Prof. Dr. Bert L. de Groot

Name Card

Main Affiliation
 
Staff Status
campusgoe
 

1-252 of 252
 
The bibliographical data in your publication list are complete
You can correct existing data in the blue highlighted fields.To do this, please click on the coloured field. It is not possible to delete data here.
Fields that are not marked in colour (e. g. the authors) can be edited using the input form. To do so, click on the in front of the respective publication.
The bibliographic data in your publication list may be incomplete. You can
  • add any missing data in the fields marked in red or
  • correct existing data in the blue highlighted fields.
To do this, please click on the coloured field. It is not possible to delete data here.
Fields that are not marked in colour (e. g. the authors) can be edited using the input form. To do so, click on the in front of the respective publication.
Check/Uncheck all
  • 2023 | Preprint
    ​ ​Bayesian Maximum Entropy Ensemble Refinement​
    Eltzner, B.; Hofstadler, J.; Rudolf, D.; Habeck, M.& de Groot, B. ​ (2023). DOI: https://doi.org/10.1101/2023.09.12.557310 
    ​Details  DOI 
  • 2022 | Journal Article
    ​ ​Direct Detection of Bound Ammonium Ions in the Selectivity Filter of Ion Channels by Solid-State NMR​
    Öster, C.; Tekwani Movellan, K.; Goold, B.; Hendriks, K.; Lange, S.; Becker, S. & de Groot, B. L.  et al.​ (2022) 
    Journal of the American Chemical Society, 144(9) pp. 4147​-4157​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/jacs.1c13247 
    ​Details  DOI 
  • 2022 | Journal Article
    ​ ​Pre-Exascale Computing of Protein–Ligand Binding Free Energies with Open Source Software for Drug Design​
    Gapsys, V.; Hahn, D. F.; Tresadern, G.; Mobley, D. L.; Rampp, M. & de Groot, B. L. ​ (2022) 
    Journal of Chemical Information and Modeling, 62(5) pp. 1172​-1177​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.1c01445 
    ​Details  DOI 
  • 2022 | Preprint
    ​ ​The 3D structure of lipidic fibrils of α-synuclein​
    Frieg, B.; Antonschmidt, L.; Dienemann, C.; Geraets, J. A.; Najbauer, E. E.; Matthes, D.& de Groot, B. L.  et al.​ (2022). DOI: https://doi.org/10.1101/2022.03.02.481946 
    ​Details  DOI 
  • 2022 | Journal Article
    ​ ​GROMACS in the Cloud: A Global Supercomputer to Speed Up Alchemical Drug Design​
    Kutzner, C.; Kniep, C.; Cherian, A.; Nordstrom, L.; Grubmüller, H. ; de Groot, B. L.   & Gapsys, V.​ (2022) 
    Journal of Chemical Information and Modeling, art. acs.jcim.2c00044​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00044 
    ​Details  DOI 
  • 2022 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Pre‐exascale HPC approaches for molecular dynamics simulations. Covid‐19 research: A use case​
    Wieczór, M.; Genna, V.; Aranda, J.; Badia, R. M.; Gelpí, J. L.; Gapsys, V.   & de Groot, B. L.  et al.​ (2022) 
    Wiley Interdisciplinary Reviews. Computational Molecular Science,.​ DOI: https://doi.org/10.1002/wcms.1622 
    ​Details  DOI 
  • 2022 | Journal Article | 
    ​ ​A litmus test for classifying recognition mechanisms of transiently binding proteins​
    Chakrabarti, K. S.; Olsson, S.; Pratihar, S. ; Giller, K. ; Overkamp, K.; Lee, K. O. & Gapsys, V.  et al.​ (2022) 
    Nature Communications, 13(1).​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-022-31374-5 
    ​Details  DOI 
  • 2022 | Journal Article | 
    ​ ​Chemical Space Exploration with Active Learning and Alchemical Free Energies​
    Khalak, Y.; Tresadern, G.; Hahn, D. F.; de Groot, B. L.   & Gapsys, V. ​ (2022) 
    Journal of Chemical Theory and Computation, art. acs.jctc.2c00752​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jctc.2c00752 
    ​Details  DOI 
  • 2022 | Journal Article | 
    ​ ​The 3D structure of lipidic fibrils of α-synuclein​
    Frieg, B.; Antonschmidt, L.; Dienemann, C.; Geraets, J. A.; Najbauer, E. E.; Matthes, D. & de Groot, B. L.  et al.​ (2022) 
    Nature Communications, 13(1).​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-022-34552-7 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2021 | Journal Article
    ​ ​The Persistent Question of Potassium Channel Permeation Mechanisms​
    Mironenko, A.; Zachariae, U.; de Groot, B. L.   & Kopec, W.​ (2021) 
    Journal of Molecular Biology, 433(17) art. S0022283621002035​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2021.167002 
    ​Details  DOI 
  • 2021 | Journal Article
    ​ ​One Plus One Makes Three: Triangular Coupling of Correlated Amino Acid Mutations​
    Werner, M.; Gapsys, V. & de Groot, B. L. ​ (2021) 
    The Journal of Physical Chemistry Letters, 12(12) pp. 3195​-3201​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.1c00380 
    ​Details  DOI 
  • 2021 | Journal Article
    ​ ​Challenges Encountered Applying Equilibrium and Nonequilibrium Binding Free Energy Calculations​
    Baumann, H. M.; Gapsys, V.; de Groot, B. L.   & Mobley, D. L.​ (2021) 
    The Journal of Physical Chemistry B, 125(17) pp. 4241​-4261​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.0c10263 
    ​Details  DOI 
  • 2021 | Journal Article
    ​ ​ATP–Magnesium Coordination: Protein Structure-Based Force Field Evaluation and Corrections​
    Buelens, F. P.; Leonov, H.; de Groot, B. L.   & Grubmüller, H. ​ (2021) 
    Journal of Chemical Theory and Computation, 17(3) pp. 1922​-1930​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jctc.0c01205 
    ​Details  DOI 
  • 2021 | Journal Article
    ​ ​Visualization of the mechanosensitive ion channel MscS under membrane tension​
    Zhang, Y.; Daday, C.; Gu, R.-X.; Cox, C. D.; Martinac, B.; de Groot, B. L.   & Walz, T.​ (2021) 
    Nature, 590(7846) pp. 509​-514​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03196-w 
    ​Details  DOI 
  • 2021 | Journal Article
    ​ ​Structural plasticity of the selectivity filter in a nonselective ion channel​
    Roy, R. N.; Hendriks, K.; Kopec, W.; Abdolvand, S.; Weiss, K. L.; de Groot, B. L.   & Lange, A. et al.​ (2021) 
    IUCrJ, 8(3) pp. 421​-430​.​ DOI: https://doi.org/10.1107/S205225252100213X 
    ​Details  DOI 
  • 2021 | Journal Article
    ​ ​Repositioning Food and Drug Administration-Approved Drugs for Inhibiting Biliverdin IXβ Reductase B as a Novel Thrombocytopenia Therapeutic Target​
    Kim, M.; Ha, J.-H.; Choi, J.; Kim, B.-R.; Gapsys, V.; Lee, K. O. & Jee, J.-G. et al.​ (2021) 
    Journal of Medicinal Chemistry, 65(3) pp. 2548​-2557​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.1c01664 
    ​Details  DOI 
  • 2021 | Journal Article | 
    ​ ​Special issue: Multicomponent lipid membranes—how molecular organisation leads to function​
    de Groot, B. L. ; Janshoff, A. ; Steinem, C.   & Zweckstetter, M.​ (2021) 
    European Biophysics Journal, 50(2) pp. 107​-108​.​ DOI: https://doi.org/10.1007/s00249-021-01535-3 
    ​Details  DOI 
  • 2021 | Journal Article | 
    ​ ​Alchemical absolute protein–ligand binding free energies for drug design​
    Khalak, Y.; Tresadern, G.; Aldeghi, M.; Baumann, H. M.; Mobley, D. L.; de Groot, B. L.   & Gapsys, V.​ (2021) 
    Chemical Science, 12(41) pp. 13958​-13971​.​ DOI: https://doi.org/10.1039/D1SC03472C 
    ​Details  DOI 
  • 2021 | Journal Article | 
    ​ ​Accurate absolute free energies for ligand–protein binding based on non-equilibrium approaches​
    Gapsys, V.; Yildirim, A.; Aldeghi, M.; Khalak, Y.; van der Spoel, D. & de Groot, B. L. ​ (2021) 
    Communications Chemistry, 4(1) art. 61​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s42004-021-00498-y 
    ​Details  DOI 
  • 2020 | Journal Article
    ​ ​Structural basis for antibiotic action of the B1 antivitamin 2′-methoxy-thiamine​
    Rabe von Pappenheim, F.; Aldeghi, M.; Shome, B.; Begley, T.; de Groot, B. L.   & Tittmann, K. ​ (2020) 
    Nature Chemical Biology, 16(11) pp. 1237​-1245​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41589-020-0628-4 
    ​Details  DOI 
  • 2020 | Journal Article
    ​ ​Comment on “Deficiencies in Molecular Dynamics Simulation-Based Prediction of Protein-DNA Binding Free Energy Landscapes”​
    Gapsys, V. ; Khabiri, M.; de Groot, B. L.   & Freddolino, P. L.​ (2020) 
    The Journal of Physical Chemistry. B, Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical, 124(6) pp. 1115​-1123​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.8b04187 
    ​Details  DOI 
  • 2020 | Journal Article
    ​ ​A β-barrel for oil transport through lipid membranes: Dynamic NMR structures of AlkL​
    Schubeis, T.; Le Marchand, T.; Daday, C.; Kopec, W.; Tekwani Movellan, K.; Stanek, J. & Schwarzer, T. S. et al.​ (2020) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 117(35) pp. 21014​-21021​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.2002598117 
    ​Details  DOI 
  • 2020 | Journal Article
    ​ ​The structure of a potassium-selective ion channel reveals a hydrophobic gate regulating ion permeation​
    Langan, P. S.; Vandavasi, V. G.; Kopec, W.; Sullivan, B.; Afonne, P. V.; Weiss, K. L. & de Groot, B. L.  et al.​ (2020) 
    IUCrJ, 7(5) pp. 835​-843​.​ DOI: https://doi.org/10.1107/S2052252520008271 
    ​Details  DOI 
  • 2020 | Journal Article
    ​ ​The SAMPL6 SAMPLing challenge: assessing the reliability and efficiency of binding free energy calculations​
    Rizzi, A.; Jensen, T.; Slochower, D. R.; Aldeghi, M.; Gapsys, V. ; Ntekoumes, D. & Bosisio, S. et al.​ (2020) 
    Journal of Computer-Aided Molecular Design, 34(5) pp. 601​-633​.​ DOI: https://doi.org/10.1007/s10822-020-00290-5 
    ​Details  DOI 
  • 2020 | Journal Article
    ​ ​Structural Basis for Glycerol Efflux and Selectivity of Human Aquaporin 7​
    de Maré, S. W.; Venskutonytė, R.; Eltschkner, S.; de Groot, B. L.   & Lindkvist-Petersson, K.​ (2020) 
    Structure, 28(2) pp. 215​-222.e3​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.str.2019.11.011 
    ​Details  DOI 
  • 2020 | Journal Article | 
    ​ ​Large scale relative protein ligand binding affinities using non-equilibrium alchemy​
    Gapsys, V. ; Pérez-Benito, L.; Aldeghi, M.; Seeliger, D.; van Vlijmen, H.; Tresadern, G. & de Groot, B. L. ​ (2020) 
    Chemical Science, 11(4) pp. 1140​-1152​.​ DOI: https://doi.org/10.1039/C9SC03754C 
    ​Details  DOI 
  • 2020 | Journal Article | 
    ​ ​On the importance of statistics in molecular simulations for thermodynamics, kinetics and simulation box size​
    Gapsys, V.   & de Groot, B. L. ​ (2020) 
    eLife, 9.​ DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.57589 
    ​Details  DOI 
  • 2020 | Journal Article | 
    ​ ​Non-active site mutants of HIV-1 protease influence resistance and sensitisation towards protease inhibitors​
    Bastys, T.; Gapsys, V. ; Walter, H.; Heger, E.; Doncheva, N. T.; Kaiser, R. & de Groot, B. L.  et al.​ (2020) 
    Retrovirology, 17(1).​ DOI: https://doi.org/10.1186/s12977-020-00520-6 
    ​Details  DOI 
  • 2020 | Journal Article | 
    ​ ​Lipid-protein interactions modulate the conformational equilibrium of a potassium channel​
    Gu, R.-X. & de Groot, B. L. ​ (2020) 
    Nature Communications, 11(1).​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-020-15741-8 
    ​Details  DOI 
  • 2020 | Journal Article | 
    ​ ​Non-equilibrium approach for binding free energies in cyclodextrins in SAMPL7: force fields and software​
