.org/10.1261/rna.078774.121 
    Details  DOI 
  • 2021 Journal Article
    ​ ​AlphaFold2 and the future of structural biology​
    Cramer, P. ​ (2021) 
    Nature Structural & Molecular Biology28(9) pp. 704​-705​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41594-021-00650-1 
    Details  DOI 
  • 2021 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of a transcribing RNA polymerase II-U1 snRNP complex​
    Zhang, S.; Aibara, S.; Vos, S. M.; Agafonov, D. E.; Lührmann, R. & Cramer, P. ​ (2021) 
    Science371(6526) pp. 305​-309​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.abf1870 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structures and implications of TBP-nucleosome complexes​
    Wang, H.; Xiong, L. & Cramer, P. ​ (2021) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America118(30) pp. e2108859118​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.2108859118 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Structure of an inactive RNA polymerase II dimer​
    Aibara, S.; Dienemann, C. & Cramer, P. ​ (2021) 
    Nucleic Acids Research49(18) pp. 10747​-10755​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkab783 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Preprint
    ​ ​Sequence determinants of human gene regulatory elements​
    Sahu, B.; Hartonen, T.; Pihlajamaa, P.; Wei, B.; Dave, K.; Zhu, F.& Kaasinen, E. et al.​ (2021). DOI: https://doi.org/10.1101/2021.03.18.435942 
    Details  DOI 
  • 2021 Preprint
    ​ ​Mechanism of molnupiravir-induced SARS-CoV-2 mutagenesis​
    Kabinger, F.; Stiller, C.; Schmitzová, J.; Dienemann, C.; Hillen, H. S. ; Höbartner, C.& Cramer, P. ​ (2021). DOI: https://doi.org/10.1101/2021.05.11.443555 
    Details  DOI 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Structural basis of human transcription–DNA repair coupling​
    Kokic, G. ; Wagner, F. R.; Chernev, A. ; Urlaub, H.   & Cramer, P. ​ (2021) 
    Nature,.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03906-4 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Structural basis of RNA processing by human mitochondrial RNase P​
    Bhatta, A.; Dienemann, C. ; Cramer, P.   & Hillen, H. S. ​ (2021) 
    Nature Structural & Molecular Biology28(9) pp. 713​-723​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41594-021-00637-y 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​The structure of a dimeric form of SARS-CoV-2 polymerase​
    Jochheim, F. A.; Tegunov, D. ; Hillen, H. S. ; Schmitzová, J.; Kokic, G. ; Dienemann, C.   & Cramer, P. ​ (2021) 
    Communications Biology4(1) art. 999​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s42003-021-02529-9 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Mechanism of molnupiravir-induced SARS-CoV-2 mutagenesis​
    Kabinger, F.; Stiller, C.; Schmitzová, J.; Dienemann, C. ; Kokic, G. ; Hillen, H. S.   & Höbartner, C.  et al.​ (2021) 
    Nature Structural & Molecular Biology,.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41594-021-00651-0 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Cryo-EM structure of mammalian RNA polymerase II in complex with human RPAP2​
    Fianu, I.; Dienemann, C.; Aibara, S.; Schilbach, S. & Cramer, P. ​ (2021) 
    Communications Biology4(1).​ DOI: https://doi.org/10.1038/s42003-021-02088-z 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Efficient RNA polymerase II pause release requires U2 snRNP function​
    Caizzi, L.; Monteiro-Martins, S.; Schwalb, B.; Lysakovskaia, K.; Schmitzova, J.; Sawicka, A. & Chen, Y. et al.​ (2021) 
    Molecular Cell81(9) pp. 1920.e9​-1934.e9​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2021.02.016 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of RNA polymerase II pre-initiation complex at 2.9 Å defines initial DNA opening​
    Schilbach, S.; Aibara, S.; Dienemann, C.; Grabbe, F. & Cramer, P. ​ (2021) 
    Cell184(15) pp. 4064.e28​-4072.e28​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.05.012 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Structural basis of nucleosome transcription mediated by Chd1 and FACT​
    Farnung, L.; Ochmann, M.; Engeholm, M. & Cramer, P. ​ (2021) 
    Nature Structural & Molecular Biology28(4) pp. 382​-387​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41594-021-00578-6 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Two distinct mechanisms of RNA polymerase II elongation stimulation in vivo​
    Žumer, K.; Maier, K. C.; Farnung, L.; Jaeger, M. G.; Rus, P.; Winter, G. & Cramer, P. ​ (2021) 
    Molecular Cell81(15) pp. 3096.e8​-3109.e8​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2021.05.028 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Integrator is a genome-wide attenuator of non-productive transcription​
    Lykke-Andersen, S.; Žumer, K.; Molska, E. Š.; Rouvière, J. O.; Wu, G.; Demel, C. & Schwalb, B. et al.​ (2021) 
    Molecular Cell81(3) pp. 514.e6​-529.e6​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2020.12.014 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Multi-particle cryo-EM refinement with M visualizes ribosome-antibiotic complex at 3.5 Å in cells​
    Tegunov, D.; Xue, L.; Dienemann, C.; Cramer, P.   & Mahamid, J.​ (2021) 
    Nature Methods18(2) pp. 186​-193​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41592-020-01054-7 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Stress-induced nuclear condensation of NELF drives transcriptional downregulation​
    Rawat, P.; Boehning, M.; Hummel, B.; Aprile-Garcia, F.; Pandit, A. S.; Eisenhardt, N. & Khavaran, A. et al.​ (2021) 
    Molecular Cell81(5) pp. 1013.e11​-1026.e11​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2021.01.016 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Transcription activation depends on the length of the RNA polymerase II C-terminal domain​
    Sawicka, A.; Villamil, G.; Lidschreiber, M.; Darzacq, X.; Dugast-Darzacq, C.; Schwalb, B. & Cramer, P. ​ (2021) 
    The EMBO Journal40(9) art. e107015​.​ DOI: https://doi.org/10.15252/embj.2020107015 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Transcriptionally active enhancers in human cancer cells​
    Lidschreiber, K.; Jung, L. A; von der Emde, H.; Dave, K.; Taipale, J.; Cramer, P.   & Lidschreiber, M.​ (2021) 
    Molecular Systems Biology17(1) art. e9873​.​ DOI: https://doi.org/10.15252/msb.20209873 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Ruler elements in chromatin remodelers set nucleosome array spacing and phasing​
    Oberbeckmann, E.; Niebauer, V.; Watanabe, S.; Farnung, L.; Moldt, M.; Schmid, A. & Cramer, P.  et al.​ (2021) 
    Nature Communications12(1) pp. 3232​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-021-23015-0 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structures of mammalian RNA polymerase II pre-initiation complexes​
    Aibara, S.; Schilbach, S. & Cramer, P. ​ (2021) 
    Nature594(7861) pp. 124​-128​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03554-8 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of the human Mediator-RNA polymerase II pre-initiation complex​
    Rengachari, S.; Schilbach, S.; Aibara, S.; Dienemann, C. & Cramer, P. ​ (2021) 
    Nature594(7861) pp. 129​-133​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03555-7 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Allosteric transcription stimulation by RNA polymerase II super elongation complex​
    Chen, Y.; Vos, S. M.; Dienemann, C.; Ninov, M.; Urlaub, H. & Cramer, P. ​ (2021) 
    Molecular Cell81(16) pp. 3386.e10​-3399.e10​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2021.06.019 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper
    ​ ​The pentatricopeptide repeat protein Rmd9 recognizes the dodecameric element in the 3′-UTRs of yeast mitochondrial mRNAs​
    Hillen, H. S. ; Markov, D. A.; Wojtas, I. D.; Hofmann, K. B.; Lidschreiber, M.; Cowan, A. T. & Jones, J. L. et al.​ (2021) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences118(15) pp. e2009329118​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.2009329118 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​The Cdk8 kinase module regulates interaction of the mediator complex with RNA polymerase II​
    Osman, S.; Mohammad, E.; Lidschreiber, M.; Stuetzer, A.; Bazsó, F. L.; Maier, K. C. & Urlaub, H.  et al.​ (2021) 
    Journal of Biological Chemistry296 art. S0021925821005238​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jbc.2021.100734 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Mechanism of SARS-CoV-2 polymerase stalling by remdesivir​
    Kokic, G. ; Hillen, H. S. ; Tegunov, D. ; Dienemann, C. ; Seitz, F.; Schmitzova, J. & Farnung, L. et al.​ (2021) 
    Nature Communications12(1) art. 279​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-020-20542-0 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Journal Article
    ​ ​500 years after the first circumnavigation of the world: the efforts, rewards and drawbacks of exploration​
    Cramer, P. ​ (2020) 
    FEBS Letters594(2) pp. 207-208​-208​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/1873-3468.13714 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Preprint
    ​ ​Structural basis of nucleosome transcription mediated by Chd1 and FACT​
    Farnung, L.; Ochmann, M.; Engeholm, M.& Cramer, P. ​ (2020). DOI: https://doi.org/10.1101/2020.11.30.403857 
    Details  DOI 
  • 2020 Preprint
    ​ ​Multi-particle cryo-EM refinement with M visualizes ribosome-antibiotic complex at 3.7 Å inside cells​
    Tegunov, D.; Xue, L.; Dienemann, C.; Cramer, P.  & Mahamid, J.​ (2020). DOI: https://doi.org/10.1101/2020.06.05.136341 
    Details  DOI 
  • 2020 Journal Article
    ​ ​Native molecule sequencing by nano-ID reveals synthesis and stability of RNA isoforms​
    Maier, K. C.; Gressel, S.; Cramer, P.   & Schwalb, B.​ (2020) 
    Genome Research30(9) pp. 1332​-1344​.​ DOI: https://doi.org/10.1101/gr.257857.119 
    Details  DOI 
  • 2020 Journal Article
    ​ ​CDK12 globally stimulates RNA polymerase II transcription elongation and carboxyl-terminal domain phosphorylation​
    Tellier, M.; Zaborowska, J.; Caizzi, L.; Mohammad, E.; Velychko, T.; Schwalb, B. & Ferrer-Vicens, I. et al.​ (2020) 
    Nucleic Acids Research48(14) pp. 7712​-7727​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa514 
    Details  DOI 
  • 2020 Preprint
    ​ ​Ruler elements in chromatin remodelers set nucleosome array spacing and phasing​
    Oberbeckmann, E.; Niebauer, V.; Watanabe, S.; Farnung, L.; Moldt, M.; Schmid, A.& Cramer, P.  et al.​ (2020). DOI: https://doi.org/10.1101/2020.02.28.969618 
    Details  DOI 
  • 2020 Journal Article
    ​ ​In-cell architecture of an actively transcribing-translating expressome​
    O’Reilly, F. J.; Xue, L.; Graziadei, A.; Sinn, L.; Lenz, S.; Tegunov, D.   & Blötz, C. et al.​ (2020) 
    Science369(6503) pp. 554​-557​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.abb3758 
    Details  DOI 
  • 2020 Journal Article | Research Paper
    ​ ​CTCF is dispensable for immune cell transdifferentiation but facilitates an acute inflammatory response​
    Stik, G.; Vidal, E.; Barrero, M.; Cuartero, S.; Vila-Casadesús, M.; Mendieta-Esteban, J. & Tian, T. V. et al.​ (2020) 
    Nature Genetics52(7) pp. 655​-661​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41588-020-0643-0 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Nucleosome-CHD4 chromatin remodeler structure maps human disease mutations​
