Dr. Martin Kollmar

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  • 2022 | Zeitschriftenartikel | 
    ​ ​Simm, D., Popova, B., Braus, G. H., Waack, S. & Kollmar, M. (2022). ​Design of typical genes for heterologous gene expression. Scientific Reports, 12(1), . ​doi: https://doi.org/10.1038/s41598-022-13089-1 
    ​Details  DOI 
  • 2019 | Preprint
    ​ ​Simm, D., Hatje, K., Waack, S. & Kollmar, M. (2019). Protein function prediction in genomes: Critical assessment of coiled-coil predictions based on protein structure data.​ Unpublished manuscript. ​doi: https://doi.org/10.1101/675025 
    ​Details  DOI 
  • 2018 | Zeitschriftenartikel
    ​ ​Mühlhausen, S., Schmitt, H. D., Pan, Kuan-Ting, Plessmann, U., Urlaub, H., Hurst, L. D & Kollmar, M. (2018). ​Endogenous Stochastic Decoding of the CUG Codon by Competing Ser- and Leu-tRNAs in Ascoidea asiatica. Current biology : CB, 28(13), ​2046-2057.e5​-2057.e5​. ​doi: https://doi.org/10.1016/j.cub.2018.04.085 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2018 | Zeitschriftenartikel | 
    ​ ​Simm, D. & Kollmar, M. (2018). ​Waggawagga-CLI: A command-line tool for predicting stable single α-helices (SAH-domains), and the SAH-domain distribution across eukaryotes. PLOS ONE, 13(2), Article e0191924​. ​doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0191924 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 | Zeitschriftenartikel
    ​ ​Kollmar, M. & Mühlhausen, S. (2017). ​Nuclear codon reassignments in the genomics era and mechanisms behind their evolution. BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology, 39(5), ​1600221​. ​doi: https://doi.org/10.1002/bies.201600221 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 | Zeitschriftenartikel
    ​ ​Kollmar, M. & Mühlhausen, S. (2017). ​How tRNAs dictate nuclear codon reassignments: Only a few can capture non-cognate codons. RNA biology, 14(3), ​293-299​-299​. ​doi: https://doi.org/10.1080/15476286.2017.1279785 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 | Zeitschriftenartikel | 
    ​ ​Kollmar, M. & Mühlhausen, S. (2017). ​Myosin repertoire expansion coincides with eukaryotic diversification in the Mesoproterozoic era. BMC evolutionary biology, 17(1), ​211​. ​doi: https://doi.org/10.1186/s12862-017-1056-2 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2017 | Zeitschriftenartikel
    ​ ​Hatje, K., Rahman, Raza-Ur, Vidal, R. O., Simm, D., Hammesfahr, B., Bansal, V., Rajput, A. ... Kollmar, M. (2017). ​The landscape of human mutually exclusive splicing. Molecular systems biology, 13(12), Article 959​. ​doi: https://doi.org/10.15252/msb.20177728 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2016 | Zeitschriftenartikel
    ​ ​Mühlhausen, S., Findeisen, P., Plessmann, U., Urlaub, H. & Kollmar, M. (2016). ​A novel nuclear genetic code alteration in yeasts and the evolution of codon reassignment in eukaryotes. Genome research, 26(7), ​945-55​-955​. ​doi: https://doi.org/10.1101/gr.200931.115 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2015 | Zeitschriftenartikel
    ​ ​Mühlhausen, S., Hellkamp, M. & Kollmar, M. (2015). ​GenePainter v. 2.0 resolves the taxonomic distribution of intron positions. Bioinformatics (Oxford, England), 31(8), ​1302-4​-1304​. ​doi: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu798 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2014 | Zeitschriftenartikel
    ​ ​Findeisen, P., Mühlhausen, S., Dempewolf, S., Hertzog, J., Zietlow, A., Carlomagno, T. & Kollmar, M. (2014). ​Six subgroups and extensive recent duplications characterize the evolution of the eukaryotic tubulin protein family. Genome biology and evolution, 6(9), ​2274-88​-2288​. ​doi: https://doi.org/10.1093/gbe/evu187 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2014 | Zeitschriftenartikel
    ​ ​Mühlhausen, S. & Kollmar, M. (2014). ​Predicting the fungal CUG codon translation with Bagheera. BMC genomics, 15(1), ​411​. ​doi: https://doi.org/10.1186/1471-2164-15-411 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2014 | Zeitschriftenartikel
    ​ ​Mühlhausen, S. & Kollmar, M. (2014). ​Molecular phylogeny of sequenced Saccharomycetes reveals polyphyly of the alternative yeast codon usage. Genome biology and evolution, 6(12), ​3222-37​-3237​. ​doi: https://doi.org/10.1093/gbe/evu152 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2013 | Zeitschriftenartikel
    ​ ​Mühlhausen, S. & Kollmar, M. (2013). ​Whole genome duplication events in plant evolution reconstructed and predicted using myosin motor proteins. BMC evolutionary biology, 13(1), ​202​. ​doi: https://doi.org/10.1186/1471-2148-13-202 
    ​Details  DOI  PMID  PMC 
  • 2013 | Tagungsband
    ​ ​Beißbarth, T., Kollmar, M., Leha, A., Morgenstern, B., Schultz, Anne-Kathrin, Waack, S. & Wingender, E.​ (Eds.). (2013). German Conference on Bioinformatics 2013. ​, Göttingen​
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  • 2013 | Zeitschriftenartikel | Research Paper
    ​ ​Mazur, A., Hammesfahr, B., Griesinger, C., Lee, D. & Kollmar, M. (2013). ​ShereKhan-calculating exchange parameters in relaxation dispersion data from CPMG experiments. Bioinformatics, 29(14), ​1819​-1820​. ​doi: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt286 
    ​Details  DOI  PMID  PMC  WoS 

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