    Khalak, Y.; Tresadern, G.; de Groot, B. L.   & Gapsys, V. ​ (2020) 
    Journal of Computer-Aided Molecular Design, 35(1) pp. 49​-61​.​ DOI: https://doi.org/10.1007/s10822-020-00359-1 
    ​Details  DOI 
  • 2020 | Journal Article | 
    ​ ​Lipid–protein forces predict conformational changes in a mechanosensitive channel​
    Daday, C. & de Groot, B. L. ​ (2020) 
    European Biophysics Journal,.​ DOI: https://doi.org/10.1007/s00249-020-01488-z 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​Mechanistic Insights into Microsecond Time-Scale Motion of Solid Proteins Using Complementary 15N and 1H Relaxation Dispersion Techniques​
    Rovó, P.; Smith, C. A. ; Gauto, D.; de Groot, B. L. ; Schanda, P. & Linser, R. ​ (2019) 
    Journal of the American Chemical Society, 141(2) pp. 858​-869​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/jacs.8b09258 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​A pharmacological master key mechanism that unlocks the selectivity filter gate in K + channels​
    Schewe, M.; Sun, H. ; Mert, Ü.; Mackenzie, A.; Pike, A. C. W.; Schulz, F. & Constantin, C. et al.​ (2019) 
    Science, 363(6429) pp. 875​-880​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.aav0569 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​Conotoxin κM-RIIIJ, a tool targeting asymmetric heteromeric Kv1 channels​
    Cordeiro, S.; Finol-Urdaneta, R. K.; Köpfer, D.; Markushina, A.; Song, J.; French, R. J. & Kopec, W. et al.​ (2019) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 116(3) pp. 1059​-1064​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1813161116 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​Gromaps: A Gromacs-Based Toolset to Analyse Density Maps Derived from Molecular Dynamics Simulations​
    Briones, R. ; Blau, C. ; Kutzner, C.; de Groot, B. L.   & Aponte-Santamaría, C.​ (2019) 
    Biophysical Journal, 116(3) pp. 142a​-143a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2018.11.790 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​GROmaρs: A GROMACS-Based Toolset to Analyze Density Maps Derived from Molecular Dynamics Simulations​
    Briones, R. ; Blau, C. ; Kutzner, C.; de Groot, B. L.   & Aponte-Santamaría, C.​ (2019) 
    Biophysical Journal, 116(1) pp. 4​-11​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2018.11.3126 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​A Pharmacological Masterkey Mechanism to Unlock the Selectivity Filter Gate in K+ Channels​
    Schewe, M.; Sun, H. ; Mackenzie, A.; Pike, A. C. W.; Schulz, F.; Constantin, C. & Kiper, A. K. et al.​ (2019) 
    Biophysical Journal, 116(3) pp. 301a​-302a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2018.11.1635 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​Thermodynamic Coupling - Free Energy Calculations of Correlated Amino Acid Mutations​
    Werner, M. & de Groot, B. L. ​ (2019) 
    Biophysical Journal, 116(3) pp. 463a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2018.11.2501 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​Molecular Simulations of Ion Permeation, Gating and Selectivity in K+ Channels​
    Kopec, W. & de Groot, B. L. ​ (2019) 
    Biophysical Journal, 116(3) pp. 16a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2018.11.127 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​Performance evaluation of molecular docking and free energy calculations protocols using the D3R Grand Challenge 4 dataset​
    Elisée, E.; Gapsys, V. ; Mele, N.; Chaput, L.; Selwa, E.; de Groot, B. L.   & Iorga, B. I.​ (2019) 
    Journal of Computer-Aided Molecular Design, 33(12) pp. 1031​-1043​.​ DOI: https://doi.org/10.1007/s10822-019-00232-w 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​Pyruvate carboxylase deficiency type A and type C: Characterization of five novel pathogenic variants in PC and analysis of the genotype-phenotype correlation​
    Coci, E. G.; Gapsys, V. ; Shur, N.; Shin‐Podskarbi, Y.; de Groot, B. L. ; Miller, K. & Vockley, J. et al.​ (2019) 
    Human Mutation, 40(6) pp. 816​-827​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/humu.23742 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​More bang for your buck: Improved use of GPU nodes for GROMACS 2018​
    Kutzner, C.; Páll, S.; Fechner, M.; Esztermann, A.; de Groot, B. L.   & Grubmüller, H. ​ (2019) 
    Journal of Computational Chemistry, 40(27) pp. 2418​-2431​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/jcc.26011 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​Predicting Kinase Inhibitor Resistance: Physics-Based and Data-Driven Approaches​
    Aldeghi, M.; Gapsys, V.   & de Groot, B. L. ​ (2019) 
    ACS Central Science, 5(8) pp. 1468​-1474​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acscentsci.9b00590 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​Lipid Bilayer Composition Influences the Activity of the Antimicrobial Peptide Dermcidin Channel​
    Song, C. ; de Groot, B. L.   & Sansom, M. S. P.​ (2019) 
    Biophysical Journal, 116(9) pp. 1658​-1666​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2019.03.033 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​The conduction pathway of potassium channels is water free under physiological conditions​
    Öster, C.; Hendriks, K.; Kopec, W.; Chevelkov, V.; Shi, C.; Michl, D. & Lange, S. et al.​ (2019) 
    Science Advances, 5(7) art. eaaw6756​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/sciadv.aaw6756 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article
    ​ ​Identification of kinetic order parameters for non-equilibrium dynamics​
    Paul, F.; Wu, H.; Vossel, M.; de Groot, B. L.   & Noé, F.​ (2019) 
    The Journal of Chemical Physics, 150(16) pp. 164120​.​ DOI: https://doi.org/10.1063/1.5083627 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article | 
    ​ ​Enhancing NMR derived ensembles with kinetics on multiple timescales​
    Smith, C. A. ; Mazur, A. ; Rout, A. K.; Becker, S. ; Lee, D. ; de Groot, B. L.   & Griesinger, C. ​ (2019) 
    Journal of Biomolecular NMR, 74(1) pp. 27​-43​.​ DOI: https://doi.org/10.1007/s10858-019-00288-8 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article | 
    ​ ​Comment on 'Valid molecular dynamics simulations of human hemoglobin require a surprisingly large box size'​
    Gapsys, V.   & de Groot, B. L. ​ (2019) 
    eLife, 8.​ DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.44718 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article | 
    ​ ​A molecular mechanism for transthyretin amyloidogenesis​
    Yee, A. W.; Aldeghi, M.; Blakeley, M. P.; Ostermann, A.; Mas, P. J.; Moulin, M. & de Sanctis, D. et al.​ (2019) 
    Nature Communications, 10(1).​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-019-08609-z 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Journal Article | 
    ​ ​Molecular mechanism of a potassium channel gating through activation gate-selectivity filter coupling​
    Kopec, W.; Rothberg, B. S. & de Groot, B. L. ​ (2019) 
    Nature Communications, 10(1).​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-019-13227-w 
    ​Details  DOI 
  • 2018 | Journal Article
    ​ ​In silico assessment of the conduction mechanism of the Ryanodine Receptor 1 reveals previously unknown exit pathways​
    Heinz, L. P.; Kopec, W.; de Groot, B. L.   & Fink, R. H. A.​ (2018) 
    Scientific Reports, 8(1).​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-018-25061-z 
    ​Details  DOI 
  • 2018 | Journal Article
    ​ ​Direct knock-on of desolvated ions governs strict ion selectivity in K+ channels​
    Kopec, W.; Köpfer, D. A.; Vickery, O. N.; Bondarenko, A. S.; Jansen, T. L. C.; de Groot, B. L.   & Zachariae, U.​ (2018) 
    Nature Chemistry, 10(8) pp. 813​-820​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41557-018-0105-9 
    ​Details  DOI 
  • 2018 | Journal Article
    ​ ​Quantifying Asymmetry of Multimeric Proteins​
    Brennecke, J. T. & de Groot, B. L. ​ (2018) 
    The Journal of Physical Chemistry. A, Molecules, spectroscopy, kinetics, environment & general theory, 122(39) pp. 7924​-7930​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jpca.8b06843 
    ​Details  DOI 
  • 2018 | Journal Article
    ​ ​Utilizing dipole-dipole cross-correlated relaxation for the measurement of angles between pairs of opposing CαHα-CαHα bonds in anti-parallel β-sheets​
    Sabo, T. M. ; Gapsys, V. ; Walter, K. F. A.; Fenwick, R. B.; Becker, S. ; Salvatella, X. & de Groot, B. L.  et al.​ (2018) 
    Methods, 138-139 pp. 85​-92​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2018.04.007 
    ​Details  DOI 
  • 2018 | Journal Article
    ​ ​Accurate Estimation of Ligand Binding Affinity Changes upon Protein Mutation​
    Aldeghi, M.; Gapsys, V.   & de Groot, B. L. ​ (2018) 
    ACS Central Science, 4(12) pp. 1708​-1718​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acscentsci.8b00717 
    ​Details  DOI 
  • 2018 | Journal Article
    ​ ​A Unified Framework for Alchemical Mutations in Proteins, DNA and Ligands​
    Gapsys, V.   & de Groot, B. L. ​ (2018) 
    Biophysical Journal, 114(3) pp. 674a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2017.11.3634 
    ​Details  DOI 
  • 2018 | Journal Article
    ​ ​Mechanism of Mechanosensitive Gating of the TREK-2 Potassium Channel​
    Brennecke, J. T. & de Groot, B. L. ​ (2018) 
    Biophysical Journal, 114(6) pp. 1336​-1343​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2018.01.030 
    ​Details  DOI 
  • 2018 | Journal Article
    ​ ​ATP as a Fuel Molecule: Evolutionary Selection of Magnesium-ATP Interaction Mode Facilitates Lossless Chemomechanical Coupling for ATPases​
    Buelens, F. P.; Leonov, H.; de Groot, B. L.   & Grubmüller, H. ​ (2018) 
    Biophysical Journal, 114(3) pp. 680a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2017.11.3668 
    ​Details  DOI 
  • 2018 | Journal Article
    ​ ​Interpretation of Interfacial Protein Spectra with Enhanced Molecular Simulation Ensembles​
    Lutz, H.; Jaeger, V.; Weidner, T. & de Groot, B. L. ​ (2018) 
    Journal of Chemical Theory and Computation, 15(1) pp. 698​-707​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00840 
    ​Details  DOI 
  • 2018 | Journal Article
    ​ ​A single NaK channel conformation is not enough for non-selective ion conduction​
    Shi, C.; He, Y.; Hendriks, K.; de Groot, B. L. ; Cai, X.; Tian, C. & Lange, A.  et al.​ (2018) 
    Nature Communications, 9(1).​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-018-03179-y 
    ​Details  DOI 
  • 2018 | Journal Article
    ​ ​Consistent Prediction of Mutation Effect on Drug Binding in HIV-1 Protease Using Alchemical Calculations​
    Bastys, T.; Gapsys, V. ; Doncheva, N. T.; Kaiser, R.; de Groot, B. L.   & Kalinina, O. V.​ (2018) 
    Journal of Chemical Theory and Computation, 14(7) pp. 3397​-3408​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jctc.7b01109 
    ​Details  DOI 
  • 2017 | Journal Article
    ​ ​Temperature dependence of protein-water interactions in a gated yeast aquaporin​
    Aponte-Santamaría, C.; Fischer, G.; Båth, P.; Neutze, R. & de Groot, B. L. ​ (2017) 