    Farnung, L.; Ochmann, M. & Cramer, P. ​ (2020) 
    eLife9.​ DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.56178 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of H3K36-methylated nucleosome-PWWP complex reveals multivalent cross-gyre binding​
    Wang, H.; Farnung, L.; Dienemann, C. & Cramer, P. ​ (2020) 
    Nature Structural & Molecular Biology27(1) pp. 8​-13​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41594-019-0345-4 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Small-molecule inhibitors of human mitochondrial DNA transcription​
    Bonekamp, N. A.; Peter, B.; Hillen, H. S. ; Felser, A.; Bergbrede, T.; Choidas, A. & Horn, M. et al.​ (2020) 
    Nature588(7839) pp. 712-716​-716​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-03048-z 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Journal Article | Research Paper
    ​ ​An experimentally generated peptide database increases the sensitivity of XL-MS with complex samples​
    Parfentev, I.; Schilbach, S. ; Cramer, P.   & Urlaub, H. ​ (2020) 
    Journal of Proteomics220 pp. 103754​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jprot.2020.103754 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of SWI/SNF chromatin remodeller RSC bound to a nucleosome​
    Wagner, F. R.; Dienemann, C. ; Wang, H.; Stützer, A.; Tegunov, D. ; Urlaub, H.   & Cramer, P. ​ (2020) 
    Nature579(7799) pp. 448​-451​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2088-0 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Journal Article | Overview
    ​ ​Structural Biology of RNA Polymerase II Transcription: 20 Years On​
    Osman, S. & Cramer, P. ​ (2020) 
    Annual Review of Cell and Developmental Biology36(1) pp. 1​-34​.​ DOI: https://doi.org/10.1146/annurev-cellbio-042020-021954 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Journal Article | Overview
    ​ ​Rosalind Franklin and the Advent of Molecular Biology​
    Cramer, P. ​ (2020) 
    Cell182(4) pp. 787​-789​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.07.028 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Nucleosome-bound SOX2 and SOX11 structures elucidate pioneer factor function​
    Dodonova, S. O; Zhu, F.; Dienemann, C.; Taipale, J. & Cramer, P. ​ (2020) 
    Nature580(7805) pp. 669​-672​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2195-y 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase​
    Hillen, H. S. ; Kokic, G.; Farnung, L.; Dienemann, C.; Tegunov, D. & Cramer, P. ​ (2020) 
    Nature584(7819) pp. 154-156​-156​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2368-8 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of the transcription coactivator SAGA​
    Wang, H.; Dienemann, C. ; Stützer, A.; Urlaub, H. ; Cheung, A. C. M. & Cramer, P. ​ (2020) 
    Nature577(7792) pp. 717​-720​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-1933-5 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2020 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of complete Pol II–DSIF–PAF–SPT6 transcription complex reveals RTF1 allosteric activation​
    Vos, S. M.; Farnung, L.; Linden, A.; Urlaub, H.   & Cramer, P. ​ (2020) 
    Nature Structural & Molecular Biology27(7) pp. 668​-677​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41594-020-0437-1 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2019 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structural Basis of Poxvirus Transcription: Transcribing and Capping Vaccinia Complexes​
    Hillen, H. S. ; Bartuli, J.; Grimm, C.; Dienemann, C. ; Bedenk, K.; Szalay, A. A & Fischer, U. et al.​ (2019) 
    Cell179(7) pp. 1525​-1536​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.11.023 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2019 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structural Basis of Poxvirus Transcription: Vaccinia RNA Polymerase Complexes​
    Grimm, C.; Hillen, H. S. ; Bedenk, K.; Bartuli, J.; Neyer, S.; Zhang, Q. & Hüttenhofer, A. et al.​ (2019) 
    Cell179(7) pp. 1537​-1550​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.11.024 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2019 Journal Article
    ​ ​Promoter Distortion and Opening in the RNA Polymerase II Cleft​
    Dienemann, C.; Schwalb, B.; Schilbach, S. & Cramer, P. ​ (2019) 
    Molecular Cell73(1) pp. 97​-106.e4​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2018.10.014 
    Details  DOI 
  • 2019 Journal Article | 
    ​ ​Global donor and acceptor splicing site kinetics in human cells​
    Wachutka, L.; Caizzi, L.; Gagneur, J. & Cramer, P. ​ (2019) 
    eLife8.​ DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.45056 
    Details  DOI 
  • 2019 Journal Article | 
    ​ ​Transcriptome maps of general eukaryotic RNA degradation factors​
    Sohrabi-Jahromi, S.; Hofmann, K. B; Boltendahl, A.; Roth, C.; Gressel, S.; Baejen, C. & Soeding, J. et al.​ (2019) 
    eLife8.​ DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.47040 
    Details  DOI 
  • 2019 Journal Article | 
    ​ ​The pause-initiation limit restricts transcription activation in human cells​
    Gressel, S.; Schwalb, B. & Cramer, P. ​ (2019) 
    Nature Communications10(1) art. 3603​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-019-11536-8 
    Details  DOI 
  • 2019 Journal Article
    ​ ​Real-time cryo-electron microscopy data preprocessing with Warp​
    Tegunov, D. & Cramer, P. ​ (2019) 
    Nature Methods16(11) pp. 1146​-1152​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41592-019-0580-y 
    Details  DOI 
  • 2019 Journal Article
    ​ ​Yeast mitochondrial protein Pet111p binds directly to two distinct targets in COX2 mRNA, suggesting a mechanism of translational activation​
    Jones, J. L.; Hofmann, K. B.; Cowan, A. T.; Temiakov, D.; Cramer, P.   & Anikin, M.​ (2019) 
    Journal of Biological Chemistry294(18) pp. 7528​-7536​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.RA118.005355 
    Details  DOI 
  • 2019 Journal Article
    ​ ​Structure of the super-elongation complex subunit AFF4 C-terminal homology domain reveals requirements for AFF homo- and heterodimerization​
    Chen, Y. & Cramer, P. ​ (2019) 
    Journal of Biological Chemistry294(27) pp. 10663​-10673​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.RA119.008577 
    Details  DOI 
  • 2019 Preprint
    ​ ​Structure of SWI/SNF chromatin remodeller RSC bound to a nucleosome​
    Wagner, F. R.; Dienemann, C.; Wang, H.; Stützer, A.; Tegunov, D.; Urlaub, H.& Cramer, P. ​ (2019). DOI: https://doi.org/10.1101/800508 
    Details  DOI 
  • 2019 Journal Article | Overview
    ​ ​Eukaryotic Transcription Turns 50​
    Cramer, P. ​ (2019) 
    Cell179(4) pp. 808​-812​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.09.018 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2019 Journal Article | Overview
    ​ ​Organization and regulation of gene transcription​
    Cramer, P. ​ (2019) 
    Nature573(7772) pp. 45​-54​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-019-1517-4 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2019 Journal Article | 
    ​ ​Structural basis of TFIIH activation for nucleotide excision repair​
    Kokic, G. ; Chernev, A. ; Tegunov, D. ; Dienemann, C. ; Urlaub, H.   & Cramer, P. ​ (2019) 
    Nature Communications10(1) art. 2885​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-019-10745-5 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2019 Journal Article | 
    ​ ​NASC-seq monitors RNA synthesis in single cells​
    Hendriks, G.-J.; Jung, L. A.; Larsson, A. J. M.; Lidschreiber, M.; Andersson Forsman, O.; Lidschreiber, K. & Cramer, P.  et al.​ (2019) 
    Nature Communications10(1) art. 3138​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-019-11028-9 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2018 Journal Article
    ​ ​Distinct Mechanisms of Transcription Initiation by RNA Polymerases I and II​
    Engel, C.; Neyer, S. & Cramer, P. ​ (2018) 
    Annual Review of Biophysics47(1) pp. 425​-446​.​ DOI: https://doi.org/10.1146/annurev-biophys-070317-033058 
    Details  DOI 
  • 2018 Journal Article
    ​ ​Structure of activated transcription complex Pol II–DSIF–PAF–SPT6​
    Vos, S. M.; Farnung, L.; Boehning, M.; Wigge, C. ; Linden, A.; Urlaub, H.   & Cramer, P. ​ (2018) 
    Nature560(7720) pp. 607​-612​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-018-0440-4 
    Details  DOI 
  • 2018 Journal Article
    ​ ​Structure of paused transcription complex Pol II–DSIF–NELF​
    Vos, S. M.; Farnung, L.; Urlaub, H.   & Cramer, P. ​ (2018) 
    Nature560(7720) pp. 601​-606​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-018-0442-2 
    Details  DOI 
  • 2018 Journal Article
    ​ ​The APT complex is involved in non-coding RNA transcription and is distinct from CPF​
    Lidschreiber, M.; Easter, A. D; Battaglia, S.; Rodríguez-Molina, J. B; Casañal, A.; Carminati, M. & Baejen, C. et al.​ (2018) 
    Nucleic Acids Research,.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gky845 
    Details  DOI 
  • 2018 Journal Article
    ​ ​Cryo-EM structure of a mammalian RNA polymerase II elongation complex inhibited by α-amanitin​
    Liu, X.; Farnung, L.; Wigge, C. & Cramer, P. ​ (2018) 
    Journal of Biological Chemistry293(19) pp. 7189​-7194​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.RA118.002545 
    Details  DOI 
  • 2018 Journal Article
    ​ ​Structural basis of mitochondrial transcription​
    Hillen, H. S. ; Temiakov, D. & Cramer, P. ​ (2018) 
    Nature Structural & Molecular Biology25(9) pp. 754​-765​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41594-018-0122-9 
    Details  DOI 
  • 2018 Journal Article
    ​ ​RNA polymerase II clustering through carboxy-terminal domain phase separation​
    Boehning, M.; Dugast-Darzacq, C.; Rankovic, M.; Hansen, A. S.; Yu, T.; Marie-Nelly, H. & McSwiggen, D. T. et al.​ (2018) 
    Nature Structural & Molecular Biology25(9) pp. 833​-840​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41594-018-0112-y 
    Details  DOI 
  • 2018 Journal Article | 
    ​ ​Structure of transcribing RNA polymerase II-nucleosome complex​
    Farnung, L.; Vos, S. M. & Cramer, P. ​ (2018) 
    Nature Communications9(1) art. 5432​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-018-07870-y 
    Details  DOI 
  • 2017 Journal Article
    ​ ​TT‐seq captures enhancer landscapes immediately after T‐cell stimulation​
    Michel, M.; Demel, C.; Zacher, B.; Schwalb, B.; Krebs, S.; Blum, H. & Gagneur, J. et al.​ (2017) 
    Molecular Systems Biology13(3) art. 920​.​ DOI: https://doi.org/10.15252/msb.20167507 
    Details  DOI 
  • 2017 Journal Article
    ​ ​Architecture of a transcribing-translating expressome​
    Kohler, R.; Mooney, R. A.; Mills, D. J.; Landick, R. & Cramer, P. ​ (2017) 
    Science356(6334) pp. 194​-197​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.aal3059 
    Details  DOI 
  • 2017 Journal Article | 
    ​ ​RNA-dependent chromatin association of transcription elongation factors and Pol II CTD kinases​
    Battaglia, S.; Lidschreiber, M.; Baejen, C.; Torkler, P.; Vos, S. M & Cramer, P. ​ (2017) 
    eLife6.​ DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.25637 
    Details  DOI 
  • 2017 Journal Article
    ​ ​Structural Molecular Biology—A Personal Reflection on the Occasion of John Kendrew's 100th Birthday​
    Cramer, P. ​ (2017) 
