Umstellung der Abstammungsüberprüfung beim Reitpferd mit Ausblick auf zukünftige genomische Anwendungen in der Pferdezucht

Abstract

In der deutschen Warmblutpferdezucht existiert die Bestrebung, nach der konventionellen auch die genomische Zuchtwertschätzung (gZWS) zu etablieren. Einen zusätzlichen Schritt bei der Nutzung genomischer Informationen stellt die Umstellung der Abstammungskontrolle über die Typisierung von Mikrosatelliten (MS) auf die Single Nucleotide Polymorphism (SNP)-Technologie dar. Für den Übergang zwischen beiden Verfahren bietet die Imputation von MS-Allelen basierend auf SNP-Daten einen effizienten, kostensparenden Ansatz. In einer zehnfachen Kreuzvalidierung wurde erprobt, ob sich die Impu​tation über Pferderassen hinweg, innerhalb von Rassen oder innerhalb von Gruppen genetischer Ähnlichkeit (Clustern) besser eignet. Dafür standen 2.607 Stuten zur Verfügung, die für bis zu 17 MS und über 70.000 SNPs genotypisiert waren und den Rassen Holsteiner, Westfale, Oldenburger, Oldenburg International und Trakehner zugehörig waren. In allen drei Ansätzen wurden durchschnittliche Imputationsgenauigkeiten von über 89% erreicht, wobei für MS mit einer Genotypisierungsrate über 90% Genauigkeiten von über 96% erreicht wurden. Neben der Abstammungskontrolle und der gZWS bietet die Verfügbarkeit genomischer Informationen weitere Anwendungen, wie beispielsweise Populationsmonitoring, Diversitätsmanagement und die Aufklärung von genetisch verursachten Krankheiten und Letalvarianten.