    Scientific Reports, 7(1).​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-017-04180-z 
    ​Details  DOI 
  • 2017 | Journal Article
    ​ ​pmx Webserver: A User Friendly Interface for Alchemistry​
    Gapsys, V.   & de Groot, B. L. ​ (2017) 
    Journal of Chemical Information and Modeling, 57(2) pp. 109​-114​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.6b00498 
    ​Details  DOI 
  • 2017 | Journal Article
    ​ ​Role of Pore-Lining Residues in Defining the Rate of Water Conduction by Aquaporin-0​
    Saboe, P. O.; Rapisarda, C.; Kaptan, S.; Hsiao, Y.-S.; Summers, S. R.; De Zorzi, R. & Dukovski, D. et al.​ (2017) 
    Biophysical Journal, 112(5) pp. 953​-965​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2017.01.026 
    ​Details  DOI 
  • 2017 | Journal Article
    ​ ​Gating Charge Calculations by Computational Electrophysiology Simulations​
    Machtens, J.-P.; Briones, R. ; Alleva, C.; de Groot, B. L.   & Fahlke, C.​ (2017) 
    Biophysical Journal, 112(7) pp. 1396​-1405​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2017.02.016 
    ​Details  DOI 
  • 2017 | Journal Article
    ​ ​CHARMM36: An Improved Force Field for Folded and Intrinsically Disordered Proteins​
    Huang, J.; Rauscher, S.; Nawrocki, G.; Ran, T.; Feig, M.; de Groot, B. L.   & Grubmüller, H.  et al.​ (2017) 
    Biophysical Journal, 112(3) pp. 175a​-176a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2016.11.971 
    ​Details  DOI 
  • 2017 | Journal Article
    ​ ​Molecular Simulations of Ion Permeation in Potassium Channels​
    Kopec, W. & de Groot, B. ​ (2017) 
    Biophysical Journal, 112(3) pp. 163a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2016.11.898 
    ​Details  DOI 
  • 2017 | Journal Article
    ​ ​Alchemical Free Energy Calculations for Nucleotide Mutations in Protein–DNA Complexes​
    Gapsys, V.   & de Groot, B. L. ​ (2017) 
    Journal of Chemical Theory and Computation, 13(12) pp. 6275​-6289​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jctc.7b00849 
    ​Details  DOI 
  • 2017 | Journal Article
    ​ ​Localization and Ordering of Lipids Around Aquaporin-0: Protein and Lipid Mobility Effects​
    Briones, R. ; Aponte-Santamaría, C. & de Groot, B. L. ​ (2017) 
    Frontiers in Physiology, 8.​ DOI: https://doi.org/10.3389/fphys.2017.00124 
    ​Details  DOI 
  • 2017 | Journal Article
    ​ ​Ions in Action - Studying Ion Channels by Computational Electrophysiology in GROMACS​
    Kutzner, C.; Ullmann, R. T.; de Groot, B. L. ; Zachariae, U. & Grubmüller, H. ​ (2017) 
    Biophysical Journal, 112(3) pp. 139a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2016.11.769 
    ​Details  DOI 
  • 2017 | Journal Article | 
    ​ ​Author Correction: Temperature dependence of protein-water interactions in a gated yeast aquaporin​
    Aponte-Santamaría, C.; Fischer, G.; Båth, P.; Neutze, R. & de Groot, B. L. ​ (2017) 
    Scientific Reports, 7(1).​ DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-017-17040-7 
    ​Details  DOI 
  • 2017 | Journal Article
    ​ ​Resolving the Atomistic Modes of Anle138b Inhibitory Action on Peptide Oligomer Formation​
    Matthes, D. ; Gapsys, V. ; Griesinger, C.   & de Groot, B. L. ​ (2017) 
    ASC Chemical Neuroscience, 8(12) pp. 2791​-2808​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acschemneuro.7b00325 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 | Journal Article
    ​ ​Recent advances in measuring the kinetics of biomolecules by NMR relaxation dispersion spectroscopy​
    Ban, D. ; Smith, C. A. ; de Groot, B. L. ; Griesinger, C.   & Lee, D. ​ (2017) 
    Archives of Biochemistry and Biophysics, 628 pp. 81​-91​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.abb.2017.05.016 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2016 | Journal Article
    ​ ​Allostery through Protein Motion at Different Length and Time Scales​
    Smith, C. A. ; Mazur, A. ; Ban, D. ; Becker, S. ; Griesinger, C. ; Lee, D.   & de Groot, B. L. ​ (2016) 
    Biophysical Journal, 110(3, Supplement 1) pp. 221a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2015.11.1226 
    ​Details  DOI 
  • 2016 | Journal Article
    ​ ​Insights into the molecular basis for substrate binding and specificity of the wild-type L-arginine/agmatine antiporter AdiC​
    Ilgü, H.; Jeckelmann, J.-M.; Gapsys, V. ; Ucurum, Z.; de Groot, B. L.   & Fotiadis, D.​ (2016) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 113(37) pp. 10358​-10363​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1605442113 
    ​Details  DOI 
  • 2016 | Journal Article
    ​ ​Aquaporin 4 as a NH3 Channel​
    Assentoft, M.; Kaptan, S.; Schneider, H.-P.; Deitmer, J. W.; de Groot, B. L.   & MacAulay, N.​ (2016) 
    The Journal of Biological Chemistry, 291(36) pp. 19184​-19195​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M116.740217 
    ​Details  DOI 
  • 2016 | Journal Article
    ​ ​Accurate and Rigorous Prediction of the Changes in Protein Free Energies in a Large-Scale Mutation Scan​
    Gapsys, V. ; Michielssens, S.; Seeliger, D. & de Groot, B. L. ​ (2016) 
    Angewandte Chemie. International Edition, 55(26) pp. 7364​-7368​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/anie.201510054 
    ​Details  DOI 
  • 2016 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Partial least squares for dependent data​
    Singer, M. ; Krivobokova, T. ; Munk, A.   & Groot, B. L. de ​ (2016) 
    Biometrika, 103(2) pp. 351​-362​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/biomet/asw010 
    ​Details  DOI  WoS 
  • 2016 | Journal Article
    ​ ​Crystal Structure of an Ammonia-Permeable Aquaporin​
    Kirscht, A.; Kaptan, S. S.; Bienert, G. P.; Chaumont, F.; Nissen, P.; de Groot, B. L.   & Kjellbom, P. et al.​ (2016) 
    PLOS Biology, 14(3) pp. e1002411​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1002411 
    ​Details  DOI 
  • 2016 | Journal Article
    ​ ​Structural Ensembles of Intrinsically Disordered Proteins Depend Strongly on Force Field: A Comparison to Experiment​
    Rauscher, S.; Gapsys, V. ; Zhou, M.; Van, Q. ; Gajda, M.; Zweckstetter, M.   & Enderlein, J.  et al.​ (2016) 
    Biophysical Journal, 110(3) pp. 358a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2015.11.1932 
    ​Details  DOI 
  • 2016 | Conference Abstract
    ​ ​The Molecular Dynamics of Ion Channel Permeation, Selectivity and Gating​
    de Groot, B. L. ; Koepfer, D.; Song, C. ; Gruene, T.; Sheldrick, G. M.   & Zachariae, U.​ (2016)
    Biophysical Journal, 110(3) p. 9a. ​60th Annual Meeting of the Biophysical-Society​, Los Angeles, CA.
    Cambridge​: Cell Press. DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2015.11.101 
    ​Details  DOI  WoS 
  • 2016 | Journal Article
    ​ ​CHARMM36m: an improved force field for folded and intrinsically disordered proteins​
    Huang, J.; Rauscher, S.; Nawrocki, G.; Ran, T.; Feig, M.; Groot, B. L. de   & Grubmüller, H.  et al.​ (2016) 
    Nature Methods, 14(1) pp. 71​-73​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nmeth.4067 
    ​Details  DOI 
  • 2016 | Journal Article
    ​ ​A Non-canonical Voltage-Sensing Mechanism Controls Gating in K2P K+ Channels​
    Schewe, M.; Nematian-Ardestani, E.; Sun, H. ; Musinszki, M.; Cordeiro, S.; Bucci, G. & de Groot, B. L.  et al.​ (2016) 
    Cell, 164(5) pp. 937​-949​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.02.002 
    ​Details  DOI 
  • 2016 | Journal Article
    ​ ​Gating Charge Calculations: Probing Voltage-Sensing Proteins through Computational Electrophysiology​
    Machtens, J.-P.; Briones, R. ; de Groot, B. L.   & Fahlke, C.​ (2016) 
    Biophysical Journal, 110(3) pp. 106a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2015.11.628 
    ​Details  DOI 
  • 2016 | Journal Article
    ​ ​A Non-Canonical Voltage Sensor Controls Gating in K2P K+ Channels​
    Schewe, M.; Nematian-Ardestani, E.; Sun, H. ; Musinszki, M.; Cordeiro, S.; Bucci, G. & de Groot, B. L.  et al.​ (2016) 
    Biophysical Journal, 110(3) pp. 277a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2015.11.1502 
    ​Details  DOI 
  • 2016 | Journal Article
    ​ ​Global and Local Conformational Heterogeniety Governs the Pre-Nucleation Phase in Amyloidogenic Self-Assembly​
    Matthes, D. ; Gapsys, V. ; Brennecke, J. T. & de Groot, B. L. ​ (2016) 
    Biophysical Journal, 110(3) pp. 402a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2015.11.2170 
    ​Details  DOI 
  • 2016 | Journal Article
    ​ ​Insights from the First Principles Based Large Scale Protein Thermostability Calculations​
    Gapsys, V. ; Michielssens, S.; Seeliger, D. & de Groot, B. L. ​ (2016) 
    Biophysical Journal, 110(3) pp. 368a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2015.11.1985 
    ​Details  DOI 
  • 2016 | Journal Article
    ​ ​Insights into the function of ion channels by computational electrophysiology simulations​
    Kutzner, C.; Köpfer, D. A.; Machtens, J.-P.; de Groot, B. L. ; Song, C.   & Zachariae, U.​ (2016) 
    Biochimica et Biophysica Acta. Biomembranes, 1858(7) pp. 1741​-1752​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbamem.2016.02.006 
    ​Details  DOI 
  • 2016 | Journal Article | 
    ​ ​An Atomistic View of Amyloidogenic Self-assembly: Structure and Dynamics of Heterogeneous Conformational States in the Pre-nucleation Phase​
    Matthes, D. ; Gapsys, V. ; Brennecke, J. T. & de Groot, B. L. ​ (2016) 
    Scientific Reports, 6(1).​ DOI: https://doi.org/10.1038/srep33156 
    ​Details  DOI 
  • 2016 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Allosteric switch regulates protein-protein binding through collective motion​
    Smith, C. A. ; Ban, D. ; Pratihar, S. ; Giller, K. ; Paulat, M. ; Becker, S.   & Griesinger, C.  et al.​ (2016) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences, 113(12) pp. 3269​-3274​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1519609113 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2016 | Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Voltage Dependence of Conformational Dynamics and Subconducting States of VDAC-1​
    Briones, R. ; Weichbrodt, C. ; Paltrinieri, L.; Mey, I. ; Villinger, S. ; Giller, K.   & Lange, A.  et al.​ (2016) 
    Biophysical Journal, 111(6) pp. 1223​-1234​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2016.08.007 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2015 | Journal Article
    ​ ​Xen crystallography - choose your radiation​
    Gruene, T.; Hahn, H. W.; Luebben, A. V.; Meilleur, F.; Sheldrick, G. M. ; Köpfer, D. A. & Song, C.  et al.​ (2015) 
    Acta Crystallographica. Section A, Foundations and Advances, 71(a1) pp. s44​-s44​.​ DOI: https://doi.org/10.1107/S2053273315099301 
    ​Details  DOI 
  • 2015 | Journal Article
    ​ ​The membrane anchor of the transcriptional activator SREBP is characterized by intrinsic conformational flexibility​
    Linser, R. ; Salvi, N.; Briones, R. ; Rovó, P.; de Groot, B. L.   & Wagner, G.​ (2015) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 112(40) pp. 12390​-12395​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1513782112 
    ​Details  DOI 
  • 2015 | Journal Article
    ​ ​Ion Permeation in Potassium Channels Involves Direct Coulomb Knock-On between Ions​