    Journal of Molecular Biology429(17) pp. 2603​-2610​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2017.05.007 
    Details  DOI 
  • 2017 Journal Article
    ​ ​Accurate Promoter and Enhancer Identification in 127 ENCODE and Roadmap Epigenomics Cell Types and Tissues by GenoSTAN​
    Zacher, B.; Michel, M.; Schwalb, B.; Cramer, P. ; Tresch, A. & Gagneur, J.​ (2017) 
    PloS one12(1).​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0169249 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Journal Article | 
    ​ ​Core Mediator structure at 3.4 Å extends model of transcription initiation complex​
    Nozawa, K.; Schneider, T. R. & Cramer, P. ​ (2017) 
    Nature545 pp. 248​-251​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature22328 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Journal Article
    ​ ​Structural Basis of Mitochondrial Transcription Initiation​
    Hillen, H. S. ; Morozov, Y. I.; Sarfallah, A.; Temiakov, D. & Cramer, P. ​ (2017) 
    Cell171(5) pp. 1072​-1081​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.10.036 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Journal Article
    ​ ​Structural Basis of RNA Polymerase I Transcription Initiation​
    Engel, C. ; Gubbey, T.; Neyer, S.; Sainsbury, S.; Oberthuer, C.; Baejen, C. & Bernecky, C. et al.​ (2017) 
    Cell169(1) pp. 120​-131​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.03.003 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Journal Article
    ​ ​Mechanism of RNA polymerase II stalling by DNA alkylation​
    Malvezzi, S.; Farnung, L.; Aloisi, C. M. N.; Angelov, T.; Cramer, P.   & Sturla, S. J.​ (2017) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America114(46) pp. 12172​-12177​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1706592114 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Journal Article | 
    ​ ​The conserved protein Seb1 drives transcription termination by binding RNA polymerase II and nascent RNA​
    Wittmann, S.; Renner, M.; Watts, B. R.; Adams, O.; Huseyin, M.; Baejen, C. & El Omari, K. et al.​ (2017) 
    Nature Communications8 art. 14861​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/ncomms14861 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Journal Article | 
    ​ ​CDK9-dependent RNA polymerase II pausing controls transcription initiation​
    Gressel, S.; Schwalb, B.; Qin, W.; Leonhardt, H.; Eick, D. & Cramer, P. ​ (2017) 
    eLife6.​ DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.29736 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Journal Article | 
    ​ ​Architecture of the RNA polymerase II-Paf1C-TFIIS transcription elongation complex​
    Xu, Y.; Bernecky, C.; Lee, C.-T. ; Maier, K. C.; Schwalb, B.; Tegunov, D.   & Plitzko, J. M. et al.​ (2017) 
    Nature Communications8 art. 15741​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/ncomms15741 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Journal Article
    ​ ​Spt5 Plays Vital Roles in the Control of Sense and Antisense Transcription Elongation​
    Shetty, A.; Kallgren, S. P.; Demel, C.; Spatt, D.; Alver, B. H.; Cramer, P.   & Park, P. J. et al.​ (2017) 
    Molecular Cell66(1) pp. 77​-88​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.02.023 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Journal Article
    ​ ​Structures of transcription pre-initiation complex with TFIIH and Mediator​
    Schilbach, S. ; Hantsche, M. ; Tegunov, D. ; Dienemann, C. ; Wigge, C. ; Urlaub, H.   & Cramer, P. ​ (2017) 
    Nature551 pp. 204​-209​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature24282 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Journal Article
    ​ ​Structure of a transcribing RNA polymerase II-DSIF complex reveals a multidentate DNA-RNA clamp​
    Bernecky, C.; Plitzko, J. M. & Cramer, P. ​ (2017) 
    Nature Structural & Molecular Biology24(10) pp. 809​-815​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nsmb.3465 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Journal Article
    ​ ​Nucleosome-Chd1 structure and implications for chromatin remodelling​
    Farnung, L.; Vos, S. M.; Wigge, C.   & Cramer, P. ​ (2017) 
    Nature550 pp. 539​-542​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature24046 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Journal Article
    ​ ​Mechanism of Transcription Anti-termination in Human Mitochondria​
    Hillen, H. S. ; Parshin, A. V.; Agaronyan, K.; Morozov, Y. I.; Graber, J. J.; Chernev, A.   & Schwinghammer, K. et al.​ (2017) 
    Cell171(5) pp. 1082​-1093​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.09.035 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Journal Article
    ​ ​Genome-wide Analysis of RNA Polymerase II Termination at Protein-Coding Genes​
    Baejen, C.; Andreani, J.; Torkler, P.; Battaglia, S.; Schwalb, B.; Lidschreiber, M. & Maier, K. C. et al.​ (2017) 
    Molecular Cell66(1) pp. 38​-49​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2017.02.009 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 Journal Article
    ​ ​Conserved RNA polymerase II initiation complex structure​
    Hantsche, M.   & Cramer, P. ​ (2017) 
    Current opinion in structural biology47 pp. 17​-22​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.sbi.2017.03.013 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2016 Journal Article | 
    ​ ​Structure of RNA polymerase I transcribing ribosomal DNA genes​
    Neyer, S.; Kunz, M.; Geiss, C.; Hantsche, M. ; Hodirnau, V.-V.; Seybert, A. & Engel, C.  et al.​ (2016) 
    Nature540(7634) pp. 607​-610​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature20561 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2016 Journal Article
    ​ ​The Structural Basis of Transcription: 10 Years After the Nobel Prize in Chemistry​
    Hantsche, M.   & Cramer, P. ​ (2016) 
    Angewandte Chemie International Edition55(52) pp. 15972​-15981​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/anie.201608066 
    Details  DOI 
  • 2016 Journal Article
    ​ ​Determinants of RNA metabolism in the Schizosaccharomyces pombe genome​
    Eser, P.; Wachutka, L.; Maier, K. C.; Demel, C.; Boroni, M.; Iyer, S. & Cramer, P.  et al.​ (2016) 
    Molecular Systems Biology12(2) art. 857​.​ DOI: https://doi.org/10.15252/msb.20156526 
    Details  DOI 
  • 2016 Journal Article
    ​ ​Nucleosomal arrangement affects single-molecule transcription dynamics​
    Fitz, V.; Shin, J.; Ehrlich, C.; Farnung, L.; Cramer, P. ; Zaburdaev, V. & Grill, S. W.​ (2016) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences113(45) pp. 12733​-12738​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1602764113 
    Details  DOI 
  • 2016 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Inference of gene regulation functions from dynamic transcriptome data​
    Hillenbrand, P.; Maier, K. C.; Cramer, P.   & Gerland, U.​ (2016) 
    eLife5 art. e12188​.​ DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.12188 
    Details  DOI  WoS 
  • 2016 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Architecture and RNA binding of the human negative elongation factor​
    Vos, S. M.; Poellmann, D.; Caizzi, L.; Hofmann, K. B.; Rombaut, P.; Zimniak, T. & Herzog, F. et al.​ (2016) 
    eLife5 art. e14981​.​ DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.14981 
    Details  DOI  WoS 
  • 2016 Journal Article
    ​ ​Structure determination of transient transcription complexes​
    Cramer, P. ​ (2016) 
    Biochemical Society Transactions44(4) pp. 1177​-1182​.​ DOI: https://doi.org/10.1042/BST20160079 
    Details  DOI 
  • 2016 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Mediator Architecture and RNA Polymerase II Interaction​
    Plaschka, C.; Nozawa, K. & Cramer, P. ​ (2016) 
    Journal of Molecular Biology428(12) pp. 2569​-2574​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2016.01.028 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2016 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening​
    Plaschka, C.; Hantsche, M. ; Dienemann, C. ; Burzinski, C.; Plitzko, J. & Cramer, P. ​ (2016) 
    Nature533(7603) pp. 353​-358​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature17990 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2016 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Heptad-Specific Phosphorylation of RNA Polymerase II CTD​
    Schueller, R.; Forne, I.; Straub, T.; Schreieck, A.; Texier, Y.; Shah, N. & Decker, T.-M. et al.​ (2016) 
    Molecular Cell61(2) pp. 305​-314​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2015.12.003 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2016 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of GPN-Loop GTPase Npa3 and Implications for RNA Polymerase II Assembly​
    Niesser, J.; Wagner, F. R.; Kostrewa, D.; Muehlbacher, W. & Cramer, P. ​ (2016) 
    Molecular and Cellular Biology36(5) pp. 820​-831​.​ DOI: https://doi.org/10.1128/MCB.01009-15 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2016 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​RNA polymerase I-Rrn3 complex at 4.8 angstrom resolution​
    Engel, C. ; Plitzko, J. & Cramer, P. ​ (2016) 
    Nature Communications7 art. 12129​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/ncomms12129 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2016 Journal Article
    ​ ​Structure of transcribing mammalian RNA polymerase II​
    Bernecky, C.; Herzog, F.; Baumeister, W.; Plitzko, J. M. & Cramer, P. ​ (2016) 
    Nature529(7587) pp. 551​-554​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature16482 
    Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2016 Journal Article | Research Paper
    ​ ​TT-seq maps the human transient transcriptome​
    Schwalb, B.; Michel, M.; Zacher, B.; Fruehauf, K.; Demel, C.; Tresch, A. & Gagneur, J. et al.​ (2016) 
    Science352(6290) pp. 1225​-1228​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.aad9841 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2016 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Mechanisms of backtrack recovery by RNA polymerases I and II​
    Lisica, A.; Engel, C. ; Jahnel, M.; Roldan, E.; Galburt, E. A.; Cramer, P.   & Grill, S. W.​ (2016) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences113(11) pp. 2946​-2951​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1517011113 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2015 Review
    ​ ​Structural basis of transcription initiation by RNA polymerase II​
    Sainsbury, S.; Bernecky, C.& Cramer, P. ​ (2015)
    Nature Reviews Molecular Cell Biology, 16​(3) pp. 129​-143​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nrm3952 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2015 Journal Article | Research Paper
    ​ ​An alternative RNA polymerase I structure reveals a dimer hinge​
    Kostrewa, D.; Kuhn, C.-D.; Engel, C.   & Cramer, P. ​ (2015) 
    Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography71 pp. 1850​-1855​.​ DOI: https://doi.org/10.1107/S1399004715012651 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2015 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of Ctk3, a subunit of the RNA polymerase II CTD kinase complex, reveals a noncanonical CTD-interacting domain fold​
    Muehlbacher, W.; Mayer, A.; Sun, M.; Remmert, M.; Cheung, A. C. M.; Niesser, J. & Soeding, J. et al.​ (2015) 
    Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics83(10) pp. 1849​-1858​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/prot.24869 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2015 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Molecular Basis of Transcription-Coupled Pre-mRNA Capping​
    Martinez-Rucobo, F. W.; Kohler, R.; Van De Waterbeemd, M.; Heck, A. J. R.; Hemann, M.; Herzog, F. & Stark, H.  et al.​ (2015) 
    Molecular Cell58(6) pp. 1079​-1089​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2015.04.004 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2015 Journal Article | Research Paper
    ​ ​A model for transcription initiation in human mitochondria​
    Morozov, Y. I.; Parshin, A. V.; Agaronyan, K.; Cheung, A. C. M.; Anikin, M.; Cramer, P.   & Temiakov, D.​ (2015) 
    Nucleic Acids Research43(7) pp. 3726​-3735​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkv235 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2015 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core initiation complex​
    Plaschka, C.; Lariviere, L.; Wenzeck, L.; Seizl, M.; Hemann, M.; Tegunov, D.   & Petrotchenko, E. V. et al.​ (2015) 
    Nature518(7539) pp. 376​-380​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature14229 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2015 Journal Article | Research Paper
    ​ ​BRF1 mutations alter RNA polymerase III-dependent transcription and cause neurodevelopmental anomalies​
    Borck, G.; Hög, F.; Dentici, M. L.; Tan, P. L.; Sowada, N.; Medeira, A. & Gueneau, L. et al.​ (2015) 
    Genome Research25(2) pp. 155​-166​.​ DOI: https://doi.org/10.1101/gr.176925.114 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 Journal Article | Research Paper
    ​ ​A novel intermediate in transcription initiation by human mitochondrial RNA polymerase​
    Morozov, Y. I.; Agaronyan, K.; Cheung, A. C. M.; Anikin, M.; Cramer, P.   & Temiakov, D.​ (2014) 
    Nucleic Acids Research42(6) pp. 3884​-3893​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkt1356 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Transcriptome Maps of mRNP Biogenesis Factors Define Pre-mRNA Recognition​
    Baejen, C.; Torkler, P.; Gressel, S.; Essig, K.; Soeding, J. & Cramer, P. ​ (2014) 
    Molecular Cell55(5) pp. 745​-757​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2014.08.005 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Periodic mRNA synthesis and degradation co‐operate during cell cycle gene expression​
    Eser, P.; Demel, C.; Maier, K. C; Schwalb, B.; Pirkl, N.; Martin, D. E & Cramer, P.  et al.​ (2014) 
    Molecular Systems Biology10(4) pp. 726​-15​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/msb.20140001 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Annotation of genomics data using bidirectional hidden Markov models unveils variations in Pol II transcription cycle​
    Zacher, B.; Lidschreiber, M.; Cramer, P. ; Gagneur, J. & Tresch, A.​ (2014) 
    Molecular Systems Biology10(12) art. 768​.​ DOI: https://doi.org/10.15252/msb.20145654 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Conserved architecture of the core RNA polymerase II initiation complex​
    Muehlbacher, W.; Sainsbury, S.; Hemann, M.; Hantsche, M. ; Neyer, S.; Herzog, F. & Cramer, P. ​ (2014) 
    Nature Communications5 art. 4310​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/ncomms5310 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Rpb4 Subunit Functions Mainly in mRNA Synthesis by RNA Polymerase II​
    Schulz, D.; Pirkl, N.; Lehmann, E. & Cramer, P. ​ (2014) 
    Journal of biological chemistry289(25) pp. 17446​-17452​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M114.568014 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Scp160p is required for translational efficiency of codon-optimized mRNAs in yeast​
    Hirschmann, W. D.; Westendorf, H.; Mayer, A.; Cannarozzi, G.; Cramer, P.   & Jansen, R.-P.​ (2014) 
    Nucleic Acids Research42(6) pp. 4043​-4055​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkt1392 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure-Based Prediction of Asparagine and Aspartate Degradation Sites in Antibody Variable Regions​
    Sydow, J. F.; Lipsmeier, F.; Larraillet, V.; Hilger, M.; Mautz, B.; Molhoj, M. & Kuentzer, J. et al.​ (2014) 
    PLOS ONE9(6) art. e100736​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0100736 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 Review
    ​ ​A Tale of Chromatin and Transcription in 100 Structures​
    Cramer, P. ​ (2014)
    Cell, 159​(5) pp. 985​-994​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.10.047 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 Journal Article
    ​ ​RNA polymerase II termination involves C-terminal-domain tyrosine dephosphorylation by CPF subunit Glc7​
    Schreieck, A.; Easter, A. D.; Etzold, S.; Wiederhold, K.; Lidschreiber, M.; Cramer, P.   & Passmore, L. A.​ (2014) 
    Nature Structural & Molecular Biology21(2) pp. 175​-179​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nsmb.2753 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Molecular Basis for Coordinating Transcription Termination with Noncoding RNA Degradation​
    Tudek, A.; Porrua, O.; Kabzinski, T.; Lidschreiber, M.; Kubicek, K.; Fortova, A. & Lacroute, F. et al.​ (2014) 
    Molecular Cell55(3) pp. 467​-481​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2014.05.031 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Journal Article
    ​ ​Structure of the Mediator head module​
    Larivière, L.; Plaschka, C.; Seizl, M.; Wenzeck, L.; Kurth, F. & Cramer, P. ​ (2013) 
    Acta Crystallographica Section A Foundations of Crystallography69(a1) pp. s58​-s58​.​ DOI: https://doi.org/10.1107/S0108767313099509 
    Details  DOI 
  • 2013 Conference Abstract
    ​ ​Coupling of mRNA synthesis and export by direct binding of TREX to the phospho-CTD of RNA Polymerase II​
    Meinel, D. M.; Burkert-Kautzsch, C.; Kieser, A.; O'Duibhir, E.; Siebert, M.; Mayer, A. & Cramer, P.  et al.​ (2013)
    ​Yeast. , Frankfurt/Main, Germany. DOI: https://doi.org/10.1002/yea.2972 
    Details  DOI 
  • 2013 Journal Article | Letter Note
    ​ ​Struggling to let go: a non-coding RNA directs its own extension and destruction​
    Bernecky, C. & Cramer, P. ​ (2013) 
    EMBO Journal32(6) pp. 771​-772​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/emboj.2013.36 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structures of RNA polymerase II complexes with Bye1, a chromatin-binding PHF3/DIDO homologue​
    Kinkelin, K.; Wozniak, G. G.; Rothbart, S. B.; Lidschreiber, M.; Strahl, B. D. & Cramer, P. ​ (2013) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences110(38) pp. 15277​-15282​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1311010110 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Global Analysis of Eukaryotic mRNA Degradation Reveals Xrn1-Dependent Buffering of Transcript Levels​
    Sun, M.; Schwalb, B.; Pirkl, N.; Maier, K. C.; Schenk, A.; Failmezger, H. & Tresch, A. et al.​ (2013) 
    Molecular Cell52(1) pp. 52​-62​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2013.09.010 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​RNA polymerase I structure and transcription regulation​
    Engel, C. ; Sainsbury, S.; Cheung, A. C.; Kostrewa, D. & Cramer, P. ​ (2013) 
    Nature502(7473) pp. 650​-655​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature12712 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Cap Completion and C-Terminal Repeat Domain Kinase Recruitment Underlie the Initiation-Elongation Transition of RNA Polymerase II​
    Lidschreiber, M.; Leike, K. & Cramer, P. ​ (2013) 
    Molecular and Cellular Biology33(19) pp. 3805​-3816​.​ DOI: https://doi.org/10.1128/MCB.00361-13 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Structure and function of the initially transcribing RNA polymerase II-TFIIB complex​
    Sainsbury, S.; Niesser, J. & Cramer, P. ​ (2013) 
    Nature493(7432) pp. 437​-440​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature11715 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Review
    ​ ​Structural basis of transcription elongation​
    Martinez-Rucobo, F. W.& Cramer, P. ​ (2013)
    Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Gene Regulatory Mechanisms, 1829​(1) pp. 9​-19​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2012.09.002 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Drosophila miR-277 controls branched-chain amino acid catabolism and affects lifespan​
    Esslinger, S. M.; Schwalb, B.; Helfer, S.; Michalik, K. M.; Witte, H.; Maier, K. C. & Martin, D. et al.​ (2013) 
    RNA Biology10(6) pp. 1042​-1056​.​ DOI: https://doi.org/10.4161/rna.24810 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Journal Article | Letter Note
    ​ ​Transitions for Regulating Early Transcription​
    Michel, M. & Cramer, P. ​ (2013) 
    Cell153(5) pp. 943​-944​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.04.050 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Model of the Mediator middle module based on protein cross-linking​
    Lariviere, L.; Plaschka, C.; Seizl, M.; Petrotchenko, E. V.; Wenzeck, L.; Borchers, C. H. & Cramer, P. ​ (2013) 
    Nucleic Acids Research41(20) pp. 9266​-9273​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkt704 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Journal Article
    ​ ​Recruitment of TREX to the Transcription Machinery by Its Direct Binding to the Phospho-CTD of RNA Polymerase II​
    Meinel, D. M.; Burkert-Kautzsch, C.; Kieser, A.; O'Duibhir, E.; Siebert, M.; Mayer, A. & Cramer, P.  et al.​ (2013) 
    PLoS Genetics9(11) art. e1003914​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003914 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of human mitochondrial RNA polymerase elongation complex​
    Schwinghammer, K.; Cheung, A. C. M.; Morozov, Y. I.; Agaronyan, K.; Temiakov, D. & Cramer, P. ​ (2013) 
    Nature Structural & Molecular Biology20(11) pp. 1298​-1303​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nsmb.2683 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Transcriptome Surveillance by Selective Termination of Noncoding RNA Synthesis​
    Schulz, D.; Schwalb, B.; Kiesel, A.; Baejen, C.; Torkler, P.; Gagneur, J. & Soeding, J. et al.​ (2013) 
    Cell155(5) pp. 1075​-1087​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2013.10.024 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Journal Article | Research Paper
    ​ ​The RNA Polymerase II C-terminal Domain-interacting Domain of Yeast Nrd1 Contributes to the Choice of Termination Pathway and Couples to RNA Processing by the Nuclear Exosome​
    Heo, D.-H.; Yoo, I.; Kong, J.; Lidschreiber, M.; Mayer, A.; Choi, B.-Y. & Hahn, Y. et al.​ (2013) 
    Journal of biological chemistry288(51) pp. 36676​-36690​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M113.508267 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 Journal Article | Research Paper
    ​ ​The RNA polymerase trigger loop functions in all three phases of the transcription cycle​
    Fouqueau, T.; Zeller, M. E.; Cheung, A. C.; Cramer, P.   & Thomm, M.​ (2013) 
    Nucleic Acids Research41(14) pp. 7048​-7059​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkt433 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article