    Zachariae, U.; Kopfer, D. A.; Song, C. ; Gruene, T.; Sheldrick, G. M.   & de Groot, B. L. ​ (2015) 
    Biophysical Journal, 108(2) pp. 118a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2014.11.663 
    ​Details  DOI  WoS 
  • 2015 | Journal Article
    ​ ​His 95 Acts as a pH Gate in Aquaporin-4​
    Kaptan, S. S. & de Groot, B. L. ​ (2015) 
    Biophysical Journal, 108(2) pp. 316a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2014.11.1718 
    ​Details  DOI 
  • 2015 | Journal Article
    ​ ​Conformational Dynamics and Functional Asymmetry of ABCE1, a Ribosome Recycling Protein​
    Leonov, H.; de Groot, B. L.   & Grubmüller, H. ​ (2015) 
    Biophysical Journal, 108(2) pp. 512a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2014.11.2806 
    ​Details  DOI 
  • 2015 | Journal Article
    ​ ​Microsecond Motion Modulates Ubiquitin Binding through an Allosteric Backbone/Side Chain Network​
    Smith, C. A. ; Ban, D. ; Giller, K. ; Becker, S. ; Griesinger, C. ; Lee, D.   & Groot, B. L. de ​ (2015) 
    Biophysical Journal, 108(2) pp. 184a​-185a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2014.11.1020 
    ​Details  DOI 
  • 2015 | Journal Article
    ​ ​H95 Is a pH-Dependent Gate in Aquaporin 4​
    Kaptan, S.; Assentoft, M.; Schneider, H. P.; Fenton, R. A.; Deitmer, J. W.; MacAulay, N. & de Groot, B. L. ​ (2015) 
    Structure, 23(12) pp. 2309​-2318​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.str.2015.08.020 
    ​Details  DOI 
  • 2015 | Journal Article
    ​ ​Mechanisms of Anion Conduction by Coupled Glutamate Transporters​
    Machtens, J.-P.; Kortzak, D.; Lansche, C.; Leinenweber, A.; Kilian, P.; Begemann, B. & Zachariae, U. et al.​ (2015) 
    Cell, 160(3) pp. 542​-553​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.12.035 
    ​Details  DOI 
  • 2015 | Journal Article
    ​ ​Structural Ensembles of Intrinsically Disordered Proteins using Molecular Dynamics Simulation​
    Rauscher, S.; Gapsys, V. ; de Groot, B. L.   & Grubmüller, H. ​ (2015) 
    Biophysical Journal, 108(2) pp. 14a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2014.11.100 
    ​Details  DOI 
  • 2015 | Journal Article
    ​ ​Direct Contacts of K+ Ions in the Selectivity Filter Enable the High Conductance of K+ Channels​
    Song, C. ; Gruene, T.; Sheldrick, G. M. ; Sansom, M. S. P.; Zachariae, U.; de Groot, B. L.   & Köpfer, D. A.​ (2015) 
    Biophysical Journal, 108(2) pp. 129a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2014.11.721 
    ​Details  DOI  WoS 
  • 2015 | Journal Article | 
    ​ ​Corruption and inequality of wealth amongst the very rich​
    Franses, P. H. & de Groot, B. ​ (2015) 
    Quality & Quantity, 50(3) pp. 1245​-1252​.​ DOI: https://doi.org/10.1007/s11135-015-0202-4 
    ​Details  DOI 
  • 2015 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Best bang for your buck: GPU nodes for GROMACS biomolecular simulations​
    Kutzner, C.; Pall, S.; Fechner, M.; Esztermann, A.; Groot, B. L. de   & Grubmüller, H. ​ (2015) 
    Journal of Computational Chemistry, 36(26) pp. 1990​-2008​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/jcc.24030 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2015 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Binding Affinities Controlled by Shifting Conformational Equilibria: Opportunities and Limitations​
    Michielssens, S.; Groot, B. L. de   & Grubmüller, H. ​ (2015) 
    Biophysical Journal, 108(10) pp. 2585​-2590​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2015.04.012 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2015 | Journal Article
    ​ ​Improved validation of IDP ensembles by one-bond C alpha-H alpha scalar couplings​
    Gapsys, V. ; Narayanan, R. L.; Xiang, S.; de Groot, B. L.   & Zweckstetter, M. ​ (2015) 
    Journal of Biomolecular NMR, 63(3) pp. 299​-307​.​ DOI: https://doi.org/10.1007/s10858-015-9990-z 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2015 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Population Shuffling of Protein Conformations​
    Smith, C. A. ; Ban, D. ; Pratihar, S. ; Giller, K. ; Schwiegk, C. ; Groot, B. L. de   & Becker, S.  et al.​ (2015) 
    Angewandte Chemie International Edition, 54(1) pp. 207​-210​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/anie.201408890 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2015 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Structural Ensembles of Intrinsically Disordered Proteins Depend Strongly on Force Field: A Comparison to Experiment​
    Rauscher, S.; Gapsys, V. ; Gajda, M. J.; Zweckstetter, M. ; Groot, B. L. de   & Grubmüller, H. ​ (2015) 
    Journal of Chemical Theory and Computation, 11(11) pp. 5513​-5524​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jctc.5b00736 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 | Journal Article
    ​ ​Ion Permeation Efficiency through Potassium Channels​
    Kopfer, D. A.; Song, C. ; Zachariae, U. & de Groot, B. L. ​ (2014) 
    Biophysical Journal, 106(2) pp. 539a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2013.11.3005 
    ​Details  DOI 
  • 2014 | Journal Article
    ​ ​Controlling Protein Binding Specificity by a Conformational Shift​
    Michielssens, S.; Peters, J. H.; Ban, D. ; Pratihar, S. ; Becker, S. ; Sabo, T. M.   & Giller, K.  et al.​ (2014) 
    Biophysical Journal, 106(2) pp. 439a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2013.11.2471 
    ​Details  DOI 
  • 2014 | Journal Article
    ​ ​Membrane-Dependent Activity of the Dermcidin Channel​
    Song, C. ; de Groot, B. L.   & Sansom, M. S. P.​ (2014) 
    Biophysical Journal, 106(2) pp. 297a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2013.11.1728 
    ​Details  DOI 
  • 2014 | Journal Article
    ​ ​Anion Permeation through Excitatory Amino Acid Transporters​
    Machtens, J.-P.; Lansche, C.; Leinenweber, A.; Kilian, P.; Begemann, B.; Zachariae, U. & Ewers, D. et al.​ (2014) 
    Biophysical Journal, 106(2) pp. 149a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2013.11.858 
    ​Details  DOI 
  • 2014 | Journal Article
    ​ ​pmx: Automated protein structure and topology generation for alchemical perturbations​
    Gapsys, V.; Michielssens, S.; Seeliger, D. & de Groot, B. L. ​ (2014) 
    Journal of Computational Chemistry, 36(5) pp. 348​-354​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/jcc.23804 
    ​Details  DOI 
  • 2014 | Journal Article
    ​ ​Ion permeation in K+ channels occurs by direct Coulomb knock-on​
    Koepfer, D. A.; Song, C. ; Gruene, T.; Sheldrick, G. M. ; Zachariae, U. & de Groot, B. L. ​ (2014) 
    Science, 346(6207) pp. 352​-355​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.1254840 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​A Designed Conformational Shift To Control Protein Binding Specificity​
    Michielssens, S.; Peters, J. H.; Ban, D. ; Pratihar, S. ; Seeliger, D.; Sharma, M. & Giller, K.  et al.​ (2014) 
    Angewandte Chemie International Edition, 53(39) pp. 10367​-10371​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/anie.201403102 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Quantifying Artifacts in Ewald Simulations of Inhomogeneous Systems with a Net Charge​
    Hub, J. S. ; Groot, B. L. de ; Grubmüller, H.   & Groenhof, G. ​ (2014) 
    Journal of Chemical Theory and Computation, 10(1) pp. 381​-390​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/ct400626b 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2014 | Journal Article | 
    ​ ​Spontaneous Aggregation of the Insulin-Derived Steric Zipper Peptide VEALYL Results in Different Aggregation Forms with Common Features​
    Matthes, D. ; Daebel, V.; Meyenberg, K.; Riedel, D. ; Heim, G. ; Diederichsen, U.   & Lange, A. et al.​ (2014) 
    Journal of Molecular Biology, 426(2) pp. 362​-376​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2013.10.020 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 | Journal Article
    ​ ​Do commercial real estate prices have predictive content for GDP?​
    Franses, P. H. & De Groot, B. ​ (2013) 
    Applied Economics, 45(31) pp. 4379​-4384​.​ DOI: https://doi.org/10.1080/00036846.2013.783681 
    ​Details  DOI 
  • 2013 | Journal Article
    ​ ​Molecular Recognition through Concerted Ubiquitin Backbone and Side Chain Motion Determined from NMR and MD Simulations​
    Smith, C. A. ; Ban, D. ; Peters, J. H.; Giller, K. ; Becker, S. ; Groot, B. L. de   & Griesinger, C.  et al.​ (2013) 
    Biophysical Journal, 104(2) art. 30a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2012.11.203 
    ​Details  DOI 
  • 2013 | Journal Article
    ​ ​Optimal Superpositioning of Flexible Molecule Ensembles​
    Gapsys, V.   & de Groot, B. L. ​ (2013) 
    Biophysical Journal, 104(1) pp. 196​-207​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2012.11.003 
    ​Details  DOI 
  • 2013 | Journal Article
    ​ ​Phosphorylation of rat aquaporin-4 at Ser 111 is not required for channel gating​
    Assentoft, M.; Kaptan, S.; Fenton, R. A.; Hua, S. Z.; de Groot, B. L.   & MacAulay, N.​ (2013) 
    Glia, 61(7) pp. 1101​-1112​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/glia.22498 
    ​Details  DOI 
  • 2013 | Journal Article
    ​ ​The identification of novel, high affinity AQP9 inhibitors in an intracellular binding site​
    Wacker, S. J.; Aponte-Santamaría, C.; Kjellbom, P.; Nielsen, S.; de Groot, B. L.   & Rützler, M.​ (2013) 
    Molecular Membrane Biology, 30(3) pp. 246​-260​.​ DOI: https://doi.org/10.3109/09687688.2013.773095 
    ​Details  DOI 
  • 2013 | Journal Article
    ​ ​Collective Dynamics Underlying Allosteric Transitions in Hemoglobin​
    Vesper, M. D. & de Groot, B. L. ​ (2013) 
    PLoS Computational Biology, 9(9) pp. e1003232​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003232 
    ​Details  DOI 
  • 2013 | Journal Article
    ​ ​Discovery of Novel Human Aquaporin-1 Blockers​
    Seeliger, D.; Zapater, C.; Krenc, D.; Haddoub, R.; Flitsch, S.; Beitz, E. & Cerdà, J. et al.​ (2013) 
    ACS Chemical Biology, 8(1) pp. 249​-256​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/cb300153z 
    ​Details  DOI 
  • 2013 | Conference Abstract
    ​ ​Channel Crystal Structure and Antimicrobial Mechanism of Dermcidin from Human Skin​
    Song, C. ; Weichbrodt, C. ; Dynowski, M.; Steinem, C. ; Zachariae, U.; Zeth, K. & de Groot, B. L.  et al.​ (2013)
    Biophysical Journal, 104(2) p. 241a. , Philadelphia, PA.
    Cambridge​: Cell Press. DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2012.11.1359 
    ​Details  DOI  WoS 
  • 2013 | Journal Article
    ​ ​How the Dynamics of the Metal-Binding Loop Region Controls the Acid Transition in Cupredoxins​
    Paltrinieri, L.; Borsari, M.; Battistuzzi, G.; Sola, M.; Dennison, C.; de Groot, B. L.   & Corni, S. et al.​ (2013) 
    Biochemistry (Washington), 52(42) pp. 7397​-7404​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/bi400860n 
    ​Details  DOI 
  • 2013 | Journal Article
    ​ ​Probing the Energy Landscape of Activation Gating of the Bacterial Potassium Channel KcsA​
    Linder, T.; de Groot, B. L.   & Stary-Weinzinger, A.​ (2013) 
    PLoS Computational Biology, 9(5) pp. e1003058​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003058 
    ​Details  DOI 
  • 2013 | Journal Article | 
    ​ ​Computational analysis of local membrane properties​
    Gapsys, V. ; de Groot, B. L.   & Briones, R. ​ (2013) 
    Journal of Computer-Aided Molecular Design, 27(10) pp. 845​-858​.​ DOI: https://doi.org/10.1007/s10822-013-9684-0 
    ​Details  DOI 
  • 2013 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Phosphorylation Drives a Dynamic Switch in Serine/Arginine-Rich Proteins​
    Xiang, S.; Gapsys, V. ; Kim, H.-Y.; Bessonov, S.; Hsiao, H.-H.; Moehlmann, S. & Klaukien, V. et al.​ (2013) 
    Structure, 21(12) pp. 2162​-2174​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.str.2013.09.014 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2013 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Crystal structure and functional mechanism of a human antimicrobial membrane channel​
    Song, C. ; Weichbrodt, C. ; Salnikov, E. S.; Dynowski, M.; Forsberg, B. O. ; Bechinger, B. & Steinem, C.  et al.​ (2013) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences, 110(12) pp. 4586​-4591​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1214739110 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​Identification of selective inhibitors of the potassium channel Kv1.1-1.2((3)) by high-throughput virtual screening and automated patch clamp​
    Wacker, S. J.; Jurkowski, W.; Simmons, K.; Fishwick, C.; Johnson, A. P.; Madge, D. & Lindahl, E. et al.​ (2012) 
    ChemMedChem, 7(10) pp. 1775​-1783​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/cmdc.201100600 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​Molecular Dynamics in Principal Component Space​
    Michielssens, S.; van Erp, T. S.; Kutzner, C.; Ceulemans, A. & de Groot, B. L. ​ (2012) 
    The Journal of Physical Chemistry. B, Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical, 116(29) pp. 8350​-8354​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/jp209964a 
    ​Details  DOI 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​Specificity Profiles for DNA-Binding Proteins from Exhaustive In-Silico Screening​
    Seeliger, D.; Buelens, F. P.; Goette, M.; de Groot, B. L.   & Grubmüller, H. ​ (2012) 
    Biophysical Journal, 102(3) pp. 73a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.11.429 
    ​Details  DOI 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​Computational Electrophysiology Reveals Ion Channel Permeation in Atomistic Detail​
    Zachariae, U.; Kutzner, C.; Grubmüller, H.   & de Groot, B. L. ​ (2012) 
    Biophysical Journal, 102(3) pp. 22a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.11.147 
    ​Details  DOI 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​Molecular Determinants in K+ Channel hERG Inactivation Gating​
    Kopfer, D. A.; Hahn, U.; Ohmert, I.; Vriend, G.; Pongs, O.; de Groot, B. L.   & Zachariae, U.​ (2012) 
    Biophysical Journal, 102(3) pp. 529a​-530a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.11.2894 
    ​Details  DOI 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​Structure and Dynamics of the Human Antimicrobial Peptide Dermcidin Oligomer: It is an Ion Channel​
    Song, C. ; Bordignon, E.; Dynowski, M.; Markov, G.; de Groot, B. L. ; Zachariae, U. & Zeth, K.​ (2012) 
    Biophysical Journal, 102(3) pp. 471a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.11.2584 
    ​Details  DOI 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​Driving Forces and Structural Determinants of Steric Zipper Peptide Oligomer Formation Elucidated by Atomistic Simulations​
    Matthes, D. ; Gapsys, V.   & de Groot, B. L. ​ (2012) 
    Journal of Molecular Biology, 421(2-3) pp. 390​-416​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2012.02.004 
    ​Details  DOI 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​Common socio-economic cycle periods​
    de Groot, B.   & Franses, P. H.​ (2012) 
    Technological Forecasting and Social Change, 79(1) pp. 59​-68​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.techfore.2011.06.006 
    ​Details  DOI 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​Ubiquitin Dynamics in Complexes Reveal Molecular Recognition Mechanisms Beyond Induced Fit and Conformational Selection​
    Peters, J. H. & de Groot, B. L. ​ (2012) 
    PLoS Computational Biology, 8(10) pp. e1002704​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002704 
    ​Details  DOI 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​A Molecular Switch Driving Inactivation in the Cardiac K+ Channel hERG​
    Köpfer, D. A.; Hahn, U.; Ohmert, I.; Vriend, G.; Pongs, O.; de Groot, B. L.   & Zachariae, U.​ (2012) 
    PLoS One, 7(7) pp. e41023​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0041023 
    ​Details  DOI 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​Molecular driving forces defining lipid positions around aquaporin-0​
    Aponte-Santamaria, C.; Briones, R. ; Schenk, A. D.; Walz, T. & de Groot, B. L. ​ (2012) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 109(25) pp. 9887​-9892​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1121054109 
    ​Details  DOI 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​Exploring the Mechanism and Functional (A)Symmetry of ATP Binding Cassette Domains​
    Leonov, H.; Vesper, M. & de Groot, B. L. ​ (2012) 
    Biophysical Journal, 102(3) pp. 452a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.11.2479 
    ​Details  DOI 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​Ubiquitin Dynamics in Complexes​
    Peters, J. H. & de Groot, B. L. ​ (2012) 
    Biophysical Journal, 102(3) pp. 260a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.11.1434 
    ​Details  DOI 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​Non-Equilibrium Free Energy Calculations for Ligand Optimization​
    Gapsys, V. ; Seeliger, D. & de Groot, B. L. ​ (2012) 
    Biophysical Journal, 102(3) pp. 40a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.11.249 
    ​Details  DOI 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​New Soft-Core Potential Function for Molecular Dynamics Based Alchemical Free Energy Calculations​
    Gapsys, V. ; Seeliger, D. & de Groot, B. L. ​ (2012) 
    Journal of Chemical Theory and Computation, 8(7) pp. 2373​-2382​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/ct300220p 
    ​Details  DOI 
  • 2012 | Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Partial Least-Squares Functional Mode Analysis: Application to the Membrane Proteins AQP1, Aqy1, and CLC-ec1​
    Krivobokova, T. ; Briones, R. ; Hub, J. S. ; Munk, A.   & Groot, B. L. de ​ (2012) 
    Biophysical Journal, 103(4) pp. 786​-796​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2012.07.022 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​beta-Barrel Mobility Underlies Closure of the Voltage-Dependent Anion Channel​
    Zachariae, U.; Schneider, R. ; Briones, R. ; Gattin, Z. ; Demers, J.-P.; Giller, K.   & Maier, E. et al.​ (2012) 
    Structure, 20(9) pp. 1540​-1549​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.str.2012.06.015 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2012 | Journal Article
    ​ ​Design of Peptide-Membrane Interactions to Modulate Single-File Water Transport through Modified Gramicidin Channels​
    Portella, G.; Polupanow, T.; Zocher, F.; Boytsov, D. A.; Pohl, P.; Diederichsen, U.   & de Groot, B. L. ​ (2012) 
    Biophysical Journal, 103(8) pp. 1698​-1705​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2012.08.059 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 | Journal Article
    ​ ​Computational electrophysiology: the molecular dynamics of ion channel permeation and selectivity in atomistic detail​
    Kutzner, C.; Grubmüller, H. ; de Groot, B. L.   & Zachariae, U.​ (2011) 
    Biophysical Journal, 101(4) pp. 809​-817​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.06.010 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2011 | Journal Article
    ​ ​Aquaporin-9 Protein Is the Primary Route of Hepatocyte Glycerol Uptake for Glycerol Gluconeogenesis in Mice ​
    Jelen, S.; Wacker, S.; Aponte-Santamaría, C.; Skott, M.; Rojek, A.; Johanson, U. & Kjellbom, P. et al.​ (2011) 
    The Journal of Biological Chemistry, 286(52) pp. 44319​-44325​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M111.297002 
    ​Details  DOI 
  • 2011 | Journal Article
    ​ ​Mapping the Conformational Dynamics and Pathways of Spontaneous Steric Zipper Peptide Oligomerization​
    Matthes, D. ; Gapsys, V. ; Daebel, V. & de Groot, B. L. ​ (2011) 
    PLoS One, 6(5) pp. e19129​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0019129 
    ​Details  DOI 
  • 2011 | Journal Article
    ​ ​Comment on “Molecular Selectivity in Aquaporin Channels Studied by the 3D-RISM Theory”​
    Hub, J. S.   & de Groot, B. L. ​ (2011) 
    The Journal of Physical Chemistry. B, Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical, 115(25) pp. 8364​-8366​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/jp2022242 
    ​Details  DOI 
  • 2011 | Journal Article
    ​ ​Computer Simulations of Structure–Activity Relationships for hERG Channel Blockers​
    Boukharta, L.; Keränen, H.; Stary-Weinzinger, A.; Wallin, G.; de Groot, B. L.   & Åqvist, J.​ (2011) 
    Biochemistry (Washington), 50(27) pp. 6146​-6156​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/bi200173n 
    ​Details  DOI 
  • 2011 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Kinetics of Conformational Sampling in Ubiquitin​
    Ban, D. ; Funk, M.; Gulich, R.; Egger, D.; Sabo, T. M. ; Walter, K. F. A. & Fenwick, R. B. et al.​ (2011) 
    Angewandte Chemie International Edition, 50(48) pp. 11437​-11440​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/anie.201105086 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2011 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Towards computional specificity screening of DNA-binding proteins​
    Seeliger, D.; Buelens, F. P.; Goette, M.; Groot, B. L. de   & Grubmüller, H. ​ (2011) 
    Nucleic Acids Research, 39(19) pp. 8281​-8290​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkr531 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​Dynamics and energetics of solute permeation through the Plasmodium falciparum aquaglyceroporin​
    Aponte-Santamaría, C.; Hub, J. S.   & de Groot, B. L. ​ (2010) 
    Physical Chemistry, Chemical Physics, 12(35) pp. 10246​.​ DOI: https://doi.org/10.1039/c004384m 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​Potentials of Mean Force and Permeabilities for Carbon Dioxide, Ammonia, and Water Flux across a Rhesus Protein Channel and Lipid Membranes​
    Hub, J. S. ; Winkler, F. K.; Merrick, M. & de Groot, B. L. ​ (2010) 
    Journal of the American Chemical Society, 132(38) pp. 13251​-13263​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/ja102133x 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​The thermodynamic influence of trapped water molecules on a protein-ligand interaction​
    Stegmann, C. M.; Seeliger, D.; Sheldrick, G. M. ; de Groot, B. L.   & Wahl, M. C. ​ (2010) 