    ​ ​Dynamic Architecture of the RNA Polymerase II Open Promoter Complex​
    Treutlein, B.; Muschielok, A.; Andrecka, J.; Jawhari, A.; Buchen, C.; Kostrewa, D. & Hög, F. et al.​ (2012) 
    Biophysical Journal102(3) pp. 285a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.11.1574 
    Details  DOI 
  • 2012 Review
    ​ ​Biogenesis of multisubunit RNA polymerases​
    Wild, T.& Cramer, P. ​ (2012)
    Trends in Biochemical Sciences, 37​(3) pp. 99​-105​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.tibs.2011.12.001 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article | Research Paper
    ​ ​CTD Tyrosine Phosphorylation Impairs Termination Factor Recruitment to RNA Polymerase II​
    Mayer, A.; Heidemann, M.; Lidschreiber, M.; Schreieck, A.; Sun, M.; Hintermair, C. & Kremmer, E. et al.​ (2012) 
    Science336(6089) pp. 1723​-1725​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.1219651 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Review
    ​ ​A Movie of RNA Polymerase II Transcription​
    Cheung, A. C. M.& Cramer, P. ​ (2012)
    Cell, 149​(7) pp. 1431​-1437​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.06.006 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article | Research Paper
    ​ ​A structural perspective on Mediator function​
    Lariviere, L.; Seizl, M. & Cramer, P. ​ (2012) 
    Current Opinion in Cell Biology24(3) pp. 305​-313​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.ceb.2012.01.007 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article | Research Paper
    ​ ​The Spt5 C-Terminal Region Recruits Yeast 3 ' RNA Cleavage Factor I​
    Mayer, A.; Schreieck, A.; Lidschreiber, M.; Leike, K.; Martin, D. E. & Cramer, P. ​ (2012) 
    Molecular and Cellular Biology32(7) pp. 1321​-1331​.​ DOI: https://doi.org/10.1128/MCB.06310-11 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article | Research Paper
    ​ ​RNA polymerase III subunit architecture and implications for open promoter complex formation​
    Wu, C.-C.; Herzog, F.; Jennebach, S.; Lin, Y.-C.; Pai, C.-Y.; Aebersold, R. & Cramer, P.  et al.​ (2012) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences109(47) pp. 19232​-19237​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1211665109 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Review
    ​ ​Conservation between the RNA Polymerase I, II, and III Transcription Initiation Machineries​
    Vannini, A.& Cramer, P. ​ (2012)
    Molecular Cell, 45​(4) pp. 439​-446​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2012.01.023 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Allosteric antibody inhibition of human hepsin protease​
    Koschubs, T.; Dengl, S.; Dürr, H.; Kaluza, K.; Georges, G.; Hartl, C. & Jennewein, S. et al.​ (2012) 
    Biochemical Journal442(2) pp. 483​-494​.​ DOI: https://doi.org/10.1042/BJ20111317 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of the Mediator head module​
    Lariviere, L.; Plaschka, C.; Seizl, M.; Wenzeck, L.; Kurth, F. & Cramer, P. ​ (2012) 
    Nature492(7429) pp. 448​-451​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature11670 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Crosslinking-MS analysis reveals RNA polymerase I domain architecture and basis of rRNA cleavage​
    Jennebach, S.; Herzog, F.; Aebersold, R. & Cramer, P. ​ (2012) 
    Nucleic Acids Research40(12) pp. 5591​-5601​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gks220 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Comparative dynamic transcriptome analysis (cDTA) reveals mutual feedback between mRNA synthesis and degradation​
    Sun, M.; Schwalb, B.; Schulz, D.; Pirkl, N.; Etzold, S.; Lariviere, L. & Maier, K. C. et al.​ (2012) 
    Genome Research22(7) pp. 1350​-1359​.​ DOI: https://doi.org/10.1101/gr.130161.111 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Measurement of genome-wide RNA synthesis and decay rates with Dynamic Transcriptome Analysis (DTA)​
    Schwalb, B.; Schulz, D.; Sun, M.; Zacher, B.; Duemcke, S.; Martin, D. E. & Cramer, P.  et al.​ (2012) 
    Bioinformatics28(6) pp. 884​-885​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts052 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article | Research Paper
    ​ ​One Hand Clapping: detection of condition-specific transcription factor interactions from genome-wide gene activity data​
    Duemcke, S.; Seizl, M.; Etzold, S.; Pirkl, N.; Martin, D. E.; Cramer, P.   & Tresch, A.​ (2012) 
    Nucleic Acids Research40(18) pp. 8883​-8892​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gks695 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article | Research Paper
    ​ ​MC EMiNEM Maps the Interaction Landscape of the Mediator​
    Niederberger, T.; Etzold, S.; Lidschreiber, M.; Maier, K. C.; Martin, D. E.; Froehlich, H. & Cramer, P.  et al.​ (2012) 
    PLOS Computational Biology8(6) art. e1002568​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002568 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Mediator Phosphorylation Prevents Stress Response Transcription During Non-stress Conditions​
    Miller, C.; Matic, I.; Maier, K. C.; Schwalb, B.; Roether, S.; Straesser, K. & Tresch, A. et al.​ (2012) 
    Journal of biological chemistry287(53) pp. 44017​-44026​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M112.430140 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Mechanism of Translesion Transcription by RNA Polymerase II and Its Role in Cellular Resistance to DNA Damage​
    Walmacq, C.; Cheung, A. C. M.; Kireeva, M. L.; Lubkowska, L.; Ye, C.; Gotte, D. & Strathern, J. N. et al.​ (2012) 
    Molecular Cell46(1) pp. 18​-29​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2012.02.006 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Dynamic Architecture of a Minimal RNA Polymerase II Open Promoter Complex​
    Treutlein, B.; Muschielok, A.; Andrecka, J.; Jawhari, A.; Buchen, C.; Kostrewa, D. & Hög, F. et al.​ (2012) 
    Molecular Cell46(2) pp. 136​-146​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2012.02.008 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 Journal Article
    ​ ​Ein Konformationsschalter ist für die Funktionsweise der Protease ClpP verantwortlich​
    Geiger, S. R.; Böttcher, T.; Sieber, S. A. & Cramer, P. ​ (2011) 
    Angewandte Chemie123(25) pp. 5867​-5871​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/ange.201100666 
    Details  DOI 
  • 2011 Journal Article
    ​ ​Nano-Positioning-System Reveals Structure of the RNA Polymerase II Initially Transcribing Complex (ITC)​
    Treutlein, B.; Muschielok, A.; Andrecka, J.; Jawhari, A.; Buchen, C.; Hög, F. & Cramer, P.  et al.​ (2011) 
    Biophysical Journal100(3) pp. 475a​-476a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2010.12.2787 
    Details  DOI 
  • 2011 Journal Article
    ​ ​Structural biology of eukaryotic gene transcription​
    Cramer, P. ​ (2011) 
    Acta Crystallographica Section A Foundations of Crystallography67(a1) pp. C172​-C173​.​ DOI: https://doi.org/10.1107/S0108767311095729 
    Details  DOI 
  • 2011 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure and VP16 binding of the Mediator Med25 activator interaction domain​
    Vojnic, E.; Mourao, A.; Seizl, M.; Simon, B.; Wenzeck, L.; Lariviere, L. & Baum, S. et al.​ (2011) 
    Nature Structural & Molecular Biology18(4) pp. 404​-409​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nsmb.1997 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structural basis of initial RNA polymerase II transcription​
    Cheung, A. C. M.; Sainsbury, S. & Cramer, P. ​ (2011) 
    EMBO Journal30(23) pp. 4755​-4763​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/emboj.2011.396 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Mediator head subcomplex Med11/22 contains a common helix bundle building block with a specific function in transcription initiation complex stabilization​
    Seizl, M.; Lariviere, L.; Pfaffeneder, T.; Wenzeck, L. & Cramer, P. ​ (2011) 
    Nucleic Acids Research39(14) pp. 6291​-6304​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkr229 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Iwr1 Directs RNA Polymerase II Nuclear Import​
    Czeko, E.; Seizl, M.; Augsberger, C.; Mielke, T. & Cramer, P. ​ (2011) 
    Molecular Cell42(2) pp. 261​-266​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2011.02.033 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 Journal Article | Letter Note
    ​ ​Proteins: histones and chromatin​
    Cramer, P.   & Wolberger, C.​ (2011) 
    Current Opinion in Structural Biology21(6) pp. 695​-697​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.sbi.2011.10.006 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 Journal Article | Research Paper
    ​ ​A Conformational Switch Underlies ClpP Protease Function​
    Geiger, S. R.; Böttcher, T.; Sieber, S. A. & Cramer, P. ​ (2011) 
    Angewandte Chemie International Edition50(25) pp. 5749​-5752​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/anie.201100666 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Architecture of the RNA polymerase-Spt4/5 complex and basis of universal transcription processivity​
    Martinez-Rucobo, F. W.; Sainsbury, S.; Cheung, A. C. M. & Cramer, P. ​ (2011) 
    EMBO Journal30(7) pp. 1302​-1310​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/emboj.2011.64 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Evolution of Two Modes of Intrinsic RNA Polymerase Transcript Cleavage​
    Ruan, W.; Lehmann, E.; Thomm, M.; Kostrewa, D. & Cramer, P. ​ (2011) 
    Journal of biological chemistry286(21) pp. 18701​-18707​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M111.222273 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Structural basis of RNA polymerase II backtracking, arrest and reactivation​
    Cheung, A. C. M. & Cramer, P. ​ (2011) 
    Nature471(7337) pp. 249​-253​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature09785 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Structure of human mitochondrial RNA polymerase​
    Ringel, R.; Sologub, M.; Morozov, Y. I.; Litonin, D.; Cramer, P.   & Temiakov, D.​ (2011) 
    Nature478(7368) pp. 269​-273​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature10435 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Molecular basis of Rrn3-regulated RNA polymerase I initiation and cell growth​
    Blattner, C.; Jennebach, S.; Herzog, F.; Mayer, A.; Cheung, A. C. M.; Witte, G. & Lorenzen, K. et al.​ (2011) 
    Genes & Development25(19) pp. 2093​-2105​.​ DOI: https://doi.org/10.1101/gad.17363311 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Dynamic transcriptome analysis measures rates of mRNA synthesis and decay in yeast​
    Miller, C.; Schwalb, B.; Maier, K. ; Schulz, D.; Duemcke, S.; Zacher, B. & Mayer, A. et al.​ (2011) 
    Molecular Systems Biology7 art. 458​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/msb.2010.112 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 Journal Article | Research Paper
    ​ ​A Conserved GA Element in TATA-Less RNA Polymerase II Promoters​
    Seizl, M.; Hartmann, H.; Hoeg, F.; Kurth, F.; Martin, D. E.; Soeding, J. & Cramer, P. ​ (2011) 
    PLoS ONE6(11) art. e27595​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0027595 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 Journal Article | Research Paper