    Acta Crystallographica. Section A, Foundations and Advances, 66(a1) pp. s19​-s19​.​ DOI: https://doi.org/10.1107/S0108767310099599 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​Protein Thermostability Calculations Using Alchemical Free Energy Simulations​
    Seeliger, D. & de Groot, B. L. ​ (2010) 
    Biophysical Journal, 98(10) pp. 2309​-2316​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2010.01.051 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​Scrutinizing Molecular Mechanics Force Fields on the Submicrosecond Timescale with NMR Data​
    Lange, O. F.; van der Spoel, D. & de Groot, B. L. ​ (2010) 
    Biophysical Journal, 99(2) pp. 647​-655​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2010.04.062 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​Detection of Functional Modes in Protein Dynamics​
    Hub, J. S. ; Van der Spoel, D. & de Groot, B. L. ​ (2010) 
    Biophysical Journal, 98(3) pp. 566a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2009.12.3071 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​62 Early Diagnosis of Postoperative Complications After Liver Transplants in Children​
    Wildeboer, G. J.; Geerts, H. R.; de Groot, B. L.   & Ponne, E. D.​ (2010) 
    Pediatric Research, 68 pp. 34​-35​.​ DOI: https://doi.org/10.1203/00006450-201011001-00062 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​Spontaneous Quaternary and Tertiary T-R Transitions of Human Hemoglobin in Molecular Dynamics Simulation​
    Hub, J. S. ; Kubitzki, M. B. & de Groot, B. L. ​ (2010) 
    PLoS Computational Biology, 6(5) pp. e1000774​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000774 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​Conformational Transitions upon Ligand Binding: Holo-Structure Prediction from Apo Conformations​
    Seeliger, D. & de Groot, B. L. ​ (2010) 
    PLoS Computational Biology, 6(1) pp. e1000634​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000634 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​A plate reader-based method for cell water permeability measurement​
    Fenton, R. A.; Moeller, H. B.; Nielsen, S. ; de Groot, B. L.   & Rützler, M.​ (2010) 
    American Journal of Physiology. Renal Physiology, 298(1) pp. F224​-F230​.​ DOI: https://doi.org/10.1152/ajprenal.00463.2009 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​The anti-protozoal drug pentamidine blocks KIR2.x-mediated inward rectifier current by entering the cytoplasmic pore region of the channel​
    De Boer, T. P.; Nalos, L.; Stary, A.; Kok, B.; Houtman, M. J. C.; Antoons, G. & Van Veen, T. A. B. et al.​ (2010) 
    British Journal of Pharmacology, 159(7) pp. 1532​-1541​.​ DOI: https://doi.org/10.1111/j.1476-5381.2010.00658.x 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​Toward a Consensus Model of the hERG Potassium Channel​
    Stary, A.; Wacker, S.; Boukharta, L.; Zachariae, U.; Karimi-Nejad, Y.; Åqvist, J. & Vriend, G. et al.​ (2010) 
    ChemMedChem, 5(3) pp. 455​-467​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/cmdc.200900461 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​Collective Dynamics Underlying Allosteric Transitions​
    Vesper, M. D. & de Groot, B. L. ​ (2010) 
    Biophysical Journal, 98(3) pp. 440a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2009.12.2388 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​Conformational Transitions Upon Ligand Binding: Holo Structure Prediction from Apo Conformations​
    Seeliger, D. & de Groot, B. L. ​ (2010) 
    Biophysical Journal, 98(3) pp. 428a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2009.12.2318 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​Binding of glutamate to the umami receptor​
    López Cascales, J.; Oliveira Costa, S.; de Groot, B. L.   & Walters, D. E.​ (2010) 
    Biophysical Chemistry, 152(1-3) pp. 139​-144​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpc.2010.09.001 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​g_wham—A Free Weighted Histogram Analysis Implementation Including Robust Error and Autocorrelation Estimates​
    Hub, J. S. ; de Groot, B. L.   & van der Spoel, D.​ (2010) 
    Journal of Chemical Theory and Computation, 6(12) pp. 3713​-3720​.​ DOI: https://doi.org/10.1021/ct100494z 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​Augmentation of Single Channel Water Permeability by Modification of Membrane Anchoring​
    Zocher, F.; Polupanowa, T.; Portella, G.; de Groot, B. L. ; Diederichsen, U. ; Pohl, P. & Boytsov, D. A.​ (2010) 
    Biophysical Journal, 98(3) pp. 279a​-280a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2009.12.1526 
    ​Details  DOI  WoS 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​Conformational Flexibility of the hERG K+ Channel Pore Domain​
    Weinzinger, A.; Knape, K.; Wacker, S. J.; Boukharta, L. & de Groot, B. L. ​ (2010) 
    Biophysical Journal, 98(3) pp. 120a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2009.12.656 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​The Spontaneous Aggregation of Steric Zipper Peptides Studied by Molecular Dynamics Simulations​
    Matthes, D.   & de Groot, B. L. ​ (2010) 
    Biophysical Journal, 98(3) pp. 650a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2009.12.3561 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article
    ​ ​The Gating Mechanism of Yeast Aquaporin Studied by Molecular Dynamics Simulations​
    Fischer, G.; Kosinska-Eriksson, U.; Aponte-Santamaria, C.; Palmgren, M.; Geijer, C.; Hedfalk, K. & Hohmann, S. et al.​ (2010) 
    Biophysical Journal, 98(3) pp. 225a​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2009.12.1216 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article | 
    ​ ​Ligand docking and binding site analysis with PyMOL and Autodock/Vina​
    Seeliger, D. & de Groot, B. L. ​ (2010) 
    Journal of Computer-Aided Molecular Design, 24(5) pp. 417​-422​.​ DOI: https://doi.org/10.1007/s10822-010-9352-6 
    ​Details  DOI 
  • 2010 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Functional dynamics in the voltage-dependent anion channel​
    Villinger, S. ; Briones, R. ; Giller, K. ; Zachariae, U.; Lange, A. ; Groot, B. L. de   & Griesinger, C.  et al.​ (2010) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences, 107(52) pp. 22546​-22551​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.1012310108 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2010 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Voltage-Regulated Water Flux through Aquaporin Channels In Silico​
    Hub, J. S. ; Aponte-Santamaria, C.; Grubmüller, H.   & Groot, B. L. de ​ (2010) 
    Biophysical Journal, 99(12) pp. L97​-L99​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2010.11.003 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2009 | Journal Article
    ​ ​Cycles in basic innovations​
    de Groot, B.   & Hans Franses, P.​ (2009) 
    Technological Forecasting and Social Change, 76(8) pp. 1021​-1025​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.techfore.2009.03.007 
    ​Details  DOI 
  • 2009 | Journal Article
    ​ ​tCONCOORD-GUI: Visually supported conformational sampling of bioactive molecules​
    Seeliger, D. & de Groot, B. L. ​ (2009) 
    Journal of Computational Chemistry, 30(7) pp. 1160​-1166​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/jcc.21127 
    ​Details  DOI 
  • 2009 | Journal Article
    ​ ​Crystal Structure of a Yeast Aquaporin at 1.15 Å Reveals a Novel Gating Mechanism​
    Fischer, G.; Kosinska-Eriksson, U.; Aponte-Santamaría, C.; Palmgren, M.; Geijer, C.; Hedfalk, K. & Hohmann, S. et al.​ (2009) 
    PLoS Biology, 7(6) pp. e1000130​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000130 
    ​Details  DOI 
  • 2009 | Journal Article
    ​ ​Detection of Functional Modes in Protein Dynamics​
    Hub, J. S.   & de Groot, B. L. ​ (2009) 
    PLoS Computational Biology, 5(8) pp. e1000480​.​ DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000480 
    ​Details  DOI 
  • 2009 | Journal Article
    ​ ​Domain motions of hyaluronan lyase underlying processive hyaluronan translocation​
    Joshi, H. V.; Jedrzejas, M. J. & de Groot, B. L. ​ (2009) 
    Proteins, 76(1) pp. 30​-46​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/prot.22316 
    ​Details  DOI 
  • 2009 | Journal Article
    ​ ​Determinants of Water Permeability through Nanoscopic Hydrophilic Channels​
    Portella, G. & de Groot, B. L. ​ (2009) 
    Biophysical Journal, 96(3) pp. 925​-938​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2008.09.059 
    ​Details  DOI 
  • 2009 | Journal Article
    ​ ​Secondary Structure Propensities in Peptide Folding Simulations: A Systematic Comparison of Molecular Mechanics Interaction Schemes​
    Matthes, D.   & de Groot, B. L. ​ (2009) 
    Biophysical Journal, 97(2) pp. 599​-608​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpj.2009.04.061 
    ​Details  DOI 
  • 2009 | Journal Article
    ​ ​Predicting free energy changes using structural ensembles​
    Benedix, A.; Becker, C. M; de Groot, B. L. ; Caflisch, A. & Böckmann, R. A​ (2009) 
    Nature Methods, 6(1) pp. 3​-4​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/nmeth0109-3 
    ​Details  DOI 
  • 2009 | Journal Article
    ​ ​Testing for harmonic regressors​
    Franses, P. H.; De Groot, B.   & Legerstee, R.​ (2009) 
    Journal of Applied Statistics, 36(3) pp. 339​-346​.​ DOI: https://doi.org/10.1080/02664760802454837 
    ​Details  DOI 
  • 2009 | Journal Article
    ​ ​The Thermodynamic Influence of Trapped Water Molecules on a Protein-Ligand Interaction​
    Stegmann, C. M.; Seeliger, D.; Sheldrick, G. M. ; de Groot, B. L.   & Wahl, M. C. ​ (2009) 
    Angewandte Chemie International Edition, 48(28) pp. 5207​-5210​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/anie.200900481 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 | Book Chapter
    ​ ​Dynamics and Energetics of Permeation Through Aquaporins. What Do We Learn from Molecular Dynamics Simulations?​
    Hub, J. S. ; Grubmüller, H.  & Groot, B. L. de ​ (2008)
    In:​Beitz, E.​ (Ed.), Aquaporins pp. 57​-76. ​Heidelberg: ​Springer Nature. DOI: https://doi.org/10.1007/978-3-540-79885-9_3 
    ​Details  DOI 
  • 2008 | Journal Article
    ​ ​The Molecular Mechanism of Toxin-Induced Conformational Changes in a Potassium Channel: Relation to C-Type Inactivation​
    Zachariae, U.; Schneider, R. ; Velisetty, P.; Lange, A. ; Seeliger, D.; Wacker, S. J. & Karimi-Nejad, Y. et al.​ (2008) 
    Structure, 16(5) pp. 747​-754​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.str.2008.01.018 
    ​Details  DOI 
  • 2008 | Journal Article
    ​ ​Not Only Enthalpy: Large Entropy Contribution to Ion Permeation Barriers in Single-File Channels​
    Portella, G.; Hub, J. S. ; Vesper, M. D. & de Groot, B. L. ​ (2008) 
    Biophysical Journal, 95(5) pp. 2275​-2282​.​ DOI: https://doi.org/10.1529/biophysj.108.130609 
    ​Details  DOI 
  • 2008 | Journal Article
    ​ ​Mechanism of selectivity in aquaporins and aquaglyceroporins​
    Hub, J. S.   & de Groot, B. L. ​ (2008) 
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 105(4) pp. 1198​-1203​.​ DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.0707662104 
    ​Details  DOI 
  • 2008 | Journal Article