    ​ ​A Cytoplasmic Complex Mediates Specific mRNA Recognition and Localization in Yeast​
    Mueller, M.; Heym, R. G.; Mayer, A.; Kramer, K. ; Schmid, M.; Cramer, P.   & Urlaub, H.  et al.​ (2011) 
    PLoS Biology9(4) art. e1000611​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000611 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2010 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Preparation and topology of the Mediator middle module​
    Koschubs, T.; Lorenzen, K.; Baumli, S.; Sandstroem, S.; Heck, A. J. R. & Cramer, P. ​ (2010) 
    Nucleic Acids Research38(10) pp. 3186​-3195​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkq029 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2010 Journal Article
    ​ ​10 Jahre RNA-Polymerase-Struktur – von Transkription zu Genregulation​
    Sydow, J. F.; Kostrewa, D.; Martin, D. E. & Cramer, P. ​ (2010) 
    BIOspektrum16(1) pp. 24​-27​.​
    Details 
  • 2010 Review
    ​ ​Towards molecular systems biology of gene transcription and regulation​
    Cramer, P. ​ (2010)
    Biological Chemistry, 391​(7) pp. 731​-735​.​ DOI: https://doi.org/10.1515/BC.2010.094 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2010 Journal Article | Research Paper
    ​ ​A Tandem SH2 Domain in Transcription Elongation Factor Spt6 Binds the Phosphorylated RNA Polymerase II C-terminal Repeat Domain (CTD)​
    Sun, M.; Lariviere, L.; Dengl, S.; Mayer, A. & Cramer, P. ​ (2010) 
    Journal of biological chemistry285(53) pp. 41597​-41603​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M110.144568 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2010 Journal Article | Research Paper
    ​ ​The archaeo-eukaryotic primase of plasmid pRN1 requires a helix bundle domain for faithful primer synthesis​
    Beck, K.; Vannini, A.; Cramer, P.   & Lipps, G.​ (2010) 
    Nucleic Acids Research38(19) pp. 6707​-6718​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkq447 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2010 Journal Article | Research Paper
    ​ ​RNA Polymerase I Contains a TFIIF-Related DNA-Binding Subcomplex​
    Geiger, S. R.; Lorenzen, K.; Schreieck, A.; Hanecker, P.; Kostrewa, D.; Heck, A. J. R. & Cramer, P. ​ (2010) 
    Molecular Cell39(4) pp. 583​-594​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2010.07.028 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2010 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Uniform transitions of the general RNA polymerase II transcription complex​
    Mayer, A.; Lidschreiber, M.; Siebert, M.; Leike, K.; Soeding, J. & Cramer, P. ​ (2010) 
    Nature Structural & Molecular Biology17(10) pp. 1272​-1278​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nsmb.1903 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2010 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Spt4/5 stimulates transcription elongation through the RNA polymerase clamp coiled-coil motif​
    Hirtreiter, A.; Damsma, G. E.; Cheung, A. C. M.; Klose, D.; Grohmann, D.; Vojnic, E. & Martin, A. C. R. et al.​ (2010) 
    Nucleic Acids Research38(12) pp. 4040​-4051​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkq135 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2010 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Architecture of the RNA polymerase II-TFIIF complex revealed by cross-linking and mass spectrometry​
    Chen, Z. A.; Jawhari, A.; Fischer, L.; Buchen, C.; Tahir, S.; Kamenski, T. & Rasmussen, M. et al.​ (2010) 
    EMBO Journal29(4) pp. 717​-726​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/emboj.2009.401 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2010 Journal Article | Research Paper
    ​ ​The Transcription Elongation Factor Bur1-Bur2 Interacts with Replication Protein A and Maintains Genome Stability during Replication Stress​
    Clausing, E.; Mayer, A.; Chanarat, S.; Mueller, B.; Germann, S. M.; Cramer, P.   & Lisby, M. et al.​ (2010) 
    Journal of biological chemistry285(53) pp. 41665​-41674​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M110.193292 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2010 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Molecular Basis of RNA Polymerase III Transcription Repression by Maf1​
    Vannini, A.; Ringel, R.; Kusser, A. G.; Berninghausen, O.; Kassavetis, G. A. & Cramer, P. ​ (2010) 
    Cell143(1) pp. 59​-70​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.09.002 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2009 Journal Article
    ​ ​Multisubunit RNA polymerases melt only a single DNA base pair downstream of the active site.​
    Kashkina, E.; Anikin, M.; Brueckner, F.; Lehmann, E.; Kochetkov, S. N.; McAllister, W. T. & Cramer, P.  et al.​ (2009) 
    Journal of Biological Chemistry284(33) pp. 22500​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.A700098200 
    Details  DOI 
  • 2009 Journal Article
    ​ ​Functional architecture of RNA polymerase I​
    Geiger, S. R.; Kuhn, C.-D.; Baumli, S.; Gartmann, M.; Gerber, J.; Jennebach, S. & Mielke, T. et al.​ (2009) 
    Acta Crystallographica Section A Foundations of Crystallography65(a1) pp. s13​-s13​.​ DOI: https://doi.org/10.1107/S0108767309099796 
    Details  DOI 
  • 2009 Journal Article
    ​ ​Position of the non-template DNA in the Polymerase II elongation complex revealed using single-molecule Fluorescence Resonance Energy Transfer​
    Andrecka, J.; Treutlein, B.; Arcusa, M. A. I.; Cramer, P.   & Michaelis, J.​ (2009) 
    Biophysical Journal96(3, Supplement 1) pp. 290a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2008.12.1439 
    Details  DOI 
  • 2009 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure-function studies of the RNA polymerase II elongation complex​
    Brueckner, F.; Armache, K.-J.; Cheung, A. C. M.; Damsma, G. E.; Kettenberger, H.; Lehmann, E. & Sydow, J. F. et al.​ (2009) 
    Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography65 pp. 112​-120​.​ DOI: https://doi.org/10.1107/S0907444908039875 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2009 Review
    ​ ​A movie of the RNA polymerase nucleotide addition cycle​
    Brueckner, F.; Ortiz, J.& Cramer, P. ​ (2009)
    Current Opinion in Structural Biology, 19​(3) pp. 294​-299​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.sbi.2009.04.005 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2009 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structural Basis of Transcription: Mismatch-Specific Fidelity Mechanisms and Paused RNA Polymerase II with Frayed RNA​
    Sydow, J. F.; Brueckner, F.; Cheung, A. C. M.; Damsma, G. E.; Dengl, S.; Lehmann, E. & Vassylyev, D. et al.​ (2009) 
    Molecular Cell34(6) pp. 710​-721​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2009.06.002 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2009 Journal Article | Letter Note
    ​ ​Proteins: how RNA polymerases work: ​Editorial overview​
    Cramer, P.   & Arnold, E.​ (2009) 
    Current Opinion in Structural Biology19(6) pp. 680​-682​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.sbi.2009.10.013 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2009 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Torpedo Nuclease Rat1 Is Insufficient to Terminate RNA Polymerase II in Vitro​
    Dengl, S. & Cramer, P. ​ (2009) 
    Journal of biological chemistry284(32) pp. 21270​-21279​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M109.013847 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2009 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Identification, structure, and functional requirement of the Mediator submodule Med7N/31​
    Koschubs, T.; Seizl, M.; Lariviere, L.; Kurth, F.; Baumli, S.; Martin, D. E. & Cramer, P. ​ (2009) 
    EMBO Journal28(1) pp. 69​-80​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/emboj.2008.254 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2009 Journal Article | Research Paper
    ​ ​RNA polymerase II-TFIIB structure and mechanism of transcription initiation​
    Kostrewa, D.; Zeller, M. E.; Armache, K.-J.; Seizl, M.; Leike, K.; Thomm, M. & Cramer, P. ​ (2009) 
    Nature462(7271) pp. 323​-330​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature08548 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2009 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Nano positioning system reveals the course of upstream and nontemplate DNA within the RNA polymerase II elongation complex​
    Andrecka, J.; Treutlein, B.; Izquierdo Arcusa, M. A.; Muschielok, A.; Lewis, R.; Cheung, A. C. M. & Cramer, P.  et al.​ (2009) 
    Nucleic Acids Research37(17) pp. 5803​-5809​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkp601 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2009 Journal Article | Research Paper
    ​ ​RNA polymerase fidelity and transcriptional proofreading​
    Sydow, J. F. & Cramer, P. ​ (2009) 
    Current Opinion in Structural Biology19(6) pp. 732​-739​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.sbi.2009.10.009 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2009 Journal Article | Research Paper
    ​ ​The archaeal RNA polymerase subunit P and the eukaryotic polymerase subunit Rpb12 are interchangeable in vivo and in vitro​
    Reich, C.; Zeller, M. E.; Milkereit, P.; Hausner, W.; Cramer, P. ; Tschochner, H. & Thomm, M.​ (2009) 
    Molecular Microbiology71(4) pp. 989​-1002​.​ DOI: https://doi.org/10.1111/j.1365-2958.2008.06577.x 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2009 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Molecular Basis of Transcriptional Mutagenesis at 8-Oxoguanine​
    Damsma, G. E. & Cramer, P. ​ (2009) 
    Journal of biological chemistry284(46) pp. 31658​-31663​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M109.022764 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2009 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure and in Vivo Requirement of the Yeast Spt6 SH2 Domain​
    Dengl, S.; Mayer, A.; Sun, M. & Cramer, P. ​ (2009) 
    Journal of Molecular Biology389(1) pp. 211​-225​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2009.04.016 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 Journal Article | 
    ​ ​Structures and diseases​
    Wendt, K. U.; Weiss, M. S.; Cramer, P.   & Heinz, D. W.​ (2008) 
    Nature Structural & Molecular Biology15(2) pp. 117​-120​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nsmb0208-117 
    Details  DOI 
  • 2008 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Site specific phosphorylation of yeast RNA polymerase I​
    Gerber, J.; Reiter, A.; Steinbauer, R.; Jakob, S.; Kuhn, C.-D.; Cramer, P.   & Griesenbeck, J. et al.​ (2008) 
    Nucleic Acids Research36(3) pp. 793​-802​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkm1093 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Single-molecule tracking of mRNA exiting from RNA polymerase II​
    Andrecka, J.; Lewis, R.; Brueckner, F.; Lehmann, E.; Cramer, P.   & Michaelis, J.​ (2008) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences105(1) pp. 135​-140​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.0703815105 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structural basis of transcription inhibition by alpha-amanitin and implications for RNA polymerase II translocation​
    Brueckner, F. & Cramer, P. ​ (2008) 