    ​ ​The Atomistic Mechanism of Conformational Transition in Adenylate Kinase: A TEE-REX Molecular Dynamics Study​
    Kubitzki, M. B. & de Groot, B. L. ​ (2008) 
    Structure, 16(8) pp. 1175​-1182​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.str.2008.04.013 
    ​Details  DOI 
  • 2008 | Journal Article
    ​ ​Vacuolar Protein Sorting: Two Different Functional States of the AAA-ATPase Vps4p​
    Hartmann, C.; Chami, M.; Zachariae, U.; de Groot, B. L. ; Engel, A. & Grütter, M. G.​ (2008) 
    Journal of Molecular Biology, 377(2) pp. 352​-363​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2008.01.010 
    ​Details  DOI 
  • 2008 | Journal Article
    ​ ​Stability through cycles​
    de Groot, B.   & Franses, P. H.​ (2008) 
    Technological Forecasting and Social Change, 75(3) pp. 301​-311​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.techfore.2007.07.004 
    ​Details  DOI 
  • 2008 | Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Is TEA an inhibitor for human aquaporin-1?​
    Mueller, E. M.; Hub, J. S. ; Grubmüller, H.   & Groot, B. L. de ​ (2008) 
    Pflügers Archiv European Journal of Physiology, 456(4) pp. 663​-669​.​ DOI: https://doi.org/10.1007/s00424-007-0422-0 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Kinetics, statistics, and energetics of lipid membrane electroporation studied by molecular dynamics simulations​
    Böckmann, R. A.; Groot, B. L. de ; Kakorin, S.; Neumann, E. & Grubmüller, H. ​ (2008) 
    Biophysical Journal, 95(4) pp. 1837​-1850​.​ DOI: https://doi.org/10.1529/biophysj.108.129437 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Residual dipolar couplings as a tool to study molecular recognition of ubiquitin​
    Lakomek, N.-A. ; Lange, O. F.; Walter, K. F. A.; Farès, C.; Egger, D.; Lunkenheimer, P. & Meiler, J. et al.​ (2008) 
    Biochemical Society transactions, 36 pp. 1433​-1437​.​ DOI: https://doi.org/10.1042/BST0361433 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Recognition dynamics up to microseconds revealed from an RDC-derived ubiquitin ensemble in solution​
    Lange, O. F.; Lakomek, N.-A. ; Farès, C.; Schroeder, G. F.; Walter, K. F. A.; Becker, S.   & Meiler, J. et al.​ (2008) 
    Science, 320(5882) pp. 1471​-1475​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.1157092 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2008 | Journal Article | Research Paper | 
    ​ ​Self-consistent residual dipolar coupling based model-free analysis for the robust determination of nanosecond to microsecond protein dynamics​
    Lakomek, N.-A. ; Walter, K. F. A.; Farès, C.; Lange, O. F.; Groot, B. L. de ; Grubmüller, H.   & Brueschweiler, R. et al.​ (2008) 
    Journal of Biomolecular NMR, 41(3) pp. 139​-155​.​ DOI: https://doi.org/10.1007/s10858-008-9244-4 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2007 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Short-range order and collective dynamics of DMPC bilayers: A comparison between molecular dynamics simulations, X-ray, and neutron scattering experiments​
    Hub, J. S. ; Salditt, T. ; Rheinstädter, M. C. & Groot, B. L. de ​ (2007) 
    Biophysical Journal, 93(9) pp. 3156​-3168​.​ DOI: https://doi.org/10.1529/biophysj.107.104885 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2007 | Journal Article
    ​ ​Atomic contacts in protein structures. A detailed analysis of atomic radii, packing, and overlaps​
    Seeliger, D. & de Groot, B. L. ​ (2007) 
    Proteins, 68(3) pp. 595​-601​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/prot.21447 
    ​Details  DOI 
  • 2007 | Journal Article
    ​ ​Geometry-Based Sampling of Conformational Transitions in Proteins​
    Seeliger, D.; Haas, J. & de Groot, B. L. ​ (2007) 
    Structure, 15(11) pp. 1482​-1492​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.str.2007.09.017 
    ​Details  DOI 
  • 2007 | Journal Article
    ​ ​Invariance of Single-File Water Mobility in Gramicidin-like Peptidic Pores as Function of Pore Length​
    Portella, G.; Pohl, P. & de Groot, B. L. ​ (2007) 
    Biophysical Journal, 92(11) pp. 3930​-3937​.​ DOI: https://doi.org/10.1529/biophysj.106.102921 
    ​Details  DOI 
  • 2007 | Journal Article
    ​ ​Molecular Dynamics Simulations Using Temperature-Enhanced Essential Dynamics Replica Exchange​
    Kubitzki, M. B. & de Groot, B. L. ​ (2007) 
    Biophysical Journal, 92(12) pp. 4262​-4270​.​ DOI: https://doi.org/10.1529/biophysj.106.103101 
    ​Details  DOI 
  • 2007 | Journal Article
    ​ ​Acyl chain order parameter profiles in phospholipid bilayers: computation from molecular dynamics simulations and comparison with 2H NMR experiments​
    Vermeer, L. S.; de Groot, B. L. ; Réat, V.; Milon, A. & Czaplicki, J.​ (2007) 
    European Biophysics Journal, 36(8) pp. 919​-931​.​ DOI: https://doi.org/10.1007/s00249-007-0192-9 
    ​Details  DOI 
  • 2007 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Speeding up parallel GROMACS on high-latency networks​
    Kutzner, C.; Van der Spoel, D.; Fechner, M.; Lindahl, E.; Schmitt, U. W.; Groot, B. L. de   & Grubmüller, H. ​ (2007) 
    Journal of Computational Chemistry, 28(12) pp. 2075​-2084​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/jcc.20703 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2006 | Book Chapter
    ​ ​Improved GROMACS Scaling on Ethernet Switched Clusters​
    Kutzner, C.; Van der Spoel, D.; Fechner, M.; Lindahl, E.; Schmitt, U. W.; Groot, B. L. de  & Grubmüller, H. ​ (2006)
    In:​Träff, Jesper Larsson; Mohr, Bernd; Worringen, Joachim; Dongarra, Jack​ (Eds.), Recent Advances in Parallel Virtual Machine and Message Passing Interface pp. 404​-405.  DOI: https://doi.org/10.1007/11846802_57 
    ​Details  DOI 
  • 2006 | Journal Article
    ​ ​Mobility of a One-Dimensional Confined File of Water Molecules as a Function of File Length​
    Saparov, S. M.; Pfeifer, J. R.; Al-Momani, L.; Portella, G.; de Groot, B. L. ; Koert, U. & Pohl, P.​ (2006) 
    Physical Review Letters, 96(14).​ DOI: https://doi.org/10.1103/PhysRevLett.96.148101 
    ​Details  DOI 
  • 2006 | Journal Article
    ​ ​Molekulare Nanomaschinen unter der Lupe: Proteindynamik-Simulationen​
    Groot, B. L. de ; Böckmann, R. A. & Grubmüller, H. ​ (2006) 
    Physik in unserer Zeit, 37(2) pp. 73​-79​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/piuz.200501098 
    ​Details  DOI 
  • 2006 | Journal Article
    ​ ​Does CO2 Permeate through Aquaporin-1?​
    Hub, J. S.   & de Groot, B. L. ​ (2006) 
    Biophysical Journal, 91(3) pp. 842​-848​.​ DOI: https://doi.org/10.1529/biophysj.106.081406 
    ​Details  DOI 
  • 2006 | Journal Article
    ​ ​Alternate Structural Conformations of Streptococcus pneumoniae Hyaluronan Lyase: Insights into Enzyme Flexibility and Underlying Molecular Mechanism of Action​
    Rigden, D. J.; Littlejohn, J. E.; Joshi, H. V.; de Groot, B. L.   & Jedrzejas, M. J.​ (2006) 
    Journal of Molecular Biology, 358(4) pp. 1165​-1178​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2006.02.066 
    ​Details  DOI 
  • 2006 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Quaternary ammonium compounds as water channel blockers - Specificity, potency, and site of action​
    Detmers, F. J. M.; de Groot, B. L. ; Müller, E. M.; Hinton, A.; Konings, I. B. M.; Sze, M. & Flitsch, S. L. et al.​ (2006) 
    Journal of biological chemistry, 281(20) pp. 14207​-14214​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M513072200 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2006 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Molecular anatomy of a trafficking organelle​
    Takamori, S.; Holt, M. ; Stenius, K.; Lemke, E. A.; Gronborg, M.; Riedel, D.   & Urlaub, H.  et al.​ (2006) 
    Cell, 127(4) pp. 831​-846​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.10.030 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2006 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Ligand-release pathways in the pheromone-binding protein of Bombyx mori​
    Graeter, F. ; de Groot, B. L. ; Jiang, H. & Grubmüller, H. ​ (2006) 
    Structure, 14(10) pp. 1567​-1576​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.str.2006.08.012 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2006 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Sequential N- to C-terminal SNARE complex assembly drives priming and fusion of secretory vesicles​
    Sørensen, J. B.; Wiederhold, K.; Müller, E. M.; Milosevic, I. ; Nagy, G.; de Groot, B. L.   & Grubmüller, H.  et al.​ (2006) 
    EMBO Journal, 25(5) pp. 955​-966​.​ DOI: https://doi.org/10.1038/sj.emboj.7601003 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2005 | Journal Article
    ​ ​Alternative Splicing of SNAP-25 Regulates Secretion through Nonconservative Substitutions in the SNARE Domain​
    Nagy, G.; Milošević, I. ; Fasshauer, D.; Müller, E. M.; de Groot, B. L. ; Lang, T.   & Wilson, M. C. et al.​ (2005) 
    Molecular Biology of the Cell, 16(12) pp. 5675​-5685​.​ DOI: https://doi.org/10.1091/mbc.e05-07-0595 
    ​Details  DOI 
  • 2005 | Journal Article
    ​ ​The 5Å Structure of Heterologously Expressed Plant Aquaporin SoPIP2;1​
    Kukulski, W.; Schenk, A.; Johanson, U.; Braun, T.; de Groot, B. L. ; Fotiadis, D. & Kjellbom, P. et al.​ (2005) 
    Journal of Molecular Biology, 350(4) pp. 611​-616​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2005.05.001 
    ​Details  DOI 
  • 2005 | Journal Article
    ​ ​The 4.5Å Structure of Human AQP2​
    Schenk, A. D.; Werten, P. J.; Scheuring, S.; de Groot, B. L. ; Müller, S. A.; Stahlberg, H. & Philippsen, A. et al.​ (2005) 
    Journal of Molecular Biology, 350(2) pp. 278​-289​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2005.04.030 
    ​Details  DOI 
  • 2005 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Probing conformational disorder in neurotensin by two-dimensional solid-state NMR and comparison to molecular dynamics simulations​
    Heise, H.; Luca, S.; de Groot, B. L. ; Grubmüller, H.   & Baldus, M.​ (2005) 
    Biophysical Journal, 89(3) pp. 2113​-2120​.​ DOI: https://doi.org/10.1529/biophysj.105.059964 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2005 | Review
    ​ ​The dynamics and energetics of water permeation and proton exclusion in aquaporins​
    Groot, B. L. de  & Grubmüller, H. ​ (2005)
    Current Opinion in Structural Biology, 15​(2) pp. 176​-183​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.sbi.2005.02.003 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2005 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Molecular dynamics simulations of protein G challenge NMR-derived correlated backbone motions​
    Lange, O. F.; Grubmüller, H.   & de Groot, B. L. ​ (2005) 
    Angewandte Chemie International Edition, 44(22) pp. 3394​-3399​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/anie.200462957 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2004 | Journal Article
    ​ ​Aquaporine: die perfekten Wasserfilter der Zelle​
    Grubmüller, H.   & de Groot, B. L. ​ (2004) 
    Biospektrum: das Magazin für Biowissenschaften, 10(4) pp. 384​-386​.​
    ​Details 
  • 2003 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​The mechanism of proton exclusion in the aquaporin-1 water channel​