    Nature Structural & Molecular Biology15(8) pp. 811​-818​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nsmb.1458 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Genome-associated RNA polymerase II includes the dissociable Rpb4/7 subcomplex​
    Jasiak, A. J.; Hartmann, H.; Karakasili, E.; Kalocsay, M.; Flatley, A.; Kremmer, E. & Straesser, K. et al.​ (2008) 
    Journal of biological chemistry283(39) pp. 26423​-26427​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M803237200 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure-system correlation identifies a gene regulatory Mediator submodule​
    Lariviere, L.; Seizl, M.; van Wageningen, S.; Roether, S.; van de Pasch, L.; Feldmann, H. & Straesser, K. et al.​ (2008) 
    Genes & Development22(7) pp. 872​-877​.​ DOI: https://doi.org/10.1101/gad.465108 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure-function analysis of the RNA polymerase cleft loops elucidates initial transcription, DNA unwinding and RNA displacement​
    Naji, S.; Bertero, M. G.; Spitalny, P.; Cramer, P.   & Thomm, M.​ (2008) 
    Nucleic Acids Research36(2) pp. 676​-687​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkm1086 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 Journal Article | Research Paper
    ​ ​A nano-positioning system for macromolecular structural analysis​
    Muschielok, A.; Andrecka, J.; Jawhari, A.; Brueckner, F.; Cramer, P.   & Michaelis, J.​ (2008) 
    Nature Methods5(11) pp. 965​-971​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nmeth.1259 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of an archaeal RNA polymerase​
    Kusser, A. G.; Bertero, M. G.; Naji, S.; Becker, T.; Thomm, M.; Beckmann, R. & Cramer, P. ​ (2008) 
    Journal of Molecular Biology376(2) pp. 303​-307​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2007.08.066 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Crystallization of RNA polymerase I subcomplex A14/A43 by iterative prediction, probing and removal of flexible regions​
    Geiger, S. R.; Kuhn, C.-D.; Leidig, C.; Renkawitz, J. & Cramer, P. ​ (2008) 
    Acta Crystallographica Section F Structural Biology and Crystallization Communications64 pp. 413​-418​.​ DOI: https://doi.org/10.1107/S174430910800972X 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Multiplexed proteomics mapping of yeast RNA polymerase II and III allows near-complete sequence coverage and reveals several novel phosphorylation sites​
    Mohammed, S.; Lorenzen, K.; Kerkhoven, R.; Breukelen, B. van; Vannini, A.; Cramer, P.   & Heck, A. J. R.​ (2008) 
    Analytical Chemistry80(10) pp. 3584​-3592​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/ac7024283 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Archaeal transcription: Function of an alternative transcription factor B from Pyrococcus furiosus​
    Micorescu, M.; Grunberg, S.; Franke, A.; Cramer, P. ; Thomm, M. & Bartlett, M.​ (2008) 
    Journal of Bacteriology190(1) pp. 157​-167​.​ DOI: https://doi.org/10.1128/JB.01498-07 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 Journal Article
    ​ ​Structure of eukaryotic RNA polymerases​
    Cramer, P. ; Armache, K.-J.; Baumli, S.; Benkert, S.; Brueckner, E.; Buchen, C. & Damsma, G. E. et al.​ (2008) 
    Annual Review of Biophysics37 pp. 337​-352​.​ DOI: https://doi.org/10.1146/annurev.biophys.37.032807.130008 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2007 Journal Article
    ​ ​CPD damage recognition by transcribing RNA polymerase II​
    Brueckner, F.; Hennecke, U.; Carell, T. & Cramer, P. ​ (2007) 
    Acta Crystallographica Section A Foundations of Crystallography63(a1) pp. s132​-s133​.​ DOI: https://doi.org/10.1107/S0108767307097073 
    Details  DOI 
  • 2007 Journal Article
    ​ ​Multiprotein machines for gene transcription​
    Cramer, P. ​ (2007) 
    Acta Crystallographica Section A: Foundations and AdvancesA63 pp. s7​.​ DOI: https://doi.org/10.1107/S0108767307099837 
    Details  DOI 
  • 2007 Book Chapter
    ​ ​The chemistry of transcription through damaged DNA and of translesion synthesis at atomic resolution​
    Carell, T.; Cramer, P.  & Hopfner, K.-P.​ (2007)
    In: Fifth International Symposium on Nucleic Acids Chemistry p. 103).  DOI: https://doi.org/10.1093/nass/nrm052 
    Details  DOI 
  • 2007 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Functional architecture of RNA polymerase I​
    Kuhn, C.-D.; Geiger, S. R.; Baumli, S.; Gartmann, M.; Gerber, J.; Jennebach, S. & Mielke, T. et al.​ (2007) 
    Cell131(7) pp. 1260​-1272​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.10.051 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2007 Journal Article | Letter Note
    ​ ​Gene transcription: Extending the message​
    Cramer, P. ​ (2007) 
    Nature448(7150) pp. 142​-143​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/448142a 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2007 Journal Article | Research Paper
    ​ ​CPD damage recognition by transcribing RNA polymerase II​
    Brueckner, F.; Hennecke, U.; Carell, T. & Cramer, P. ​ (2007) 
    Science315(5813) pp. 859​-862​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.1135400 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2007 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Multisubunit RNA polymerases melt only a single DNA base pair downstream of the active site​
    Kashkina, E.; Anikin, M.; Brueckner, F.; Lehmann, E.; Kochetkov, S. N.; McAllister, W. T. & Cramer, P.  et al.​ (2007) 
    Journal of biological chemistry282(30) pp. 21578​-21582​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.C700098200 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2007 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structural biology of RNA polymerase III: Mass spectrometry elucidates subcomplex architecture​
    Lorenzen, K.; Vannini, A.; Cramer, P.   & Heck, A. J. R.​ (2007) 
    Structure15(10) pp. 1237​-1245​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.str.2007.07.016 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2007 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Molecular basis of RNA-dependent RNA polymerase II activity​
    Lehmann, E.; Brueckner, F. & Cramer, P. ​ (2007) 
    Nature450(7168) pp. 445​-449​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature06290 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2007 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Mechanism of transcriptional stalling at cisplatin-damaged DNA​
    Damsma, G. E.; Alt, A.; Brueckner, F.; Carell, T. & Cramer, P. ​ (2007) 
    Nature Structural & Molecular Biology14(12) pp. 1127​-1133​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nsmb1314 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2007 Review
    ​ ​DNA photodamage recognition by RNA polymerase II​
    Brueckner, F.& Cramer, P. ​ (2007)
    FEBS Letters, 581​(15) pp. 2757​-2760​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.febslet.2007.05.014 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2007 Journal Article | Letter Note
    ​ ​Finding the right spot to start transcription​
    Cramer, P. ​ (2007) 
    Nature Structural & Molecular Biology14(8) pp. 686​-687​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nsmb0807-686 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2006 Journal Article
    ​ ​mRNA transcription and its regulation by RNA​
    Cramer, P. ​ (2006) 
    Acta Crystallographica Section A Foundations of Crystallography62(a1) pp. s16​-s16​.​ DOI: https://doi.org/10.1107/S0108767306099673 
    Details  DOI 
  • 2006 Journal Article
    ​ ​Recent structural studies of RNA polymerases II and III​
    Cramer, P. ​ (2006) 
    Biochemical Society Transactions34(6) pp. 1058​-1061​.​ DOI: https://doi.org/10.1042/BST0341058 
    Details  DOI 
  • 2006 Journal Article | Letter Note
    ​ ​Self-correcting messages​
    Cramer, P. ​ (2006) 
    Science313(5786) pp. 447​-448​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.1131205 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2006 Journal Article | Letter Note
    ​ ​Deciphering the RNA polymerase II structure: a personal perspective​
    Cramer, P. ​ (2006) 
    Nature Structural & Molecular Biology13(12) pp. 1042​-1044​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nsmb1206-1042 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2006 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Fluorescence detection of nucleic acids and proteins in multi-component crystals​
    Kettenberger, H. & Cramer, P. ​ (2006) 
    Acta Crystallographica Section D Biological Crystallography62 pp. 146​-150​.​ DOI: https://doi.org/10.1107/S0907444905035365 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2006 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure and TBP binding of the Mediator head subcomplex Med8-Med18-Med20​
    Lariviere, L.; Geiger, S. R.; Hoeppner, S.; Roether, S.; Straesser, K. & Cramer, P. ​ (2006) 
    Nature Structural & Molecular Biology13(10) pp. 895​-901​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nsmb1143 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2006 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of an RNA polymerase II-RNA inhibitor complex elucidates transcription regulation by noncoding RNAs​
    Kettenberger, H.; Eisenfuhr, A.; Brueckner, F.; Theis, M.; Famulok, M. & Cramer, P. ​ (2006) 
    Nature Structural & Molecular Biology13(1) pp. 44​-48​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nsmb1032 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2006 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure and carboxyl-terminal domain (CTD) binding of the Set2 SRI domain that couples histone H3 Lys(36) methylation to transcription​
    Vojnic, E.; Simon, B.; Strahl, B. D.; Sattler, M. & Cramer, P. ​ (2006) 
    Journal of biological chemistry281(1) pp. 13​-15​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.C500423200 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2006 Conference Paper | Research Paper
    ​ ​Mechanistic studies of the mRNA transcription cycle​
    Cramer, P. ​ (2006)
    In:Roberts, S. G. E.; Weinzierl, R. O. J.; White, R. J.​ (Eds.), ​TranscriptionBiochemical Society symposium no. 73, held at Imperial College, London, April 2005 pp. 41​-47. ​Annual Symposium of the Biochemical Society​, London.
    London​: Portland Press. DOI: https://doi.org/10.1042/bss0730041 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2006 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structural biology of RNA polymerase III: Subcomplex C17/25 X-ray structure and 11 subunit enzyme model​
    Jasiak, A. J.; Armache, K.-J.; Martens, B.; Jansen, R.-P. & Cramer, P. ​ (2006) 
    Molecular Cell23(1) pp. 71​-81​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2006.05.013 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2006 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Template misalignment in multisubunit RNA polymerases and transcription fidelity​
    Kashkina, E.; Anikin, M.; Brueckner, F.; Pomerantz, R. T.; McAllister, W. T.; Cramer, P.   & Temiakov, D.​ (2006) 
    Molecular Cell24(2) pp. 257​-266​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2006.10.001 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2005 Journal Article
    ​ ​A structural perspective of CTD function​
    Meinhart, A.; Kamenski, T.; Hoeppner, S.; Baumli, S. & Cramer, P. ​ (2005) 
    Genes & Development19(12) pp. 1401​-1415​.​ DOI: https://doi.org/10.1101/gad.1318105 
    Details  DOI 
  • 2005 Journal Article
    ​ ​RNA als Koordinator und Regulator der Genexpression​
    Cramer, P. ; Straesser, K.; Niessing, D.; Meister, G. & Jansen, R.-P.​ (2005) 
    BIOspektrum11(Sonderheft) pp. 523​-525​.​
    Details 
  • 2005 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of the mediator subunit cyclin C and its implications for CDK8 function​
    Hoeppner, S.; Baumli, S. & Cramer, P. ​ (2005) 
    Journal of Molecular Biology350(5) pp. 833​-842​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2005.05.041 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2005 Journal Article | Letter Note
    ​ ​Macromolecular assemblages - from molecules to functional modules​
    Cramer, P.   & Baumeister, W.​ (2005) 
    Current Opinion in Structural Biology15(2) pp. 185​-187​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.sbi.2005.03.010 
    Details  DOI  WoS 
  • 2005 Review
    ​ ​The dynamic machinery of mRNA elongation​
    Armache, K.-J.; Kettenberger, H.& Cramer, P. ​ (2005)
    Current Opinion in Structural Biology, 15​(2) pp. 197​-203​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.sbi.2005.03.002 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2005 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structures of complete RNA polymerase II and its subcomplex, Rpb4/7​
    Armache, K.-J.; Mitterweger, S.; Meinhart, A. & Cramer, P. ​ (2005) 
    Journal of biological chemistry280(8) pp. 7131​-7134​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M413038200 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2005 Journal Article | Research Paper
    ​ ​A conserved mediator hinge revealed in the structure of the MED7.MED21 (Med7.Srb7) heterodimer​
    Baumli, S.; Hoeppner, S. & Cramer, P. ​ (2005) 
    Journal of biological chemistry280(18) pp. 18171​-18178​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M413466200 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2004 Journal Article
    ​ ​Structure and Function of RNA Polymerase II​
    Cramer, P. ​ (2004) 
    Advances in Protein Chemistry67 pp. 1​-42​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/s0065-3233(04)67001-x 
    Details  DOI 
  • 2004 Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Recognition of RNA polymerase II carboxy-terminal domain by 3 '-RNA-processing factors​
    Meinhart, A. & Cramer, P. ​ (2004) 
    Nature430(6996) pp. 223​-226​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nature02679 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2004 Journal Article | Research Paper
    ​ ​RNA polymerase II structure: from core to functional complexes​
    Cramer, P. ​ (2004) 
    Current Opinion in Genetics & Development14(2) pp. 218​-226​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.gde.2004.01.003 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2004 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Complete RNA polymerase II elongation complex structure and its interactions with NTP and TFIIS​
    Kettenberger, H.; Armache, K.-J. & Cramer, P. ​ (2004) 
    Molecular Cell16(6) pp. 955​-965​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2004.11.040 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2004 Journal Article
    ​ ​Structure of a bifunctional DNA primase-polymerase​
    Lipps, G.; Weinzierl, A. O.; Scheven, G. von; Buchen, C. & Cramer, P. ​ (2004) 
    Nature Structural & Molecular Biology11(2) pp. 157​-162​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nsmb723 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2004 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure and mechanism of RNA polymerase II CTD phosphatases​
    Kamenski, T.; Heilmeier, S.; Meinhart, A. & Cramer, P. ​ (2004) 
    Molecular Cell15(3) pp. 399​-407​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.molcel.2004.06.035 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2004 Journal Article | Research Paper
    ​ ​The phosphatidylserine receptor from Hydra is a nuclear protein with potential Fe(II) dependent oxygenase activity​
    Cikala, M.; Alexandrova, O.; David, C. N.; Proschel, M.; Stiening, B.; Cramer, P.   & Bottger, A.​ (2004) 
    BMC Cell Biology5 art. 26​.​ DOI: https://doi.org/10.1186/1471-2121-5-26 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2003 Journal Article | Research Paper
    ​ ​An extended winged helix domain in general transcription factor E/IIEα​
    Meinhart, A.; Blobel, J. & Cramer, P. ​ (2003) 
    Journal of biological chemistry278(48) pp. 48267​-48274​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M307874200 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2003 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Architecture of the RNA polymerase II-TFIIS complex and implications for mRNA cleavage​
    Kettenberger, H.; Armache, K.-J. & Cramer, P. ​ (2003) 
    Cell114(3) pp. 347​-357​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/S0092-8674(03)00598-1 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2003 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Architecture of initiation-competent 12-subunit RNA polymerase II​
    Armache, K.-J.; Kettenberger, H. & Cramer, P. ​ (2003) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences100(12) pp. 6964​-6968​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1030608100 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2003 Journal Article | Research Paper
    ​ ​The mRNA transcription/processing factor Ssu72 is a potential tyrosine phosphatase​
    Meinhart, A.; Silberzahn, T. & Cramer, P. ​ (2003) 
    Journal of biological chemistry278(18) pp. 15917​-15921​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M301643200 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2002 Journal Article
    ​ ​Multisubunit RNA polymerases​
    Cramer, P. ​ (2002) 
    Current Opinion in Structural Biology12(1) pp. 89​-97​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/S0959-440X(02)00294-4 
    Details  DOI 
  • 2002 Journal Article
    ​ ​Biochemie und Molekulargenetik 2001​
    Cramer, P. ; Rappsilber, J.; Mann, M.; Kroll, W. & Schultz, C.​ (2002) 
    Nachrichten aus der Chemie50(3) pp. 312​-326​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/nadc.20020500309 
    Details  DOI 
  • 2002 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structural basis of transcription: α-Amanitin–RNA polymerase II cocrystal at 2.8 Å resolution​
    Bushnell, D. A.; Cramer, P.   & Kornberg, R. D.​ (2002) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences99(3) pp. 1218​-1222​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.251664698 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2002 Review
    ​ ​Common structural features of nucleic acid polymerases​
    Cramer, P. ​ (2002)
    BioEssays, 24​(8) pp. 724​-729​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/bies.10127 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2001 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Selenomethionine incorporation in Saccharomyces cerevisiae RNA polymerase II​
    Bushnell, D. A.; Cramer, P.   & Kornberg, R. D.​ (2001) 
    Structure9(1) pp. R11​-R14​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/S0969-2126(00)00554-2 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2001 Journal Article
    ​ ​Structural Basis of Transcription: An RNA Polymerase II Elongation Complex at 3.3 Å Resolution​
    Gnatt, A. L.; Cramer, P. ; Fu, J.; Bushnell, D. A. & Kornberg, R. D.​ (2001) 
    Science292(5523) pp. 1876​-1882​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.1059495 
    Details  DOI 
  • 2001 Journal Article
    ​ ​Crystal structure of the ankyrin repeat domain of Bcl-3: a unique member of the IκB protein family​
    Michel, F.; Soler-Lopez, M.; Petosa, C.; Cramer, P. ; Siebenlist, U. & Müller, C. W.​ (2001) 
    The EMBO Journal20(22) pp. 6180​-6190​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/emboj/20.22.6180 
    Details  DOI 
  • 2001 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structural Basis of Transcription: RNA Polymerase II at 2.8 Ångstrom Resolution​
    Cramer, P. ; Bushnell, D. A. & Kornberg, R. D.​ (2001) 
    Science292(5523) pp. 1863​-1876​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.1059493 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2000 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Architecture of RNA polymerase II and implications for the transcription mechanism​
    Cramer, P. ; Bushnell, D. A.; Fu, J. H.; Gnatt, A.; Maier-Davis, B.; Thompson, N. E. & Burgess, R. R. et al.​ (2000) 
    Science288(5466) pp. 640​-649​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.288.5466.640 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 1999 Review
    ​ ​A firm hand on NFκB: structures of the IκBα–NFκB complex​
    Cramer, P.  & Muller, C. W.​ (1999)
    Structure, 7​(1) pp. R1​-R6​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/S0969-2126(99)80002-1 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 1999 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of the specificity domain of the Dorsal homologue Gambif1 bound to DNA​
    Cramer, P. ; Varrot, A.; Barillas-Mury, C.; Kafatos, F. C. & Muller, C. W.​ (1999) 
    Structure7(7) pp. 841​-852​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/S0969-2126(99)80107-5 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 1997 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Engineering of diffraction-quality crystals of the NF-κB P52 homodimer:DNA complex​
    Cramer, P.   & Muller, C. W.​ (1997) 
    FEBS Letters405(3) pp. 373​-377​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/S0014-5793(97)00217-2 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 1997 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structure of the human NF‐κB p52 homodimer‐DNA complex at 2.1 Å resolution​
    Cramer, P. ; Larson, C. J.; Verdine, G. L. & Muller, C. W.​ (1997) 
    EMBO Journal16(23) pp. 7078​-7090​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/emboj/16.23.7078 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 1996 Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structural and energetic responses to cavity-creating mutations in hydrophobic cores: Observation of a buried water molecule and the hydrophilic nature of such hydrophobic cavities​
    Buckle, A. M.; Cramer, P.   & Fersht, A. R.​ (1996) 
    Biochemistry35(14) pp. 4298​-4305​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/bi9524676 
    Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 1994 Journal Article
    ​ ​Diastereoselective C-C Bond Formation by Carbene Insertions into Pt-CH3 Bonds​
    Bergamini, P.; Costa, E.; Cramer, P. ; Hogg, J.; Orpen, A. G. & Pringle, P. G.​ (1994) 
    Organometallics13(4) pp. 1058​-1060​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/om00016a004 
    Details  DOI  WoS 

Publication List

Type

Subtype

Date issued

Author

Project

Peer-Reviewed

Organization

Language

Fulltext

Options

Citation Style

https://publications.goettingen-research-online.de URI: /cris/rp/rp00019
ID: 0000000
PREF: default TOKEN:

0

Sort

Issue Date
Title

Embed

JavaScript
Link

Export

Activate Export Mode
Deactivate Export Mode

Select some or all items (max. 800 for CSV/Excel) from the publications list, then choose an export format below.