    de Groot, B. L. ; Frigato, T.; Helms, V. & Grubmüller, H. ​ (2003) 
    Journal of Molecular Biology, 333(2) pp. 279​-293​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/j.jmb.2003.08.003 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2003 | Journal Article
    ​ ​The structure of the aquaporin-1 water channel: A comparison between cryo-electron microscopy and X-ray crystallography​
    de Groot, B. L. ; Engel, A. & Grubmüller, H. ​ (2003) 
    Journal of Molecular Biology, 325(3) pp. 485​-493​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/S0022-2836(02)01233-0 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2002 | Journal Article
    ​ ​Proteine als Filter reinsten Wassers​
    Grubmüller, H.   & de Groot, B. L. ​ (2002) 
    Max Planck Forschung: das Wissenschaftsmagazin der Max-Planck-Gesellschaft, 1 pp. 8​-9​.​
    ​Details 
  • 2002 | Journal Article
    ​ ​Aquaporine - Wasserfilter der Zelle​
    Grubmüller, H.   & de Groot, B. L. ​ (2002) 
    Bioforum : Forschung, Entwicklung, Service, 6 pp. 387​-389​.​
    ​Details 
  • 2002 | Journal Article
    ​ ​Mechanism of Hyaluronan Degradation byStreptococcus pneumoniae Hyaluronate Lyase​
    Jedrzejas, M. J.; Mello, L. V.; de Groot, B. L.   & Li, S.​ (2002) 
    The Journal of Biological Chemistry, 277(31) pp. 28287​-28297​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M112009200 
    ​Details  DOI 
  • 2002 | Journal Article
    ​ ​Structure and Flexibility of Streptococcus agalactiaeHyaluronate Lyase Complex with Its Substrate​
    Mello, L. V.; de Groot, B. L. ; Li, S. & Jedrzejas, M. J.​ (2002) 
    The Journal of Biological Chemistry, 277(39) pp. 36678​-36688​.​ DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.M205140200 
    ​Details  DOI 
  • 2002 | Journal Article
    ​ ​Water Permeation through Gramicidin A: Desformylation and the Double Helix: A Molecular Dynamics Study​
    de Groot, B. L. ; Tieleman, D. P.; Pohl, P. & Grubmüller, H. ​ (2002) 
    Biophysical Journal, 82(6) pp. 2934​-2942​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/S0006-3495(02)75634-8 
    ​Details  DOI 
  • 2002 | Review
    ​ ​Progress in the analysis of membrane protein structure and function​
    Werten, P. J. L.; Remigy, H. W.; Groot, B. L. de ; Fotiadis, D.; Philippsen, A.; Stahlberg, H.& Grubmüller, H.  et al.​ (2002)
    FEBS Letters, 529​(1) pp. 65​-72​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/S0014-5793(02)03290-8 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2002 | Review
    ​ ​Structure and function of water channels​
    Fujiyoshi, Y.; Mitsuoka, K.; de Groot, B. L. ; Philippsen, A.; Grubmüller, H. ; Agre, P.& Engel, A.​ (2002)
    Current Opinion in Structural Biology, 12​(4) pp. 509​-515​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/S0959-440X(02)00355-X 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2001 | Journal Article
    ​ ​A refined structure of human aquaporin-1​
    de Groot, B. ; Engel, A. & Grubmüller, H. ​ (2001) 
    FEBS Letters, 504(3) pp. 206​-211​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/S0014-5793(01)02743-0 
    ​Details  DOI 
  • 2001 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Water permeation across biological membranes: Mechanism and dynamics of aquaporin-1 and GlpF​
    de Groot, B. L.   & Grubmüller, H. ​ (2001) 
    Science, 294(5550) pp. 2353​-2357​.​ DOI: https://doi.org/10.1126/science.1062459 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2001 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Essential dynamics of reversible peptide folding: Memory-free conformational dynamics governed by internal hydrogen bonds​
    de Groot, B. L. ; Daura, X.; Mark, A. E. & Grubmüller, H. ​ (2001) 
    Journal of Molecular Biology, 309(1) pp. 299​-313​.​ DOI: https://doi.org/10.1006/jmbi.2001.4655 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2000 | Journal Article
    ​ ​The 6.9-Å Structure of GlpF: A Basis for Homology Modeling of the Glycerol Channel from Escherichia coli​
    Stahlberg, H.; Braun, T.; de Groot, B. L. ; Philippsen, A.; Borgnia, M. J.; Agre, P. & Kühlbrandt, W. et al.​ (2000) 
    Journal of Structural Biology, 132(2) pp. 133​-141​.​ DOI: https://doi.org/10.1006/jsbi.2000.4317 
    ​Details  DOI 
  • 2000 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Conformations of the rhodopsin third cytoplasmic loop grafted onto bacteriorhodopsin​
    Heymann, J. B.; Pfeiffer, M.; Hildebrandt, V.; Kaback, H. R.; Fotiadis, D.; de Groot, B. L.   & Engel, A. et al.​ (2000) 
    Structure, 8(6) pp. 643​-653​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/S0969-2126(00)00151-9 
    ​Details  DOI 
  • 2000 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​The fold of human aquaporin 1​
    de Groot, B. L. ; Heymann, J. B.; Engel, A.; Mitsuoka, K.; Fujiyoshi, Y. & Grubmüller, H. ​ (2000) 
    Journal of Molecular Biology, 300(4) pp. 987​-994​.​ DOI: https://doi.org/10.1006/jmbi.2000.3913 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 2000 | Journal Article | Research Paper
    ​ ​Exocytosis requires asymmetry in the central layer of the SNARE complex​
    Ossig, R.; Schmitt, H. D.; de Groot, B. L. ; Riedel, D. ; Keränen, S.; Ronne, H. & Grubmüller, H.  et al.​ (2000) 
    EMBO Journal, 19(22) pp. 6000​-6010​.​ DOI: https://doi.org/10.1093/emboj/19.22.6000 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 
  • 1999 | Journal Article
    ​ ​Conformational changes in the chaperonin GroEL: new insights into the allosteric mechanism 1 1Edited by A. R. Fersht​
    de Groot, B. L. ; Vriend, G. & Berendsen, H. J. C.​ (1999) 
    Journal of Molecular Biology, 286(4) pp. 1241​-1249​.​ DOI: https://doi.org/10.1006/jmbi.1998.2568 
    ​Details  DOI 
  • 1999 | Journal Article
    ​ ​A kinetic model for the internal motions of proteins: Diffusion between multiple harmonic wells​
    Amadei, A.; de Groot, B. L. ; Ceruso, M.-A.; Paci, M.; Di Nola, A. & Berendsen, H.​ (1999) 
    Proteins, 35(3) pp. 283​-292​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/(SICI)1097-0134(19990515)35:3<283::AID-PROT2>3.0.CO;2-R 
    ​Details  DOI 
  • 1998 | Journal Article
    ​ ​Domain motions in bacteriophage T4 lysozyme: A comparison between molecular dynamics and crystallographic data​
    de Groot, B. L. ; Hayward, S.; van Aalten, D. M. F; Amadei, A. & Berendsen, H. J. C.​ (1998) 
    Proteins, 31(2) pp. 116​-127​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/(SICI)1097-0134(19980501)31:2<116::AID-PROT2>3.0.CO;2-K 
    ​Details  DOI 
  • 1998 | Journal Article
    ​ ​The dynamic regulation of myocardial oxidative phosphorylation: Analysis of the response time of oxygen consumption​
    van Beek, J. H. G. M.; Tian, X.; Zuurbier, C.; de Groot, B. L. ; van Echteld, C. J. A.; Eijgelshoven, M. H. J. & Hak, J. B.​ (1998) 
    Molecular and Cellular Biochemistry, 184(1/2) pp. 321​-344​.​ DOI: https://doi.org/10.1023/A:1006817215408 
    ​Details  DOI 
  • 1997 | Journal Article
    ​ ​Protein dynamics derived from clusters of crystal structures​
    van Aalten, D. M.; Conn, D. A.; de Groot, B. L. ; Berendsen, H. J.; Findlay, J. B. & Amadei, A.​ (1997) 
    Biophysical Journal, 73(6) pp. 2891​-2896​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/S0006-3495(97)78317-6 
    ​Details  DOI 
  • 1997 | Journal Article
    ​ ​Prediction of protein conformational freedom from distance constraints​
    de Groot, B. L. ; van Aalten, D. M. F.; Scheek, R. M.; Amadei, A.; Vriend, G. & Berendsen, H. J. C.​ (1997) 
    Proteins, 29(2) pp. 240​-251​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/(SICI)1097-0134(199710)29:2<240::AID-PROT11>3.0.CO;2-O 
    ​Details  DOI 
  • 1996 | Journal Article
    ​ ​Conformational analysis of retinoids and restriction of their dynamics by retinoid-binding proteins​
    Aalten, D. M. F. van; de Groot, B. L. ; Berendsen, H. J. C. & Findlay, J. B. C.​ (1996) 
    Biochemical Journal, 319(2) pp. 543​-550​.​ DOI: https://doi.org/10.1042/bj3190543 
    ​Details  DOI 
  • 1996 | Journal Article
    ​ ​An extended sampling of the configurational space of HPr fromE. coli​
    de Groot, B. L. ; Amadei, A.; Scheek, R. M.; van Nuland, N. A. J. & Berendsen, H. J. C.​ (1996) 
    Proteins, 26(3) pp. 314​-322​.​ DOI: https://doi.org/10.1002/(SICI)1097-0134(199611)26:3<314::AID-PROT7>3.0.CO;2-D 
    ​Details  DOI 
  • 1996 | Journal Article
    ​ ​The consistency of large concerted motions in proteins in molecular dynamics simulations​
    de Groot, B. L. ; van Aalten, D.; Amadei, A. & Berendsen, H.​ (1996) 
    Biophysical Journal, 71(4) pp. 1707​-1713​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/S0006-3495(96)79372-4 
    ​Details  DOI 
  • 1996 | Journal Article
    ​ ​Towards an Exhaustive Sampling of the Configurational Spaces of the Two Forms of the Peptide Hormone Guanylin​
    de Groot, B. L. ; Amadei, A.; van Aalten, D. M. F. & Berendsen, H. J. C.​ (1996) 
    Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, 13(5) pp. 741​-751​.​ DOI: https://doi.org/10.1080/07391102.1996.10508888 
    ​Details  DOI 
  • 1996 | Journal Article
    ​ ​An Efficient Method for Sampling the Essential Subspace of Proteins​
    Amadei, A.; Linssen, A. B. M.; de Groot, B. L. ; van Aalten, D. M. F. & Berendsen, H. J. C.​ (1996) 
    Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, 13(4) pp. 615​-625​.​ DOI: https://doi.org/10.1080/07391102.1996.10508874 
    ​Details  DOI 
  • 1995 | Journal Article
    ​ ​Structure from NMR and molecular dynamics: Distance restraining inhibits motion in the essential subspace​
    Scheek, R. M.; van Nuland, N. A. J.; de Groot, B. L.   & Amadei, A.​ (1995) 
    Journal of Biomolecular NMR, 6(1) pp. 106​-111​.​ DOI: https://doi.org/10.1007/BF00417496 
    ​Details  DOI 
  • 1983 | Journal Article
    ​ ​High-temperature, high-beta plasma heating by weak turbulence in the TORTUR tokamak​
    De Kluiver, H.; de Groot, B. L. ; Van Der Meiden, H. J.; Hendriks, F. B.; Kolfschoten, A. W.; Oyevaar, T. & Verschuur, J. W. J. et al.​ (1983) 
    Physics Letters. A, 94(3-4) pp. 156​-159​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/0375-9601(83)90372-9 
    ​Details  DOI 
  • 1977 | Journal Article
    ​ ​Plasma confinement and skin currents in a small tokamak with turbulent heating​
    De Kluiver, H.; Barth, R.; Brocken, H. J. B. M.; Caarls, J. J. L.; de Groot, B. L. ; Kalsbeek, H. W. & Piekaar, H. W. et al.​ (1977) 
    Physics Letters. A, 62(3) pp. 157​-160​.​ DOI: https://doi.org/10.1016/0375-9601(77)90010-X 
    ​Details  DOI 

Publication List

All Articles (Book & Journal) Conference objects Books & Book chapters Book chapters & Review Articles & Preprints Papers (Journal & Conference)

Type

Subtype

Date issued

Author

Subject

Project

Peer-Reviewed

Organization

Language

Fulltext

Options

Citation Style

GRO View APA Chicago MLA Vancouver
https://publications.goettingen-research-online.de URI: /cris/rp/rp01815
ID: 0000000
PREF: default TOKEN:

0

Sort

Issue Date
ASC DESC
Title
ASC DESC

Embed

JavaScript
Link

Export

Activate Export Mode
Deactivate Export Mode

Select some or all items (max. 800 for CSV/Excel) from the publications list, then choose an export format below.